Keemia õppekava bakalaureusetööd – Bachelor's theses
Selle kollektsiooni püsiv URIhttps://hdl.handle.net/10062/30296
Sirvi
Viimati lisatud
Kirje GABRA2 geeni polümorfismide rs279826 ja rs279858 seos ärevuse ja depressiivsusega(Tartu Ülikool, 2024) Maanurm, Stella Lise; Laugus, Karita; Harro, Jaanus; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutTöö raames uuriti GABA-A retseptori alaühiku α2 geeni ühenukleotiidsete polümorfismide (SNP) rs279826 ja rs279858 seost seisundi-, püsiärevuse ja depressiivsusega. Vastavad genotüübid määrati Eesti laste isiksuse, käitumise ja tervise uuringu (ELIKTU) lapsevanemate valimis, kasutades RT-PCR meetodit. Proovis esinev alleel tuvastati SNP-le seondunud TaqMan™ sondi fluorestsentssignaali alusel. Varasemast uuringust oli teada, et rs279826 ja rs279858 A-alleel on ELIKTU laste valimis seotud suurema agressiivsuse ja alkoholi tarbimisega. Töö tulemusena leiti, et naistel on rs279826 A/A genotüüp seotud suurema seisundi- ja püsiärevusega ning rs279826 naiste depressiivsuse ning rs279858 depressiivsuse ja püsiärevuse tulemustes esines heteroosiefekt.Kirje Molekulisisese fluorestsentsi summutajaga fluorestsentssondide arendamine aktiivsete proteiinkinaaside analüüsiks(Tartu Ülikool, 2024) Kärbla, Reelika; Viht, Kaido; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutProteiinkinaasid on ensüümid, mis katalüüsivad valkude fosforüülimist, sidudes selleks ATP ja valksubstraadi. Proteiinkinaaside häired on seotud haigustega nagu vähk, diabeet ning põletikulised haigused. Seetõttu on oluline arendada proteiinkinaaside inhibiitoreid, mis on unikaalsed ja tugevatoimelised kasvajavastased ained. Bakalaureusetöö eesmärk on sünteesida basofiilsete proteiinkinaaside fluorestsentssondid, mille fluorestsentsi intensiivsus muutuks märkimisväärselt sondi proteiinkinaasiga seondumisel. Selleks sünteesitakse kolm bisubstaatset inhibiitorit, mis erinevad peptiidosa poolest ning peptiidosa külge seotakse fluorestsentsmärgis, mis ei kahjusta ühendi võimet seonduda proteiinkinaasiga. Lisaks sisaldavad sünteesitud bisubstraatsed inhibiitorid ATP-taskusse seonduvat struktuuriosa, mis ühtlasi toimib fluorestsentsi summutajana.Kirje Nanopoorse süsinikadsorbendi abil tramadooli vesilahusest eemaldamise eksperimentaalne tuvastamine ja andmepõhine modelleerimine(Tartu Ülikool, 2024) Timmi, Paula; Käärik, Maike; Maran, Uko; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutRaviaine jääkide üha suurenevad kogused keskkonnas on viimaste aastakümnetega muutumas aina suuremaks probleemiks. Käesolevas bakalaureusetöös uuriti raviaine jääkide eemaldamist vesikeskkonnast adsorptsioonil nanopoorsele süsinikmaterjalile. Selleks mõõdeti 104 nanopoorse süsinikmaterjali adsorptsioonivõime ja tuletati andmepõhise masinõppe lähenemisi rakendav arvutusmudel. Mudeli abil saab kirjeldada ja prognoosida nanopoorse süsinikmaterjali võimet eemaldada vesilahusest raviaine jääke, kasutades selleks süsinikmaterjali poorset struktuuri iseloomustavaid tunnuseid.Kirje Photoelectrocatalytic Hydrogen Generation at Photocathode Based on Silicon Nanowires Grown from Alternative Seeds(Tartu Ülikool, 2024) Olli, Paul Erik; Nerut, Jaak; Chenevier, Pascale; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutThe aim of the study was to explore alternative growth seeds to gold nanoparticles for the synthesis of silicon nanowires (SiNWs), characterise the SiNWs grown from alternative seeds, create a water splitting photocathode based on SiNWs, and evaluate the photoelectrocatalytic performance of the photocathode. Quantum dots were synthesised and used as alternative seeds for the SiNWs, which were grown on an amorphous