Geenisisese supressiooni mehhanismid

1. Valgul on kaks või enam funktsionaalset domeeni
Mutatsioonid mõjutavad erinevaid valgu funktsionaalseid domeene. Kõige sagedamini toimub selline komplementatsioon juhtudel kui tekib missenssmutatsioon ("missense mutation"), kus tähendusmuutused DNA järjestuses põhjustavad uue aminohappe lülitumise polüpeptiidi. Kahe mutandi ristamisel saadud diploidis taastub kas täielikult või osaliselt domeenide funktsioon. Selle geenisisese komplementatsiooni näiteid leidub hulganisti geenide hulgas, mis kodeerivad aminohappe biosünteesiraja ensüüme. Üheks näiteks on HIS4, mille poolt kodeeritud polüpeptiid omab kolme funktsionaalset domeeni.
 
2. Valgud koosnevad kahest või enamast identsest polüpeptiidi ahelast
Haploidses mutandis sünteesitakse mittefunktsionaalne polüpeptiid, mis omakorda moodustab inaktiivse homomultimeerse valgu. Mutantide ristamisel tekib heteroalleelne diploid, kus kaks erinevat mittefunktsionaalset peptiidi moodustavad katalüütiliselt aktiivse multimeerse valgu. Sellistel juhtudel kompenseerivad kaks erinevat mittefunktsionaalset polüpeptiidi üksteist. Selline geenisisene komplementatsioon on samuti levinud missenssmutatsioonide korral.