NCBI BLAST ja BLAST+ pakettide programmide blastn ja megablast ülevaade, versioonide võrdlus ja analüüs
Date
2016
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Tartu Ülikool
Abstract
Uurimistöö annab ülevaate BLAST pakettidest ja nende abil DNA järjestustele homoloogsete
järjestuste otsimisest. Tutvustatakse BLAST algoritmi tööpõhimõtet, vajalikke kontseptsioone
ja mõisteid ning selgitatakse, kuidas muuta otsinguparameetreid, ja mida see endaga kaasa
toob. Lisaks tutvustatakse alternatiivseid programme, millega saab homoloogiaotsinguid
sooritada.
Töö praktiline osa keskendub elurikkuse infosüsteemide PlutoF ja UNITE analüüsimoodulis
kasutatavale BLAST paketi megablast otsingukäsule. Töös leiti, mida on vaja teha
üleminekuks uuele BLAST+ homoloogiaotsinguprogrammile blastn, ja võrreldi katseliselt
nende programmide päringute ressursikasutust (aeg, mälu). Lisaks analüüsiti päringuid
maskeeritud ja indekseeritud andmebaasiga.
Description
Keywords
BLAST, megablast, blastn, homoloogiaotsinguprogramm