Filoviiruste diagnoosimiseks on võimalik kasutada ELISA testi antikehade määramiseks, antigeeni määramise teste, pöördtranskriptaasi-PCR testi, viiruse isoleerimist koekultuuris. Laboriinfektsiooni oht on äärmiselt suur!

Diferentsiaaldiagnostikas tuleb mõelda järgmistele haigustele - malaaria, kõhutüüfus, šigelloos, koolera, leptospiroos, katk, riketsioos, taastuv tüüfus, meningiit, hepatiit, teised hemorraagilised palavikud.