Geeni deletsioon

 
Geeni deleteerimine pärmigenoomist on üks meetoditest, mida kasutatakse geeni funktsiooni uurimisel. On võimalik teha kahte tüüpi deletsioone:
  • insertsiooniline deletsioon
  • kogu avatud lugemisraami deletsioon
Insertsioonilise deletsiooni puhul lisatakse geeni kodeerivasse alasse selektsioonimarker. Sellisel juhul säilib genoomis kogu geeni järjestus. Geeni sees paiknev selektsioonimarker katkestab geeni ning sellelt järjestuselt ei ekspresseeru funktsionaalset valku. Kuna genoomis säilub esialgne geeni järjestus, siis juhuslike ümberkorralduste tulemusena võib taastuda ka funktsionaalne geen. Seepärast insertsioonilist deletsiooni eriti sagedasti geenide deleteerimisel ei kasutata.
 
Avatud lugemisraami deletsioonil asendatakse kogu geeni kodeeriv järjestus selektsioonimarkeriga. Sellisel juhul ei ole võimalik juhuslikult taastada funktsionaalset geeni, sest genoomist on valku kodeeriv järjestus eemaldatud. Funktsionaalse geeni taastamiseks tuleb genoomi uuesti sisse viia deleteeritud järjestus.
 
Geeni deletsiooniks saab kasutada erinevaid transformatsioonimeetodeid. Hästi töötavad nii sferoplastide transformatsioon, transformatsioon Li-soolade juuresolekul kui ka elektroporatsioon. Integratsiooni efektiivsus varieerub 1 kuni 1000 transformanti / g DNA / 107 raku kohta.
 
Tähtis on kasutada õige genotüübiga pärmitüve. Kui geeni deleteerimisel soovitakse kasutada auksotroofset selektsioonimarkerit, siis peab genoomis asuma vastava markergeeni retsessiivne mutatasioon. Näiteks URA3 selektsioonimarkeri kasutamisel on vajalik kasutada ura3-52 mutatsiooniga või ura3 (so. ura3 deletsioon) pärmitüve. Dominantsete selektsioonimarkerite (näiteks resistentsusgeenid kanMX6, natMX6 jne.) kasutamisel selliseid piiranguid ei ole.
 
Meetodid, mida geeni deleteerimiseks kasutatakse, jagatakse ka:
  • ühe-etapiline geeni deletsioon
  • kahe-etapiline geeni deletsioon
« Eelmine | Järgmine »