Andreson, Reidar, juhendajaJõesaar, AndreaTartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkondTartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut2020-06-182020-06-182020http://hdl.handle.net/10062/68041Tänapäeval on ligi 2% täiskasvanutest toiduallergiad ja ka ristsaastumisel toitu sattunud allergeen osutuda mõnele allergikule ohtlikuks. Allergeenide tuvastamiseks proovist saab kasutada teise põlvkonna sekveneerimisel põhinevaid k -meere ehk k pikkuseid DNA lõike kasutavad meetodeid, mis pakuvad suurt tundlikkust ning täpsust. Tänu oma haploidsele pärandumisele, rohkusele keskkonnaproovis ja vähesele rekombinatsioonile on liikide eristamiseks tüüpiliselt kasutusel mitokondriaalne DNA. Käesoleva töö põhieesmärk oli töötada välja metoodika spetsiifiliste k -meeride leidmiseks sihtmärgiks olevate loomaliikide mitokondritest. Loodud meetod, mis põhineb filtreerimisel kasutades programmi nblast , leiab ühele sihtmärgile k -meeride komplekti keskmiselt 34 minutiga. Leiti, et saadud k -meeride komplektid annavad üldiselt tugeva signaali, kui neid testida sihtmärgi täisgenoomil toorlugemitelopenAccessAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internationalk-meeridtoiduallergiaNGSGenomeTester4bakalaureusetöödSpetsiifiliste k -meeride leidmine inimesel toiduallergiat põhjustavate loomaliikide määramiseksThesis