Geenide süstemaatilised nimed

Poolduva pärmi Schizosaccharomyces pombe genoomi sekveneerimiseks kasutati 452 kosmiidi, 22 plasmiidi, 15 bakteri kuntslikku kromosoomi ja 13 PCR produkti (Wood et al., 2002). Geenide süstemaatilised nimed on määratud nende asukohaga sekveneeritud järjestustes.

Süstemaatiline nimi sisaldab järgmist informatsiooni:

SPA[sekveneeritud klooni nimi].XXXc

  • "SP" on Schizosaccharomyces pombe lühend
  • A tähistab I kromosoomi (B - kromosoom II, C - kromosoom III)
  • sekveneeritud klooni nimi sõltub kas tegemist on kosmiidi, plasmiidi, kuntsliku bakteri kromosoomi või PCR produktiga; tavaliselt on see tähtede ja numbrite kombinatsioon
  • XXX näitab mitmes ORF on see geen konkreetses kloonis
  • "c" tähistab komplementaarset ahelat

Näiteks:

SPBC11B10.10c tähistab II kromosoomis paiknevat ORF-i, mille järjestuse kindlaks tegemiseks kasutati kosmiidi c11B10, ORF on selle kosmiidi kümnes lugemisraam ning asub komplementaarsel ahelal

SPCPB16A4.04c tähistab III kromosoomis paiknevat ORF-i, mille järjestus tehti kindlaks bakteri kunstliku kromosoomi pB16A4 abil, ORF on selle klooni neljas lugemisraam ning asub komplementaarsel ahelal

SPAPYUL23.01 tähistab I kromosoomis paiknevat ORF-i, mille järjestuse kindlaks määramisel kasutati plasmiidi pYUL23, ORF on selle plasmiidi esimene lugemisraam