Browsing by Subject "16S rRNA geeni sekveneerimine"

Now showing 1 - 4 of 4

listelement.badge.access-status Open Access ,
Hiiremudeli kasutamine inimese soolestiku mikrobioomi uurimiseks
(Tartu Ülikool, 2023) Ruhno, Claudia Maria; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Inimese mikrobioomi analüüsimiseks kasutatakse tihti loommudeleid, millest levinuim on hiir. Üheks uurimismeetodiks on fekaalne mikrobioota siirdamine, mille teel kantakse inimese mikroobikooslus üle katselooma. Sellise meetodi kasutamine on mikrobioomi uuringutes levinud, kuid vähe on analüüsitud, kui informatiivne on katseloomana kasutatav hiir inimese mikroobikoosluste uurimiseks. Bakalaureusetöö raames analüüsiti Eesti Mikrobioomi projekti (EstMB) doonorite väljaheiteproove ja fekaalse transplantatsiooni läbinud hiirte mikrobioomi enne ja pärast siirdamist. Analüüsi käigus leiti uurimisgruppide vahel märkimisväärseid erinevusi nii bakteriperekondade kui ka mikroobikoosluse mitmekesisuse tasandil. Täpsemate järelduste tegemiseks tuleks läbi viia metagenoomne analüüs, mis võimaldaks kooslusest tuvastada lisaks bakteritüvedele viiruseid ja eukarüoote ning muid mikrobioomi komponente.
listelement.badge.access-status Open Access ,
Hiiremudeli kasutamine inimese soolestiku mikrobioomi uurimiseks
(Tartu Ülikool, 2023) Ruhno, Claudia maria; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Inimese mikrobioomi analüüsimiseks kasutatakse tihti loommudeleid, millest levinuim on hiir. Üheks uurimismeetodiks on fekaalne mikrobioota siirdamine, mille teel kantakse inimese mikroobikooslus üle katselooma. Sellise meetodi kasutamine on mikrobioomi uuringutes levinud, kuid vähe on analüüsitud, kui informatiivne on katseloomana kasutatav hiir inimese mikroobikoosluste uurimiseks. Bakalaureusetöö raames analüüsiti Eesti Mikrobioomi projekti (EstMB) doonorite väljaheiteproove ja fekaalse transplantatsiooni läbinud hiirte mikrobioomi enne ja pärast siirdamist. Analüüsi käigus leiti uurimisgruppide vahel märkimisväärseid erinevusi nii bakteriperekondade kui ka mikroobikoosluse mitmekesisuse tasandil. Täpsemate järelduste tegemiseks tuleks läbi viia metagenoomne analüüs, mis võimaldaks kooslusest tuvastada lisaks bakteritüvedele viiruseid ja eukarüoote ning muid mikrobioomi komponente.
listelement.badge.access-status Open Access ,
Mikroobikoosluse analüüsi võimalikkus Eesti jämesoolevähi sõeluuringus kasutatavatest peitvere testi proovidest
(Tartu Ülikool, 2024) Toodu, Johanna; Krigul, Kertu Liis, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Jämesoolevähk on levinud kõrge suremusega vähivorm, mille varaseks tuvastamiseks viiakse läbi riiklikke sõeluuringuid. Sõeluuringutes kasutatakse peitvere teste, kus patsiendi väljaheitest mõõdetakse peitverd, mis on jämesoolevähi esinemise tunnuseks. Samas on arvukad uuringud näidanud, et jämesoolevähki põdevatel inimeste soole mikroobikooslus erineb tervete inimeste omast märkimisväärselt. Lisaks peitverele võiks mikroobide analüüsimine peitvere testi tuubidest aidata jämesoolevähki varem ja täpsemalt tuvastada. Antud töös püüti välja selgitada, kas peitvere testi tuubidest on võimalik mikroobikoosluse DNAd eraldada ning sekveneerida, kui selle jaoks kasutada modifitseeritud DNA eraldamise protokolli. Katsete käigus selguski, et mikroobse koosluse tuvastamine on peitvere testidest võimalik. Tulevikus oleks vaja katsetesse kaasata suurem valim, et teha statistiliselt olulisi järeldusi.
listelement.badge.access-status Open Access ,
Suu mikrobioomi seosed jämesoolevähiga
(Tartu Ülikool, 2022) Sootak, Linda; Krigul, Kertu Liis, juhendaja; Org, Elin , juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Inimese suus on mitmekesine mikrobioomi kooslus, mis avaldab olulist mõju inimese tervisele ja on seotud mitmete haiguste tekkega. Jämesoolevähk on levinud vähivorm, mille levimus on kasvamas ja seda eriti noorte täiskasvanute seas. Selle varajane ja täpne diagnoosimine on tähtis, et tagada kõrge elulemus ja madalad ravikulud. Selleks käivad uuringud mitteinvasiivsete diagnostiliste meetodite leidmiseks. Antud töö käigus uuriti TÜ Kliinikumi riikliku jämesoolevähi sõeluuringus osalejate ja jämesoolevähi patsientide suu mikrobioomi. Uuringu käigus tuvastati olulised erinevused nii uuringugruppide mikrobioomi mitmekesisuses kui ka bakteriperekondade vahel. Tulevikus on vaja kaasata suurem valim ning koguda infot erinevate polüübi- ja vähistaadiumite kohta, et teha kindlamaid järeldusi ja tuvastada vähistaadiumi spetsiiline mikroobikooslus.