Browsing by Author "Saarma, Urmas, juhendaja"

Now showing 1 - 20 of 30

Development of sheep populations in Estonia as indicated by archaeofaunal evidence and ancient mitochondrial DNA lineages from the Bronze Age to the Modern Period
(2016-10-18) Rannamäe, Eve; Valk, Heiki, juhendaja; Saarma, Urmas, juhendaja; Lõugas, Lembi, juhendaja; Tartu Ülikool. Humanitaarteaduste ja kunstide valdkond.
Lammas (Ovis aries) on alates hilispronksiajast olnud üks enimkasvatatud kariloomi Eestis. Tänapäeval moodustab lambakasvatus Eestis väikese, kuid järjest olulisema osa põllumajandusest. Tuginedes zooarheoloogilisele leiuainesele ja geneetilisele andmestikule, on väitekirja eesmärk uurida lambakasvatust ning lammaste emaliinide ajalugu Eestis ja laiemalt Läänemere kultuuriruumis keskmisest pronksiajast (u 1200 eKr) tänapäevani. Töö zooarheoloogiline pool keskendub hilisrauaajale ja keskajale Viljandis ja Karksis ning loomsete saaduste tarbimisharjumustele ajas ja ruumis. Geneetiline osa analüüsib emaliini pidi pärandatavat mitokondriaalset DNA-d vanades lambaleidudes ja ka tänapäevastes Kihnu maalammastes. Uurimusest selgub, et lambakasvatus ja lammaste tarvitamine toiduks on Eestis olnud pronksiajast peale üsna järjepidev. Siiski ilmnevad mõned murranguajad, millele tuleb seletust otsida laiemal ajaloolisel taustal. Need muudatused seostuvad kahe perioodiga. Esiteks üleminek muinasajalt keskajale koos 13. sajandi alguse ristisõdadega. Geneetilises andmestikus väljendub see lambapopulatsiooni suurenemises, mis on toimunud kohaliku talumajanduse ja olemasolevate loomade baasil, ning mis võib olla tingitud sellest, et keskajal kasvas koos rahvaarvuga ka kariloomade hulk. Teine murrang ilmneb seoses suure tõuaretusega 19. sajandil, mil eeskätt Lääne-Euroopast sisse toodud tõugudega hakati kohalike lammaste liha- ja villatootlikkust parandama. Hoolimata sellest on algupärased põliste tunnustega maalambad, eeskätt Kihnu maalammas, säilinud tänapäevani, kuigi mõnevõrra väiksema geneetilise mitmekesisusega.
Domesticated and wild mammals as reservoirs for zoonotic helminth parasites in Estonia
(2022-07-07) Tull, Ants; Saarma, Urmas, juhendaja; Moks, Epp, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Lemmikloomade ja inimese vaheline side on tänapäeval kujunenud enneolematult sotsiaalseks. Enamik suhtub koertesse-kassidesse nagu pereliikmesse, kellega jagatakse eluruumi ja toitu, paraku jagatakse ka samu patogeene, näiteks zoonootilisi siseparasiite, kes levivad ulukitelt (nt punarebane, šaakal, hunt) looduses hulkuvatele lemmikloomadele ja edasi inimesele. Käesoleva töö eesmärk oli uurida metsloomade ja kasside-koertega levivaid nugilisi maa- ja linnakeskkonnas ning nende peamisi levikuteid mõjutavaid tegureid. Hinnati, kui suur osa loomadest on nakatunud ning milliseid (zoonootilisi) siseparasiite esineb. Lisaks võrreldi linna- ja maakasside ning koerte parasitofaunat, samuti selle kattuvust koertel ja ulukkiskjalistel ning vaadeldi toitumise mõju nakkusele. Selgus, et Eestis on nakkusrisk nugilistega madalaim suurlinnades, suurem väikelinnades ning suurim nakkusrisk on maapiirkondades. Leiti, et lemmik- ja