Histoloogias enim kasutatud uurimismeetodid on:

1. Valgusmikroskoopia

2. Elektronmikroskoopia

3. Histokeemia ja immunohisto(tsüto)keemia

Nende meetodite kõrval kasutatakse olenevalt uuringusuunast  ka teisi uurimismeetodeid, näiteks   koekultuuride-, rakkude fraktsioneerimise,  autoradiograafia jt. meetodeid.