Seenekoosluste tuvastamine jääajajärgsetest järve põhjasetetest 18S rDNA ja ITS2 ala järjestuste põhise meetodiga
Date
2016
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Tartu Ülikool
Abstract
Järve põhjasetetest seente mitmekesisuse ja ökoloogilise rolli hindamiseks kasutati ajaloolisele DNAle optimeeritud PCRi koos ITS2 ja 18S rDNA ala praimeritega. Seente mitmekesisuse ja liigrikkuse hindamiseks arvutati Chao1, Shannon-Weaver ja tasakaaluindeksid. Kokku tuvastati 343 seente perekonda, mis kuulusid 8 hõimkonda. Domineerivateks hõimkondadeks olid Basidiomycota ja Ascomycota. Universaalsete 18S rDNA praimerite abil tuvastati lisaks taimi (sh okaspuid), loomi ja protiste. Okaspuude esinemist järve ümbruses toetab Pinus ja Picea taimeperekonna parasiitsete seente tuvastamine settest ITS2 ala abil. Ökoloogiliselt rollilt esines tuvastatud seente seas rohkelt taimeparasiite, taimeseoselisi seeni ja saprotroofe. Esines ka putukate parasiite, koprofiilseid ja seenparasiitseid seeni. Paleoelustiku rekonstrueerimiseks ja organismidevaheliste seoste leidmiseks osutus tulemuslikuks kasutada ITS2 ja 18S rDNA ala koos.
Description
Keywords
paleolimnoloogia, mükoloogia, 18S rDNA ja ITS2 ala, PCR optimeerimine, teise põlvkonna sekveneerimine