metsloomad on suurel määral nakatunud zoonootiliste helmintidega (paelussid, solkmed). Maapiirkonna koerad olid üheksa korda enam nakatunud parasiitidega kui linnakoerad, ja neil oli ka suur nugiliste kattuvus ulukkoerlastega, eriti šaakaliga. Varjupaiga kassidest olid nakatunud 50% – riskirühmas olid noored ja koduootel kassid, kes olid nakatunud ohtliku kassisolkmega. Erinevate kiskjaliste nakatumisel mängib olulist rolli söödav toit (närilised, toores ulukiliha). Kokkuvõtvalt selgus, et lemmik- ja metsloomad on zoonootiliste siseparasiitide levitajad ja nakatutakse eelkõige loodusest püütud toidust või pinnase kaudu, mis on saastunud parasiidi munadega. Kõrge nakkuse tõttu on oht, et ulukitelt levivad zoonootilised siseparasiidid koduloomadele, neilt edasi inimesele – seda ohtu on senini alahinnatud. Seega on mõistlik parasiteerituse vähendamiseks piirata hulkuvate lemmikloomade juurdepääsu looduslikele aladele, kuid nakatumise korral määrata parasiidiliik ja seejärel konkreetne ravi.
Echinococcus multilocularis and other zoonotic parasites in Estonian canids
(2016-05-09) Laurimaa, Leidi; Saarma, Urmas, juhendaja; Moks, Epp, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Zoonootilised parasiidid on jätkuvalt ohuks inimeste tervisele mitte ainult arengumaades vaid ka mujal, sh. Euroopa riikides. Inimene võib selliste haigustekitajatega nakatuda otsese kokkupuute teel nakatunud loomaga või tarbides parasiidi nakkusvõimeliste arengujärkudega saastunud vett ja toiduaineid. Kõige ohtlikumaks loomadelt inimestele kanduvaks parasiidiks võib pidada alveokokk-paelussi (Echinococcus multilocularis), kelle lõpp-peremeesteks on Euroopas põhiliselt punarebane ja väiksemal määral ka kährikkoer, kuid nakatuda võivad ka koerad ja kassid. Euroopas viimastel aastakümnetel järsult tõusnud arvukuse tõttu on rebased asunud elama ka inimasulatesse, tuues sinna kaasa ohtlikud parasiidid. Käesoleva töö peamiseks eesmärgiks oli uurida alveokokk-paelussi esinemist Eesti koerlastel nii linnas kui maal. Lisaks uurisime rebaste ja kährikkoerte üldist parasitofaunat. Linnaloomade uurimiseks töötasime välja uue väga tundliku mitte-invasiivse molekulaarse meetodi, mis võimaldab määrata nii peremehe kui ka ehhinokoki liigi väljaheiteproovist. Tulemustest selgus, et kuigi rebaste ja kährikkoerte üldine parasitofauna on paljuski sarnane, siis inimesele eluohtliku alveokokk-paelussi nakkus oli rebastel oluliselt kõrgem (31,5 %) kui kährikkoertel (1,6 %), kellel diagnoositi see paeluss Eestis esmakordselt. Ligi 20-kordne erinevus kahe peremehe nakatumises on tingitud nende erinevatest toidueelistustest, eelkõige nende võimest püüda närilisi, kes on alveokokk-paelussi vaheperemeesteks. Tartu linnast korjatud väljaheiteproovide analüüsil uue metoodikaga leidsime, et 7,1 % rebaseproovidest olid nakatunud alveokokk-paelussi munadega. Koeraproovide analüüs näitas, et neist 2,2 % oli nakatunud sama perekonna teise inimestki nakatava liigi, põistang-paelussiga (E. granulosus). Kokkuvõttes võib öelda, et oma kõrge arvukuse tõttu võib nii rebaseid kui ka kährikkoeri pidada olulisteks zoonootiliste parasiitide levitajateks Eestis.
