Kuigi R-i graafikute vaikeseadistused on üsna mõistlikud ei ole siiski sugugi harv juhus kui graafikutte seadeid on vaja muuta. Tegu võib olla lihtsa skaala muudatuse või graafiku poolt kuvatava ulatuse muutmisega või siis tuleb teha midagi keerukamat -- näiteks kuvada mitu graafikut (kas üksteise kõrval või ka peal).