Unikaalsete k-meeride keskmise katvuse hindamine ja saadud hinnangu rakendamisnäiteid

Abstract

Magistritöö eesmärgiks on, esiteks hinnata sekveneerimisandmete põhjal, kas teatud plasmiid sisaldub bakteri kromosomaalses DNAs või mitte, ja teiseks hinnata inimese referentsgenoomi andmete abil, kui mitmes korduses esineb erinevatel indiviididel huvipakkuvat piirkonda genoomis. Väljapakutud meetodi sobivust, mida kasutatakse hindamaks, kas plasmiid sisaldub bakteri kromosomaalses DNAs, on esmalt hinnatud genereeritud andmete põhjal. Mõlema probleemi lahendamisel kasutatavad meetodid põhinevad unikaalsete k-meeride keskmise katvuse hinnangutel.