Söe kasutamisega kaasnevad paratamatult negatiivsed keskkonnamõjud, kuna kaevandamisega pööratakse segamini looduslik pinnas. Maa-alused kaevanduskäigud võivad pärast kaevandamise lõppu jätkuvalt variseda, tekkida võivad varingulehtrid ning maakasutamine selles piirkonnas on piiratud. Karjäärkaevandamise korral jäävad maha kohati massiivsed maa-alad, mida ei ole võimalik taastada esialgsele kujule.

Põhilised probleemid ning negatiivsed keskkonnamõjud, mis söe kaevandamise ning kasutamisega kaasnevad on seotud maa- ja veeressursside kasutamisega, saasteainete emissioonide ning jäätmetekkega.

Detailsemalt on söe kaevandamisega kaasnevad keskkonnamõjud:

• pinnase erosioon;
• tolm;
• müra;
• lõhkamisega kaasnev vibratsioon, häiring;
• põhja- ja pinnasevee saastumine;
• piirkonna põhjavee taseme alanemine;
• saasteainete väljaleostumine söejääkidest ning sattumine ümbritsevasse keskkonda;
• negatiivne mõju kohalikule bioloogilisele mitmekesisusele;
• kaasnev kasvuhoonegaasi metaan emissioon.

Söe töötlemisega kaasnevad heitmed, ohtlikud jäätmed ning muud tootmisega kaasnevad keskkonnamõju tegurid:

• süsinikoksiidi emissiooni kasv;
• kõrvalsaaduste koostises eralduvad:
• väävliühendid (vääveloksiidid SO_x, jm);
• lämmastikoksiidid (NO_x);
• raskmetallid, näiteks Hg, Se, As;
• mittepõlevad peamiselt mineraalse koostisega tahked jäätmed;
• tahkete lenduvate osakeste (PM - particulate matter) emissioon, mille vältimiseks kasutatakse osakeste filter- ja sadestusseadmeid;
• söe tootmisprotsessis kulub umbes 1,5 korda rohkem energiat, kui seda hiljem saadakse kivisöe kasutamisel ühe ühiku söe kohta. See tähendab, et jäätmeid (nt tuhka) tekib 2,5 korda rohkem ühe ühiku energia tootmiseks võrreldes kaevandatud söe otsekasutamisega;
• igas tootmise etapis kasutatud energia suurendab atmosfääri eralduva CO₂ kogust;
• söe transpordiga kaasneb täiendav masinamüra, autode heitgaasid ning pinnase kahjustumine.

Paratamatult kaasnevad söe kaevandamise, tootmise ja kasutamisega tervisemõjud vastavatele töölistele. Kõige enam on mõjutatud kaevurid, kes puutuvad kokku suure hulga tolmu, orgaaniliste ühendite, sulfiidide, metaani jm. Samuti esineb söekaevandustest varinguid ning põhjavee sissetungi, mis kaevurite elu ohustada võivad.

 Söekaevur kaevanduse kitsastes oludes. Autor USA Tööohutuse ja tervise riiklik instituut (CC-BY-SA-2.0), http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Miners_in_small_spaces.jpg