Rajashekar, BalajiTulmin, Hans Peeter2017-04-262017-04-262015http://hdl.handle.net/10062/56132Üha süvenev huvi geneetikasse on kaasa toonud epigeneetiliste modifikatsioonide avastamise. Epigeneetilisteks modifikatsioonideks loetakse rakulisi tunnuseid mis pole põhjustatud DNA sekventsis esinevatest erinevustest. Sellistest modifikatsioonidest on enim uuritud DNA metülatsiooni, mis seisneb DNA nukleobaasile metüülrühma lisandumises. Vaatamata sellele, et metülatsiooni ennast on uuritud, vaadatakse metülatsiooni enamasti lugemite kaupa. See, kuidas metülatsiooni esinemisega seotud nukleobaasid teineteist mõjutavad, on suhteliselt tundmatu. Üheks põhjuseks, miks DNA paaride kaupa metülatsiooni piisavalt uuritud pole, võib pidada tööriistade vähesusest. Kahjuks on selle valdkonna kohta avaldatud vaid paar uurimustööd. Selle bakalaureusetöö eesmärgiks on anda lugejale ülevaade paaride kaupa DNA metülatsiooniga seotud eksperimendi läbiviimisest ja esitleda tööriista R paketi kujul, mis võimaldab koguda lugemitest andmeid paaride kaupa metülatsiooni kohta.The ever-increasing interest in genetics has lead to the discovery of epigenetic alterations - cellular trait variations not caused by the changes in the DNA sequence. DNA mehtylation is the most researched one of the alterations, being the addition of a methyl group to a DNA nucleobase. Even though methylation itself has been reseached, it is often considered on a per-read basis. The pairwise influence of methylation sites is still relatively unexplored. One of the reasons for this is that it is difficult to conduct such an experiment, mainly due to the lack of tools. The matters are worse with pairwise methylation, as only a few papers have been published about the topic. The aim of this thesis is to provide insight in conducting an analysis of pairwise DNA methylation, and to provide a tool as an R package for extracting pairwise methylation values.engThesis