SGA meetodi puudused
Vaatamata SGA meetodi võimalusele analüüsida korraga paljude erinevate topeltmutantide fenotüüpe, on sellel meetodil ka mõningad puudused:
- Topeltmutantide saamiseks on vajalik meiootilise rekombinatsiooni toimumine. Juhul kui kaks deletsiooni päranduvad aheldunult, siis topeltmutantide tekkimine on vähenenud või puudub üldse.
- Automatiseeritud suuremahuliste ristamiste ja tüvede selektsiooni tulemusena saadakse ka vale-positiivseid tulemusi. Nende vältimiseks on vaja läbi viia korduv sõelumine või fenotüüpide analüüs kasutades tetraadide analüüsi.
- Deletsioonimutandid, kes kasvavad aeglaselt ei ole selle meetodi jaoks sobilikud.
- Ülegenoomne deletsioonimutantide kollektsioon sisaldab eluks mittehädavajalike geenide deletsioonimutatsioone. Eluks hädavajalike geenide vaheliste interaktsioonide uurimiseks tuleb kasutada konditsionaalseid mutante.