Meditsiiniliselt oluliste geenivariantide tõlgendamine RNA ekspressiooniandmete abil
Date
2017
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Tartu Ülikool
Abstract
Kogu transkriptoomi sekveneerimine (RNA-Seq) võimaldab tuvastada patogeensete variantide toimet mRNA avaldumisele ning struktuurile. Käesoleva töö eesmärgiks oli uurida meditsiiniliselt oluliste geenivariantide mõju transkriptoomi tasemel. Selleks viidi läbi RNA-Seq andmete analüüs uuritavate geenide ekspressioonitaseme, splaissingumustri ja alleel-spetsiifilise ekspressiooni tuvastamiseks. Uuringusse sai valitud 21 indiviidi, kellel esinesid mutatsioonid 13 erinevas geenis. Kõikidel uuritavatel mutatsioonidel oli potentsiaalne mõju transkriptoomile, kuna nende hulgas olid raaminihke, enneaegse stoppkoodoni ja splaissingusaitide mutatsioonid. Ekspressioonianalüüsi tulemuste alusel valiti järgnevasse splaissinguanalüüsi 17 indiviidi. Viiel indiviidil tuvastati alternatiivse splaissingu sündmused, mille hulgas olid eksoni vahelejätmine, introni säilitamine ja alternatiivsete splaissingusaitide kasutamine. Alleel-spetsiifilist ekspressiooni (ASE) uuritavatel indiviididel ei tuvastatud.
Description
Keywords
RNA-Seq, alternatiivne splaissing