Pärmi kaksihübriidi meetodi eelised ja puudused

Pärmi kaksikhübriidi meetod on muutunud laildaselt kasutatavakse meetodiks valk-valk interaktsioonide uurimisel, sest

Vaatamat sellele on meetodil ka puudused:

osa valke ei sobi selle meetodiga uurimiseks (näit. transkriptsioonifaktorid, mis võivad reportergeeni ekpressiooni aktiveerida ka ilma partnerita)
ei ole sobilik ka valkude uurimiseks, mis sisaldvad hüdrofoobseid transmembraanseid domeene, mis takistavad nende valkude transproti tuuma
eraldatakse vale-positiivsed st. reportergeeni transkriptsioon aktiveeritakse ilma valk-valk interaktsioonita (näit. uuritavad valgud ekspresseeritakse kõrgel tasemel, tekib mittespetsiifiline interaktsioon kuna valk on liitvalguna ning on pakkunud erinevalt, tekivad mutatsioonid, interakteeruvad valgud lokaliseeruvad rakus erinevatesse kompartementidesse jne.)
kõiki olemasolevaid valk-valk interaktsioone ei leita üles (näit. valk/valgud ei lokaliseeru tuuma, valgud on ebastabiilsed jne.)

Pärmi kaksikhübriidi meetodi võrdlus teiste meetoditega on toodud tabelis 3.

Tabel 3. Pärmi kaksikhübriidi meetodi eelised ja puudused võrreldes teiste valk-valk interaktsioone määravate meetoditega.

Meetod	Eelised	Puudused
Pärmi kaksikhübriidi meetod	lihtne ja odav, võimalik uurida ka madalalt ekspresseeruvaid valke	võimalik kirjeldada vale-positiivseid interaktsioone, valgud peavad interakteeruma tuumas
Mass-spektroskoopia	saab kindlaks teha valgulisi komplekse	reeglina on vajalik kompleksi eelnev puhastamine, mis teeb meetodi kalliks ning ajakulukaks
In vivo sidumine	kindlaksmääratud tingimused	tavaliselt kasutatakse mittefüsioloogilisi tingimusi
Valgu mikrokiibid (chip)	kindlaksmääratud tingimused, võimalik analüüsida palju ja paralleelselt	vajalik on valkude eelnev puhastamine