Auksotroofsed markergeenid, mida kõige sagedamini kasutatakse, on ADE, HIS, LEU, LYS, TRP ja URA geenid, mis komplementeerivad spetsiifilisi retsessiivseid auksotroofseid mutatsioone (vt. alapeatükid "Pagaripärmis töötavad selektsioonimarkerid" ja "Poolduvas pärmis töötavad selektsioonimarkerid"). Need geenid on olulised vastava aminohappe või nukleotiidi biosünteesi radades. Tavalised laboris kasutatavad pärmitüved sisaldavad mitmeid auksotroofseid mutatsioone. Selleks, et need mutandid saaksid kasvada miinimumsöötmel, tuleb söötmesse lisada nukleotiide ja/või aminohappeid (näiteks adeniini, histidiini, leutsiini, lüsiini, trüptofaani ja/või uratsiili), mida need mutandid ise ei ole võimelised sünteesima. Selektsioonil kasutatakse miinimumsöödet, milles puudub vastav nukleotiid või aminohape, mille sünteesiks vajalikku markergeeni soovitakse selekteerida.

Auksotroofsete markergeenide kasutamise eelised:

• odav kasutada
  
• on olemas erinevad plasmiidid ja integreerimisvektorid, mis võimaldab kiiresti konstrueerida vajaliku plasmiidi ja tüve
• saab kasutada mitut markergeeni samaaegselt
• selektsioon töötab hästi

Auksotroofsete markergeenide kasutamise puudused:

• selektsioonil ei saa kasutada rikast söödet
• vajalik on retsessiivse auksotroofse mutatsiooni olemasolu algses tüves