Food habits, parasites and space use of the raccoon dog Nyctereutes procyonoides: the role of an alien species as a predator and vector of zoonotic diseases in Estonia
(2017-06-30) Süld, Karmen; Saarma, Urmas, juhendaja; Valdmann, Harri, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Invasiivsed võõrliigid võivad uude keskkonda sattudes rikkuda kohalike ökosüsteemide tasakaalu ja vähendada looduslikku mitmekesisust. Sageli toovad nad päritolualadelt kaasa uusi haigustekitajaid või aitavad kaasa olemasolevate patogeenide levikule. Kõrge sigimispotentsiaali ning laia toiduspektri tõttu on üheks edukaimaks võõrliigiks Euroopas kährikkoer Nyctereutes procyonoides. Käesoleva töö raames uuriti kährikkoerte toitumist, parasitofaunat ning ruumikasutust, saamaks ülevaadet liigi rollist Eesti looduses. Toitumisuuringu tulemustest selgus, et sügisel ja talvel toituvad Eesti kährikkoerad peamiselt raipest ning söödaplatsidel leiduvast teraviljast ja muust taimsest materjalist. Lisaks leidsime, et kärntõve nakkusega loomad toituvad võrreldes tervete isenditega oluliselt harvem selgrootutest loomadest ning sagedamini raipest. Raadiotelemeetrilise uuringu tulemused näitasid, et erinevalt mujal Euroopas elutsevatest kährikkoertest on Eesti loomade kodupiirkonnad loodusmaastikus pea poole väiksemad võrreldes intensiivselt majandatavate aladega. Samas tuvastasime, et kärntõve nakkusega isendite kodupiirkonna suurus ning päevateekonna pikkus vähenevad haiguse intensiivistudes märkimisväärselt ning enne surma on loomad pea liikumisvõimetud. Võttes kokku Eestis ning mujal Euroopas teostatud uuringute tulemused, võib väita, et elupaigavaliku ja toitumise poolest on kährikkoer oportunist, kes võimalusel eelistab viibida veekogude läheduses. Sellest lähtuvalt võib ta kiskjana sesoonselt ning lokaalselt ohustada veelinde ja kahepaikseid, kuid laiemat ohtu kährikkoer kohalikule faunale ei kujuta. Parasitoloogilise uuringu käigus leiti Eesti kährikkoertel kokku 17 siseparasiiti, neist 9 on zoonootilised ehk võivad nakatada ka inimest. Kõige sagedamini esinenud zoonootilisteks parasiitideks olid inimesel nahakahjustusi tekitav Uncinaria stenocephala ja silmi ning lihaskudet kahjustav Alaria alata. Muuhulgas tuvastasime Eesti kährikkoertel esmakordselt ka eluohtliku alveokokk-paelussi Echinococcus multilocularis nakkuse. Kuna haiguste levik on suuresti seotud nende kandjate asutustihedusega, on oluline hoida kährikkoerte arvukus ning selle tõusu soodustavad tegurid kontrolli all.
