Poolduva pärmi geenide nimed
Poolduva pärmi Schizosaccharomyces pombe geenide nimed koosnevad samuti kolmest tähest millele järgneb number (vt. alapeatükk "Pagaripärmi geenide nimed"). Näited enimkasutatavatest geenide nimetustest on toodud tabelis 4.
Tabel 4. Poolduva pärmi geneetiline nomenklatuur cut11 näitel.
Geeni sümbol |
Seletus |
cut11+ | metsiktüüpi geen |
cut11 | mutantne alleel |
cut11.1 | konkreetne mutantne alleel |
Cut11 |
valk, mida kodeerib cut11+ geen |
cut11:ura4+ |
funktsionaalne ura4+ markergeen on viidud cut11 lookusesse |
cut11.cGFP:ura4+ |
cut11 geeni taha on viidud GFP kodeeriv järjestus koos ura4+ markergeeniga; Cut11 ekspresseerub kui liitvalk, mille C-terminuses on GFP |
cut11::ura4+ |
cut11 geen on asendatud funktsionaalse ura4+ markergeeniga |
cut11. | cut11 geen on deleteeritud |
nmt81cut11:ura4+ |
cut11 geeni ekspressioon on nmt81 promootori kontrolli all, cut11 ORF-i järele on sisse viidud funktsionaalne ura4+ markergeen |
pREPcut11 |
tüves on plamiid pREP millelt ekspreseerub cut11 |
Põhilised erinevused geenide nimetamisel võrreldes pagaripärmiga on:
- metsiktüüpi geenid tähistatakse kaldu (Italic) tavalises kirjas ning lisatakse "+" märk - cut11+
- mutantsete alleelide nimed ei näita kas tegemist on dominantse või retsessiivse mutatsiooniga, näiteks tsükliin sõltuva kinaasi mutandid: cdc2.3W on dominantne alleel, cdc2.33 on retsessiivne alleel
- deletsioonide tähistamiseks on kaks võimalust - cut11::ura4+ või cut11.
- paardumistüüp tähistatakse kas h- või h+, diploidi korral näidatakse mõlemad - h-/h+
- homotallne tüvi tähistatakse h90