Telomeeride keskmise pikkuse hindamine teise generatsiooni sekveneerimisandmetest
Date
2017
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Tartu Ülikool
Abstract
Telomeerid on korduvad järjestused kromosoomide otstes, mis kaitsevad kromosoome.
Telomeeride pikkusega on seostatud mitmesuguseid haigusi ning inimese üldist tervislikku
seisundit. Teise põlvkonna sekveneerimise tehnoloogiate hinna alanemine on viinud
tekitatavate andmemahtude hüppelise suurenemiseni. Seetõttu on oluline nende andmete
töötlemiseks kiirete ja üldiste meetodite olemasolu.
Uurimistöö eesmärk on leida meetod ja arendada vahendid teise põlvkonna
sekveneerimisandmetest telomeeride pikkuse määramiseks. Eesmärgi saavutamiseks
kastutatakse k-mer põhist metoodikat. Töö käigus arendati välja tööriist suure hulga
sekveneerimisandmete töötlemiseks ning esitleti k-mer põhist meetodit
sekveneerimiskatvuse ja telomeeride keskmise pikkuse määramiseks.
Description
Keywords
telomeeride pikkus, Alu-elemendid, k-mer metoodika