Global patterns of genetic diversity and phylogeography of Echinococcus granulosus sensu stricto – a tapeworm species of significant public health concern
(2018-06-29) Kinkar, Liina; Saarma, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Tsüstiline ehhinokokoos (CE) on haigus, mida põhjustavad Echinococcus granulosus sensu lato (s. l.) kompleksi kuuluvad paelussid. Sellesse kompleksi kuuluvate liikide hulgas on E. granulosus sensu stricto (s. s.) eriti oluline, olles ülemaailmselt kõige laialdasemalt levinud ning ka kõige sagedasem CE tekitaja inimesel. Kuigi liigi geneetilise struktuuri mõistmiseks oli läbi viidud mitmeid uurimustöid, esines olulisi lünki, kuna siiani oli kasutatud lühikesi mitokondriaalseid (mtDNA) järjestusi. Esiteks oli üheks kõige olulisemaks probleemiks E. granulosus s. s. mitokondriaalsete genotüüpide olemasolu ning eristamine. Teiseks, kuigi oli välja pakutud, et G1–G3 on mitogenoomi geneetilise sarnasuse alusel üks liik, ei olnud seda teaduslikult näidatud. Kolmandaks, senised geneetilise mitmekesisuse ning fülogeograafia analüüsid ei olnud võimaldanud mõista detailseid globaalseid mustreid vähese fülogeneetilise eristusvõime tõttu. Käesolevas doktoritöös analüüsiti ülemaailmselt kogutud parasiidiproove sekveneerides mitokondri genoomi pea täies pikkuses ning kaasates analüüsi ka mitmed tuumalookused. Esiteks tegime kindlaks, et E. granulosus s. s. koosneb kahest mitokondriaalsest genotüübist G1 ning G3 ja näitasime, et G2 ei ole eraldi genotüüp. Teiseks tegime kindlaks, et G1 ning G3 võib lugeda üheks liigiks. Kolmandaks näitasime, et genotüüpide G1 ja G3 geneetiline mitmekesisus on kõrge ning globaalsed alampopulatsioonid on geneetiliselt vähe diferentseerunud. Seda on suure tõenäosusega mõjutanud intensiivne ülemaailmne loomakaubandus ning -transport. Fülogeograafilise analüüsi tulemused näitasid, et E. granulosus s. s. üheks olulisemaks ekspansiooni keskpunktiks on olnud Lähis-Ida piirkond, mis on hästi tuntud lamba, veise ja kitse kodustamise piirkonnana – kõik need liigid on ka olulised E. granulosus s. s. vaheperemehed. Antud doktoritöö on aluseks tulevastele E. granulosus s. s. genotüüpide leviku, geneetilise mitmekesisuse ning fülogeograafia alastele analüüsidele.
Grey wolf (Canis lupus) populations in Estonia and Europe: genetic diversity, population structure and -processes, and hybridization between wolves and dogs
(2016-10-14) Hindrikson, Maris; Saarma, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Ajal, mil mitmete hundipopulatsioonide levila on Euroopas suurenemas, on teadmised hundi populatsioonigeneetikast vajalikud liigi jaoks oluliste kaitse- ja majandamisotsuste tegemiseks ja seda nii kohalike populatsioonide kui ka üleeuroopalisel tasandil. Käesoleva töö peamisteks eesmärkideks oli uurida Eesti ja Läti hundipopulatsioonide struktuuri ja –protsesse, hübridiseerumist koertega ning laiemalt kogu Euroopa huntide ruumilis-geneetilise mitmekesisuse mustreid ja trende. Kasutades nii emaliini, isaliini kui ka biparentaalseid geneetilisi markereid kombineerivat analüüsi, tuvastasime Eestis (esmakordselt) ja Lätis hundi ja koera hübriidid, sealjuures kaks hübriidi Lätist esindasid väga haruldast, Euroopas esmakordselt tuvastatud hübridiseerimisjuhtumit - emase koera ja isase hundi vahel. Eestit ja Lätit hõlmav hundipopulatsiooni geneetilisel analüüsil leiti neli geneetiliselt eristuvat rühma ning uudne DResD analüüs tuvastas populatsioonis migratsioonikoridori ning liikumisbarjääre ja kontakttsoone eri geneetiliste rühmade vahel. Suuremat osa Euroopa hundipopulatsioonidest hõlmav meta-analüüs tuvastas olulise ruumilise mitmekesisuse trendi – huntide madalaim geneetiline mitmekesisus esines Euroopa edelaosas ja kõrgeim kirdeosas. Tulemustes selgunud ruumilise autokorrelatsiooni vahemik 650-850 km näitab, et konkreetse hundipopulatsiooni geneetilist mitmekesisust võivad mõjutada hundipopulatsioonid, mis asuvad kuni 850 km kaugusel. Enamik Euroopa hundipopulatsioonidest on silmitsi sarnaste, inimese poolt otseselt või kaudselt seotud ohtudega: küttimine (sealhulgas salaküttimine), inimeste madal sallivus hundi suhtes, konfliktid kariloomade murdmise tõttu, elupaikade hävimine ning võimalik hübridiseerumine koertega. Selleks, et hunt säiliks Euroopas pikka aega ja soodsas seisundis, on vaja suurendada Euroopa hundipopulatsioonide üldist arvukust ja soodustada loomade levikut ja populatsioonide-siseseid ja -vahelisi seoseid. Hundi teaduspõhiseks kaitsmiseks ja majandamiseks nii piirkondlikel kui ka üleeuroopalisel skaalal, on hundipopulatsioone vaja hallata kui bioloogilisi üksusi, mis nõuab kõiki Euroopa hundipopulatsioone hõlmavaid täiendavaid geneetilisi analüüse, et teha kindlaks populatsioonide täpne arv, ruumiline jaotus, geenisiirde ulatused ning hübridiseerumise sageduse koertega.
