Näited ülegenoomsetest uuringutest
Esimene laiaulatuslik ülegenoomne geenidevaheliste interaktsioonide uuring avaldati 2001. a. (Tong jt, 2001).
Kaheksa erinevat mutatsioonitüve (deletsioonid: bn1
, nbp2, sgs1, rad27, bim1, bbc1 ja temperatuuritundlikud alleelid arc40-40, arp2-33) ristati deletsioonimutantide kollektsiooniga, mis sisaldas 4672 tüve. Saadud analüüsil iseloomustati 291 geneetilist interaktsiooni 204 erineva geeni vahel. Uuringuga näidati, et SGA meetod võimaldab analüüsida korraga paljude topeltmutantide fenotüüpe ning kirjeldada geenidevahelisi negatiivseid interaktsioone (topeltmutandid kasvavad aeglasemalt kui üksikmutandid või topeltmutatsioon on sünteetiliselt letaalne).
, nbp2, sgs1, rad27, bim1, bbc1 ja temperatuuritundlikud alleelid arc40-40, arp2-33) ristati deletsioonimutantide kollektsiooniga, mis sisaldas 4672 tüve. Saadud analüüsil iseloomustati 291 geneetilist interaktsiooni 204 erineva geeni vahel. Uuringuga näidati, et SGA meetod võimaldab analüüsida korraga paljude topeltmutantide fenotüüpe ning kirjeldada geenidevahelisi negatiivseid interaktsioone (topeltmutandid kasvavad aeglasemalt kui üksikmutandid või topeltmutatsioon on sünteetiliselt letaalne).
Teine ülegenoomne geneetiliste interaktsioonide uuring, mis kasutas SGA meetodit, avaldati 2004. a. (Tong jt, 2004).
Selles uuringus kasutati 132 mutatsioonitüve, kes ristati deletsioonimutantide kollektsiooniga (~4700 tüve). Valitud 132 geeni on olulised aktiiniga seotud raku polaarsuse määramisel, rakukesta sünteesil, kromosoomide segregatsioonil, DNA sünteesil või DNA parandamisel. Uuringu tulemuseks oli ~1000 geeni vaheline võrgustik, mis sisaldas ~4000 geneetilist interaktsiooni. Saadud geenide vahelist võrgustikku iseloomustas paljude geenide olemasolu, mis omavad vähe interaktsioone ning väheste geenide olemasolu paljude interaktsioonidega. Niinimetatud "sõlmgeenid" on arvatavasti olulised raku elujõulisuse tagamisel. Selgus ka, et geenidevahelisi interaktsioone ei saa kasutada valk-valk vaheliste interaktsioonide ennustamiseks, sest vaid 30 geneetiliselt interakteeruvat geenipaari (4039-st analüüsitud paarist) kodeerivad füüsiliselt interakteeruvaid valke. Küll aga saab võrgustikku kasutada mitteuuritud geenide funktsioonide ennustamiseks.
Kolmas SGA meetodit kasutav ülegenoomne uuring avaldati 2010. a. (Costanzo jt, 2010).
Uuringu käigus iseloomustati nii negatiivseid kui ka positiivseid geenidevahelisi interaktsioone kasutades 1712 mutandi ristamist 3855 deletsioonikollektsiooni tüvega. Uuritud 1712-st mutandist 334 olid eluks hädavajalike geenide konditsionaalsed alleelid. Kokku analüüsiti ~5,4 miljonit geenipaari ning mõõdeti moodustunud topeltmutantide kolooniate suurused. Saadud geneetiline võrgustik sisaldab ~170 000 interaktsiooni. See geneetiline võrgustik kattub 10-20% ulatuses kirjeldatud valk-valk vaheliste interaktsioonidega. Samas leiti tugev korrelatsioon geneetiliste interaktsioonide ja keemiliste-geneetiliste interaktsioonide vahel, mis võimaldab ennustada paremaid ravimimärklaud kandidaate.
Kõik kirjeldatud geneetilised interaktsioonid on leitavad Saccharomyces Genome andmebaasist SGD (http://www.yeastgenome.org).