Mikrofütobentos konkureerib bakteritega lämmastiku pärast

Orgaaniline N mineraliseeritakse anaeroobselt sette sügavamates kihtides NH₄ks.

Hapnikurikkas veekihis oksüdeerivad nitrifitseerivad bakterid ammooniumi nitraadiks, lõigates selle oksüdatsiooni käigus energeetilist vaheltkasu. See on nitrifitseerijate energiaallikas -- nad oksüdeerivad ammooniumi nitraadiks. 

Oligotroofsetes vetes nitrifikatsiooni pea-aegu ei esine, kuna mikrofütobentos assimileerib kogu settest väljaimmitseva ammooniumi. Mikrofütobentos on siin väga edukas lämmastiku konkurent bakteritele.

Eutroofsetes vetes toimub nitrifikatsioon ja primaarproduktsioon paralleelselt. Tänu hapniku üleküllastatusele soodustab fotosüntees nitrifitseerijate metabolismi. Seeläbi soodustab mikrofütobentos denitrifitseerijaid -- denitrifitseerivad bakterid kasutavad nitraati oma heterotroofsetes protsessides oksüdeerijana (nitraadi hingamine), eritades molekulaarset lämmastikku (N₂). Denitrifikatsioon on oluline protsess mis vähendab eutrofeerumist. Sest lämmastik muudetakse bioloogiliselt hästi kasutatavast nitraadist õhulämmastikuks, mis ei ole otseselt elusorganismide poolt kasutatav.

Eutroofeerumise edasisel edenemisel varjutab fütoplankton vetikamatte ning need ei suuda fotosünteesida -- väheneb bentiline nitrifikatsioon (sest see protsess vajab vaba hapnikku), ning järelikult ka bentiline denitrifikatsioon (mis vajab lähteainena nitraati). Selle tulemusel jääb settest erituv mineraliseeritud N süsteemi ja soodustab veelgi eutrofeerumist. Denitrifitseerijad kasutavad pelaagilist päritolu nitraati.