Hariliku šaakali (Canis aureus) levimisega kaasnevad potentsiaalsed probleemid Eestis seoses kiskluse ja patogeenidega
(Tartu Ülikool, 2017) Satsi, Kristjan; Kinkar, Liina, juhendaja; Saarma, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Zoloogia osakond
Hundi (Canis lupus) ja koera (Canis familiaris) hübridiseerumine ning selle mõju euroopa hundipopulatsioonidele
(Tartu Ülikool, 2015-07-16) Viinapuu, Kadi; Saarma, Urmas, juhendaja; Plumer, Liivi, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Zoloogia osakond
Hundi (Canis lupus) toitumine sigade aafrika katku ja madala metssea arvukuse perioodil
(Tartu Ülikool, 2018) Dräbtsinski, Andrus; Valdmann, Harri, juhendaja; Saarma, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Zooloogia osakond
Hundipopulatsioonid Euroopa kesk-, ida- ja põhjaosas: struktuur, seotus ning peamised ohufaktorid
(Tartu Ülikool, 2017) Simson, Eneli; Saarma, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Zoloogia osakond
Huntide (Canis lupus) ja koerte (Canis familiaris) hübridiseerumine Euroopa põhjaosas
(Tartu Ülikool, 2018) Baumer, Rita; Susi, Kaari, juhendaja; Saarma, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Zooloogia osakond
Käsitiivaliste poolt edasikantavad patogeenid Euroopas ja neile endile ohtu kujutavad patogeenid
(Tartu Ülikool, 2016) Pärn, Maris; Kalda, Rauno, juhendaja; Saarma, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Zoloogia osakond
Kassidega levivad zoonootilised siseparasiidid ning meetodid nende tuvastamiseks
(Tartu Ülikool, 2024) Kütt, Ilona; Tull, Ants, juhendaja; Saarma, Urmas, juhendaja; Org, Elin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Koduloomad, sealhulgas kassid, on olulised parasiitide levitajad. Suur osa kassi parasiitidest on zoonootilised, mis tähendab, et parasiidid kanduvad loomadelt inimestele ja põhjustavad olulisi terviseprobleeme, mis võivad lõppeda ka surmaga. Eriti ohustatud on immuunpuudulikkusega inimesed. Arvestades kasside suurt arvukust ja sagedasi vahetuid kontakte inimeste ja kasside vahel, on zoonootiliste parasiitide ülekandumise tõenäosus kassilt inimesele kõrge. Seetõttu on kassidel esinevate zoonootiliste parasiitide uuringud ja parasiitide korrektne tuvastamine tähtis. Käesoleva töö eesmärk on anda referatiivne ülevaade peamistest kassidega levivatest zoonootilistest siseparasiitidest ja nende tuvastamiseks kasutatavatest morfoloogilistest ja molekulaarsetest meetoditest ning võrrelda meetodeid omavahel.
