S. pombe genoomi organisatsioon
Schizosaccharomyces pombe genoom sekveneeriti The Wellcome Trust Sanger Institute teadlaste poolt ning avaldati 2002. a.
Genoomi järjestus asub PomBase andmebaasis (www.pombase.org).
S. pombe genoomi suurus on 12.5 Mb (siia ei ole arvestatud rDNA ja tsentromeerseid järjestusi), mis on jagunenud 3 kromosoomi vahel. Genoom kodeerib ~5100 avatud lugemisraami. 26.1% geenidest on eluks hädavajalikud (testitud kasvutingimusel: rikas sööde, 32 oC; Kim jt, 2010).
Kuigi S. pombe ja pagaripärmi Saccharomyces cerevisiae genoomi suurused on väga sarnased, on need genoomid ka erinevad:
- S. pombe genoomis on geenide tihedus väiksem (ligikaudu 20%). Selle põhjuseks on pikad geenidevahelised alad, palju rohkem introneid ja pikemad tsentromeersed piirkonnad. Valku kodeerivad järjestused moodustavad 60.2% kogu genoomist (S. cerevisiae puhul on see 71%).
- S. pombe kromosoomide tsentromeersed järjestused on palju pikemad (35-110 kb) ning omavad kõrgematele eukarüootidele sarnast ülesehitust.
- 43% S. pombe geenidest sisaldab intronit (S. cerevisiae puhul vaid 5%). Intronite pikkus varieerub 29 kuni 819 nukleotiidini. Enamasti on ühes geenis 1-2 intronit. Maksimaalne intronite arv geeni kohta on 15.
- S. pombe genoom ei sisalda suuri duplitseerunud alasid. Seega ei ole evolutsiooni käigus toimunud genoomi duplikatsiooni.
- S. pombe genoom sisaldab üle 300 geeni, mis puuduvad pagaripärmi genoomist. Need geenid kodeerivad signalosoomi, splaissosoomi ja posttranskriptsioonilise geenivaigistamise süsteemide komponente.
S. pombe mitokondriaalne DNA on suurusega 20 kb ning kodeerib 11 geeni. S. pombe kuulub petite-negatiivsete pärmide hulka, st. mitokondriaalse DNA ümberkorraldused või selle puudumine on rakkudele letaalne.