Integreeritavad plasmiidid (YIp)
Integreeritavad plasmiidid (YIp) sisaldavad järgmisi geene ja DNA elemente (Joonis 1):
- bakteri replikatsiooni alguspunkt - ori
- bakteri selektsioonimarker - AmpR
- pärmi selektsioonimarker (URA3, LEU2, TRP1 jne.)
- polülikner - MCS
-laktamaasi geen; ori, E. coli replikatsiooni alguspunkt; URA3, pärmi selektsioonimarker; MCS, polülinker.
YIp integreeruvad pärmigenoomi kasutades homoloogilist rekombinatsiooni (Joonis 2). Integratsiooni koha määrab plasmiidis olev pärmi järjestus. Võib kasutada selektsioonimarkerit (näit. URA3) või kloneerida meid huvitava lookuse järjestuse polülinkeri alasse. Plasmiid lineariseeritakse ning lineaarse DNA otsad määravadki integratsiooni koha. Auksotroofse markergeeni kasutamisel on oluline, et pärmigenoomis sisalduks vastava geeni retsessiivne mutatsioon (näit. URA3 markergeeni puhul on vajalik ura3-52 retsessiivse alleeli olemasolu pärmigenoomis). Integratsioon pärmigenoomi ei ole efektiivne. 1 
g DNA transformatsioonil saadakse 1-10 transformanti.
g DNA transformatsioonil saadakse 1-10 transformanti.
Need plasmiidid ei ole võimelised pärmirakus replitseeruma, sest puudub pärmirakus töötav replikatsiooni alguspunkt. Kui plasmiid on integreerunud pärmigenoomi, siis ta replitseeritakse kui genoomi üks osa. Tavaliselt integreerub vaid üks plasmiidi molekul, seega on integreerunud plasmiidi koopiaarv 1. Integreerunud plasmiid pärandatakse koos kromosoomidega ning saadud pärmitüved on väga stabiilsed.