Koos uurimistöö eesmärgi sõnastamisega tuleb läbi mõelda ja formuleerida uurimisküsimused või teaduslikud hüpoteesid. Uurimisküsimus selgitab, miks üldse on vaja uurimust teha. Uurimisküsimuse eri/alaliigiks on hüpoteesid. Hüpotees on tõestamata tees, mis eedatavasti annab vastuse küsimusele, mille uurimistöö autor seab, ning mis koosneb enamasti seostest uuritavate faktide vahel (Kalle & Aarma, 2003). Sõltuvalt uurimisstrateegiast võib autor püstitada kas uurimisküsimusi või hüpoteese. Kui uurimisküsimused on kohased nii kvalitatiivses kui ka kvantitatiivses uurimuses, siis hüpoteesid püstitatakse kvantitatiivses uuringus. Põhjus on lihtne: kvalitatiivne uuring ei ole sobiv hüpoteeside tõestamiseks oma eksploratiivse iseloomu tõttu.

Uurimisküsimuste ja hüpoteeside sõnastamine on teadustöö üks raskemaid ülesandeid. Hea uurimisküsimuse ja hüpoteesi tunnuseks on selgus, lihtsus ja uudsus, st uurija kavatseb leida midagi sellist, mis võimaldab teadusel kas või natukenegi edasi areneda (Kalle & Aarma, 2003; Remes, Hirsjärvi, & Sajavaara, 2005).

Kuigi eeldatakse, et autor on kirjutamisel neutraalne ja distantseerunud käsitletavast probleemist, kasutatakse mõnikord teaduses nn teadlikku mõjutamist: kirjutaja püüab tõestada, et tema väited kehtivad. Ometi on teadustöö puhul oluline, et uurija esitaks oma seisukohtade põhjendamiseks ümberlükkamatuid tõendeid ning kontrolliks hüpoteeside sisukust sobivate ja teiste uurijate poolt kontrollitavate meetoditega. Nõrgad ja juhuslikud põhjendused ei sobi hüpoteeside/väidete tõestuseks ja lugeja veenmiseks (Ehala, 2000).

Niisiis, et esitada põhjendatud argumente ja kontrollitud tõendeid, tuleb esmalt püstitada kaalukad hüpoteesid – oletused, mida tahetakse uurimistöös tõestada. Hüpoteeside sõnastamiseks võib kasutada järgmisi võimalusi.

• Varasemate uuringute tulemusi (koos viidetega sulgudes), nt

Näide 1. Mõned uuringud on näidanud, et õpetajate enesetõhusus ja õppetegevused seostuvad õpetamiskogemusega (Joram, 2007; Schepens et al., 2007; Shoham, Penso, & Shiloah, 2003; Taimalu & Õim, 2005). Kuna viimasel kümnendil on Eesti õpetajakoolituses toimunud fundamentaalsed muutused (psühholoogiakursuste suurem osakaal ülikooli õppekavades, õppijakesksete põhimõtete rõhutamine hariduses tervikuna, noore õpetaja kutseaasta programm), oletame, et nooremad ja vähem kogenud õpetajad hindavad kõrgemalt oma teadmisi õpetamisest, kaasaegsetest õppimisteooriatest ja õppekava nõudmistest, kui seda teevad vanemad ja kogenumad õpetajad. Samuti eeldame, et nooremad ja vähem kogenud õpetajad eelistavad rohkem õpilaste arusaamist arendavaid tegevusi (Üliõpilane 3).

• Sisukaid fakte/järeldusi kirjanduse analüüsist (koos viidetega sulgudes), nt

Näide 2. Kuna õpilaste kognitiivsete ja sotsiaalsete oskuste areng algkoolis on kiire, peaksid õpetajad kohandama oma õpetamistegevusi, lähtudes õpilaste arengust. Seega, õpetamistegevuste valikus peaksid toimuma muutused. Eesti õppekava nõudmiste (Põhikooli ja gümnaasiumi, 2007) ja hariduse eripäraks tervikuna on õpilaste akadeemilise tulemuslikkuse väärtustamine. Kuna 4. klassi emakeele ainekava on ülekoormatud ja teadmiste rakendamine uues situatsioonis nõuab rohkem aega kui selle kordamine, võivad õpetajad kalduda 4. klassis kasutama sagedamini mehaanilist õppimist toetavaid tegevusi kui 3. klassis. Seega oletame, et 3. ja 4. klassis avalduvad erinevused õpetajate õpetamistegevuste vahel (Üliõpilane 3).

• Oma kogemusi, nt
  

Näide 3. Oletame, et erinevad õpetajate grupid erinevad nii teadmistelt lapse arengust kui ka õpetamistegevuste poolest. Samuti eeldame, et erineva profiiliga õpetajate õpilased erinevad emakeeletesti tulemustes. Arvame, et mehaanilise õppimise ja/või arusaamise profiiliga õpetajate õpilased saavutavad emakeeletestides paremaid tulemusi (Üliõpilane 3).

Kuigi hüpoteeside kontrollimiseks ja sisuka hüpoteesi vastuvõtmiseks kasutatakse statistilisi meetodeid, on sageli tarvis uurijal eelnevalt otsustada, kas püstitatud hüpotees on väide, mida tasub üldse tõestama hakata. Tõestada on mõtet vaid teaduse seisukohalt kaalukaid hüpoteese. Selleks kasutatakse erinevaid andmetöötlemise meetodeid ning saadud tulemusi põhjendatakse ja nende üle arutletakse.