Kiskjalistega levivad ohtlikud parasiidid linnades ja probleemid nende identifitseerimisel
(Tartu Ülikool, 2016) Kalve, Kärt; Saarma, Urmas, juhendaja; Moks, Epp, juhendaja; Tull, Ants, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Zoloogia osakond
Koerte katkuviirus ja parvoviirus ning nende levik metsloomade seas Euroopas
(Tartu Ülikool, 2018) Jantson, Elina; Saarma, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Zoloogia osakond
Loomade viimase jääajaga seotud refuugiumid ja migratsioonid Euraasias
(Tartu Ülikool, 2013) Hommik, Kristiina; Saarma, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Zooloogia osakond
Metsise ja teiste kanaliste osa kiskjaliste toidus
(Tartu Ülikool, 2016) Kaljulaid, Maret; Soe, Egle, juhendaja; Saarma, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Zooloogia osakond
Peamised metsise (Tetrao urogallus) arvukust vähendavad ohutegurid
(Tartu Ülikool, 2014) Susi, Kaari; Saarma, Urmas, juhendaja; Valdmann, Harri, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Zoloogia osakond
Piirissaare kahepaiksete liigilise mitmekesisuse muutused ja väärarendite esinemine
(2010-08-18) Pappel, Piret; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Zooloogia osakond; Saarma, Urmas, juhendaja
Põistang-paelussi (Echinococcus granulosus sensu stricto) globaalne geneetiline mitmekesisus ja fülogeograafia
(Tartu Ülikool, 2021) Ojassoo, Käbi-Riin; Saarma, Urmas, juhendaja; Org, Elin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Echinococcus granulosus sensu stricto (s.s.) ehk põistang-paeluss on väike parasiit, kes põhjustab zoonootilist haigust nimega tsüstiline ehhinokokoos. Parasiidi levik on globaalne ja ta on ohtlik nii loomadele kui ka inimestele. ÜRO Toidu- ja Põllumajandusorganisatsioon on maailmas toiduga levivate haiguste seas kategoriseerinud põistangpaelussi tähtsuselt teisele kohale, mis näitab, kui suure rahvatervise probleemiga tegemist on. Antud töö eesmärgiks on kaardistada Pakistanist, Indiast ja Ukrainast saadud proovide genotüübid ja analüüsida nende geneetilist mitmekesisust mtDNA järjestuste põhjal. Samuti kaasates teiste poolt varem analüüsitud homoloogilisi mtDNA järjestusi, selgitada välja analüüsitud Pakistan, India ja Ukraina proovide evolutsioonilised seosed nendega ning globaalse fülogeograafia eripärad, sh. peamised migratsiooni suunad. Töös analüüsiti Pakistanist, Indiast ja Ukrainast pärinevaid proove. Kokku sekveneeriti 86 uut mtDNA järjestust pea kogu mitogenoomi ulatuses (11549 aluspaari). Andmeanalüüsiks täiendati valimit 335 eelnevalt sekveneeritud ja eri maailma piirkondadest pärit E. granulosus s.s. homoloogilise mtDNA järjestuse võrra, neist 280 kuulusid genotüüpi G1 ja 55 genotüüpi G3. Täiendatud andmekoguga teostati fülogeneetiline ja fülogeograafiline analüüs. Analüüside tulemused näitasid, et nii G1 kui ka G3 genotüüpide geneetiline mitmekesisus on väga kõrge. Samas G1 on fülogeograafiliselt nõrgalt struktureeritud, st. samast regioonist pärit proovid olid sageli geneetiliselt üksteisest kauged. Eeldatavaks põhjuseks on rahvusvaheline loomakaubandus. Seevastu G3 on fülogeograafiliselt hästi struktureeritud ja geograafiliselt lähedased isolaadid olid enamasti ka geneetiliselt lähedased. Seega kui G1 on loomakaubanduse tõttu geograafiliselt segunenud, siis G3 fülogeograafiline jaotus on pigem loodusliku leviku tulemus.