Histokeemia
 
Kindlad keemilised värvained omavad afiinsust spetsiifiliste rakusiseste keemiliste ühendite suhtes, mis võimaldab neid rakkudes paiknevaid ühendeid kindlaks määrata.Näiteks:
Lipiidide e. rasvade kindlaks tegemine rasvlahustuvate värvidega: Sudaan-musta või Oil-red-O abil.
Polüsahhariidide, näiteks glükogeeni, kindlaks tegemine PAS (Periodic acid Schiff) meetodi abil.
Glükoosaominoglükaanide määramiseks on kasutusel Safraniin-O

 Kõhrerakkude sambad. Safraniin, 400 x

Immuunohisto(tsüto)keemia

Immuunohisto(tsüto)tsütokeemias kasutatakse antikehi, mis on spetsiifilised kindlate rakumolekulide suhtes ja mis võimaldavad määrata nende olemasolu koelõikudes.
Immuunfluoressents on immuunohisto(tsüto)keemia meetod, kus antikeha märgistatakse fluoresseeruva värvaine abil ja selle paiknemine tehakse kindlaks fluoressentsmikroskoobi abil.

N. olfactorius, gükoosi transporter GLUT1 ja PGP 9.5 (RaxPGP9.5+GPxGLUT1), 400 x