Browsing by Author "Abarenkov, Kessy, juhendaja"

Now showing 1 - 2 of 2

listelement.badge.access-status Embargo ,
Insights into the ecology of the Ceratobasidium-Thantephorus complex based on phylogeny reconstruction using all publicly available ITS sequences
(Tartu Ülikool, 2011) Veldre, Vilmar; Abarenkov, Kessy, juhendaja; Tedersoo, Leho, juhendaja
listelement.badge.access-status Open Access ,
NCBI BLAST ja BLAST+ pakettide programmide blastn ja megablast ülevaade, versioonide võrdlus ja analüüs
(Tartu Ülikool, 2016) Kaiv, Rauno; Abarenkov, Kessy, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Botaanika osakond
Uurimistöö annab ülevaate BLAST pakettidest ja nende abil DNA järjestustele homoloogsete järjestuste otsimisest. Tutvustatakse BLAST algoritmi tööpõhimõtet, vajalikke kontseptsioone ja mõisteid ning selgitatakse, kuidas muuta otsinguparameetreid, ja mida see endaga kaasa toob. Lisaks tutvustatakse alternatiivseid programme, millega saab homoloogiaotsinguid sooritada. Töö praktiline osa keskendub elurikkuse infosüsteemide PlutoF ja UNITE analüüsimoodulis kasutatavale BLAST paketi megablast otsingukäsule. Töös leiti, mida on vaja teha üleminekuks uuele BLAST+ homoloogiaotsinguprogrammile blastn, ja võrreldi katseliselt nende programmide päringute ressursikasutust (aeg, mälu). Lisaks analüüsiti päringuid maskeeritud ja indekseeritud andmebaasiga.