Lühendil AEL on olnud erinevatel ajaperioodidel mõnevõrra erinevaid tähendusi. TRÜ aeroionisatsiooni ja elektroaerosoolide laboratoorium loodi ametlikult 1964. aastal, kuid sellesuunalised tööd algasid tunduvalt varem. Professor Johan Wilipi soovitusel viis H. Treffneri Gümnaasiumi füüsikaõpetaja Anatoli Mitt 1937. aastal läbi aastaringse kergete aeroioonide registreerimise Tartu Ülikooli juures, kogudes materjali magistriväitekirja jaoks. Suurema intensiivsuse ja ulatuse omandas aeroioonide uurimine 1950 aastatel peamiselt üld- ja eksperimentaalfüüsika kateedri vanemõpetaja Jaan Reineti organiseerimisel. 1956–1957 aastatel sõlmiti esimesed lepingud aeroioonide loendurite valmistamiseks Nõukogude Liidu teistele uurimisasutustele. Ergutati füüsikaosakonna üliõpilasi osalemaks nendes töödes. Kuni probleemlaboratooriumi moodustamiseni võiks AEL all mõista TRÜ üld- ja eksperimentaalfüüsika kateedris, hiljem üldfüüsika kateedris tegutsenud uurimisrühma, kelle uurimisobjektiks olid aeroioonid ning elektriliselt laetud aerosool.
TRÜ aeroionisatsiooni ja elektroaerosoolide probleemlaboratoorium asutati Eesti NSV Ministrite Nõukogu otsusega 31. märtsist 1964. a. Laboratooriumi juhatajaks ja teaduslikuks juhendajaks oli dotsent Jaan Reinet. Probleemlaboratooriumid olid ülikoolis rektoraadile alluvateks allasutusteks, kelle töö sisu koordineeris tavaliselt üks kateeder, AEL jaoks oli selleks üldfüüsikakateeder.
Seoses gaaslahenduse valdkonna tööde täiendava finantseerimisega muudeti 1974. a. AEL struktuuri. TRÜ rektori käskkirjaga 19. septembrist 1974. a. määrati AEL teaduslikuks juhendajaks dotsent Kalju Kudu ning moodustati laboratooriumi neli sektorit: (1) aeroioonide spektromeetria, (2) aerosoolide, (3) gaaslahenduse ja (4) elektromeetria sektor. Nende sektorite teaduslikeks juhendajateks olid vastavalt vanemõpetaja Jaan Salm, vanemõpetaja Eduard Tamm, dotsent Kalju Kudu ja vanem-õpetaja Olev Saks. 1975. a. määrati AEL juhatajaks füüsika-matemaatikakandidaat Lembit Visnapuu.
Järgmine oluline muutus AEL struktuuris toimus 1983. a. seoses füüsika-matemaatikadoktor Hannes Tammeti naasmisega Tallinna Pedagoogilisest Instituudist Tartu Riiklikku Ülikooli. Rektori käskkirjaga 31. jaanuarist 1983 jaotati AEL 1. veebruarist kaheks iseseisvaks laboratooriumiks: aeroelektrilaboratoorium (AEL) ja keskkonnakaitse füüsika laboratoorium (KKFL). AEL teaduslikuks juhendajaks ja juhatajaks määrati professor Hannes Tammet. KKFL teaduslikuks juhendajaks määrati professor Olev Avaste ning juhatajaks vanemteadur Lembit Visnapuu. AEL reorganiseerimisel 1983. aastal likvideeriti tema jaotus sektoriteks, kuid 1984. a. loodi uued sektorid: (1) liikuvusspektromeetria, (2) aparaadiehituse ja (3) gaaslahenduse sektor. AEL juhatajaks aastatel 1989- 1993 oli keemiakandidaat Tiia-Ene Parts.
Pärast Eesti iseseisvumist algasid Tartu Ülikoolis põhjalikud struktuurireformid 1992 aastal. Pikaajaliste läbirääkimiste tulemusena fikseeriti uued struktuurid Füüsika-Keemia-, Kehakultuuri-, Matemaatika- ja Õigusteaduskonnas TÜ nõukogu otsusega 27. novembrist 1992. a. kehtestamisega 1. veebruarist 1993. a. Füüsikaosakonna struktuuri kuulus neli instituuti ja füüsikalis-tehniline katsekoda. Keskkonnafüüsika instituut koosnes kolmest õppetoolist. Sama otsusega likvideeriti füüsikaosakonna struktuurist 12 allüksust, nende hulgas geofüüsika kateeder, aeroelektrilaboratoorium ja keskkonnakaitse füüsika laboratoorium. AEL jätkas tegutsemist mitteformaalse üksusena keskkonnafüüsika instituudi koosseisus.