Kromosoomianomaaliaid on 2 tüüpi:

1. arvuanomaaliad
2. struktuurianomaaliad

Abordiloodetel esineb oluliselt sagedamini (95%) arvuanomaaliaid, harvem (5%) struktuurianomaaliaid. Enamasti on vanemate karüotüüp normaalne. Gonotsüütide meiootilise lahknemise käigus on tekkinud tavapärasest erineva kromosoomide arvuga sugurakud, mis ühinedes moodustavadki arvuanomaaliaga sügoodi. Arvuanomaaliate korral on lisa- või puuduva kromosoomiga sugurakuks tavaliselt munarakk, defektsed spermatosoidid on enamasti kahjustunud funktsiooniga ega suuda munarakku viljastada. Siiski võivad defektidega spermatosoidid mõjutada viljastumisprotsessi ja sügoodi esimesi jagunemisi ning seega soodustada arvuanomaaliate teket.

Vanematel arvuanomaaliaid üldjuhul ei esine, sest arvuanomaaliaga indiviidid ei suuda reeglina toota viljastamisvõimelisi sugurakke.