Statistilised mudelid bakterite segude määramiseks

Date

2020

Journal Title

Journal ISSN

Volume Title

Publisher

Abstract

Proovis sisalduva bakterite DNA sekveneerimisel on võimalik öelda, milliste bakterite DNAd proovis nähti ning mis koguses. Sekveneerimisel saadud andmeid on võimalik analüüsida vähimruutude, mittenegatiivsete vähimruutude või suurima tõepära meetodit kasutades, tuvastamaks bakterite tüvesid ning hindamaks nende k-meeride katvust. Magistritöö eesmärgiks on võrrelda kolme nimetatud meetodi käitumist sekveneerimisvigade olemasolu korral, vastavalt vigadega arvestades kui arvestamata. Vaatlusaluseid meetodeid rakendatakse ka ühe reaalse proovi sekveneerimisel kogutud andmete (saadud Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudist) analüüsil.

Description

Keywords

mittenegatiivne vähimruutude meetod, suurima tõepära meetod, k-meerid, sekveneerimine, R (programmeerimiskeel), non-negative least squares method, sequencing, R (programming language), maximum likelihood method, k-mers

Citation