Eritatakse 2 liiki elektronmikroskoope:
a)      Transmissioonelektronmikroskoope (TEM) , mis annavad struktuuridest tasapinnalise kujutise

Kondrotsüüdid, 3000 x 

b)     Skaneerivaid elektronmikroskoope (SEM) , mis võimaldavad rakkude ja kudede ruumilist (kolmemõõtmelist) uurimist

Ripsrakud trahhea epiteelis. Bar: 2 µm