ELISA meetod on laialdaselt kasutusel antikehade esinemise määramisel seerumis ja vereplasmas. Sama meetodit saab edukalt kasutada ka antikeha (nt. monoklonaalne) epitoobi kindlakstegemisel, kasutades sünteetilisi peptiide või lühemaid rekombinantseid polüpeptiide. Peptiidid või valgu rekombinantsed fragmendid kantakse adsorptsiooni abil ELISA-plaadi kannudesse ja seejärel lisatase uuritav antikeha. Probleemiks või siin saada peptiidide vähene seondumine plastikule ja steeriline takistus antikeha seondumisel pinnal olevatele lühikestele peptiidile. Teiseks võimaluseks on ELISA-plaat katta puhta täispika valguga ja inkubeerida antikeha enne plaadile kandmist sünteetiliste peptiididega. Suurima antikeha seondumise inhibitsiooni andnud peptiidi järjestust võib lugeda vastava antikeha epitoobiks. Rekombinatsete polüpeptiidide puhul saab nende järjestusse sisse viia asendusi, näiteks alaniiniga, ning seejärel teostada seondumiskatse seerumi või puhastatud antikehaga.