Tsütoplasmaatiline ja läbi sekretsiooni toimuv ekspressioon
Heteroloogilised valgud rakus paiknevad kas tsütoplasmas või sekreteeritakse rakust välja. Mõlemal meetodil on oma eelised ja puudused.
Tsütoplasmaatiline ekspressioon võimaldab saavutada kõrgeid ekspressioonitasemeid (näiteks teetanuse toksiini fragmendi saagiseks saadi 12 g/l). Samas lisab see valkude puhastamise protsessi ühe lisaetapi - rakkude lüüsimise. Samuti on heteroloogiliste valkude puhastamine lüsaadist keerukam, sest lüsaat sisaldab valgu lahustatuvat fraktsiooni kogu rakust. Tsütoplasmaatilise ekspressiooni korral ei pakku korrektselt valgud, mis sisaldvad disulfiidseid sidemeid. Samuti võivad moodustuda mittelahustuvad agregaadid.
Heterolooiliste valkude sekretsiooniks tuleb lisada ekspressiooniplasmiidi sekretsioonisignaal. Kõige levinum neist signaalidest on pagaripärmi 
-faktori prepro liiderjärjestus. See järjestus töötab lisaks pagaripärmile ka pärmides P. pastoris, H. polymorpha, K. lactis, Z. bailii. Liiderjärjestustena kasutatakse ka K1 toksiini -subühiku (pärmist K. lactis) ja happelise fosfataasi (pärmist P. pastoris) pre-järjestusi. Kõik sekreteeritavad valgud läbivad endoplasmaatilise retiikulumi ja Golgi kompleksi, kus toimub valkude pakkumine ja signaalpeptiidi protsessing. Tavaliselt on sekreteeritavate valkude ekspressioonitasemed madalamad. Samas on nende valkude puhastamine söötmest palju lihtsam ning odavam.
-faktori prepro liiderjärjestus. See järjestus töötab lisaks pagaripärmile ka pärmides P. pastoris, H. polymorpha, K. lactis, Z. bailii. Liiderjärjestustena kasutatakse ka K1 toksiini -subühiku (pärmist K. lactis) ja happelise fosfataasi (pärmist P. pastoris) pre-järjestusi. Kõik sekreteeritavad valgud läbivad endoplasmaatilise retiikulumi ja Golgi kompleksi, kus toimub valkude pakkumine ja signaalpeptiidi protsessing. Tavaliselt on sekreteeritavate valkude ekspressioonitasemed madalamad. Samas on nende valkude puhastamine söötmest palju lihtsam ning odavam.