carbon substrate. Scanning electron microscopy estabished the sizes and shapes of the nanowires. Every constituent metal of quantum dots was attributed to a specific morphological characteristic of the nanowires. The kinetics of SiNW growth on alternative seeds was evaluated. Catalyst electrodeposition proved the be the best catalyst application method. Photocathode with SiNWs from alternative seeds was found to be inferior to the photocathode with SiNWs grown from gold nanoparticles. Alternative growth seeds proved to be suitable and of interest for growing SiNWs.Kirje Nanopoorse süsinikmaterjali abil tsiprofloksatsiini vesilahusest eemaldamise eksperimentaalne määramine ja andmepõhine modelleerimine(Tartu Ülikool, 2024) Krjukova, Nadežda; Käärik, Maike; Maran, Uko; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutRaviainete jääkide jõudmine veekogudesse ja põhjavette on muutunud suureks ohuks meid ümbritsevale keskkonnale. Suurtes kogustes antibiootikumide leidumine looduses põhjustab mikroobide resistentsust ja vähendab haiguste ravi tulemuslikkust. Bakalaureusetöö raames uuriti nanopoorse süsinikmaterjali võimet eemaldada tsiprofloksatsiini vesilahusest kindlates katsetingimustes. Analüüsiti 104 materjali ning tuletati kaks QnSPR mudelit, mis aitavad kirjeldada ja prognoosida nanopoorse süsinikmaterjali võimet eemaldada vesilahusest tsiprofloksatsiini. Masinõppe mudelite abil leiti seos materjali poorsete struktuuriomaduste ja tsiprofloksatsiini molekuli suuruse vahel.Kirje Kromatogrammid õppetööks ja FAIR andmeteks(Tartu Ülikool, 2024) Prokoptšik, Mirjam; Zapata Flores, Ernesto de Jesus; Herodes, Koit; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutTöö eesmärk on teostada parameetreid muutes erinevaid vedelikkromatograafilisi analüüse ja kasutada saadud kromatogramme õppematerjalides. Esmalt selgitatakse erinevate parameetrite mõju tulemustele ning seejärel illustreeritakse neid kasutades reaalseid kromatogramme. Kromatograafilisi analüüse tehti 4 erineva parabeeniga – metüül-, etüül-, propüül-, butüülparabeeniga – ning uratsiili ja tiouureaga. Instrumendiks kasutatati klassikalist kõrgefektiivset vedelikkromatograafi Agilent 1100 dioodrivi detektoriga. Teine töö eesmärk on kirjeldada FAIR andmete põhimõtteid ja nende olulisust vedelikkromatograafilise analüüsi kontekstis ning luua veebilehe mudel mis võimaldab kromatograafilisi andmestikke FAIR põhimõtteid järgides avalikustada, vaadata ja muuta.Kirje Asa-arginiini sisaldava asa-peptiidi H-RasaRASVA-NH2 süntees(Tartu Ülikool, 2024) Palmet, Madis; Ploom, Anu; Troska-Palla, Alla; Palla, Rait; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutPeptiidid on mitmetes eri valdkondades huvipakkuvad ühendid, kuid nende kasutamist ravimitena raskendavad halb membraanläbitavus ja väike metaboolne stabiilsus. Nende omaduste parandamiseks arendatakse peptidomimeetikuid. Asa-peptiidid on peptidomimeetikud, mille abil üritatakse eelkõige suurendada peptiidide metaboolset stabiilsust elusorganismides. Asa-peptiidide omadusi on aga uuritud vähe, kuna puuduvad efektiivsed meetodid nende sünteesimiseks. Peamine probleem on aminohappe lisamine asa-aminohappejäägi N-terminaalile. Käesoleva töö eesmärk on sünteesida proteiinkinaas A minimaalse substraadi RRASVA asa-analoog RasaRASVA, kasutades tahke faasi peptiidisünteesi (SPPS) eeskirja. Töö tulemusena sünteesiti asa-peptiid RasaRASVA ning Ghosez reagent osutus seni testitud aminohappe aktivaatoritest efektiivseimaks asa-peptiidsideme moodustamisel Arg ja asaArg vahel. Samas asa-aminohappejäägi N-terminaalile järgmise aminohappe lisamise reaktsioonitingimused vajavad veel optimeerimist.Kirje Poloksameer 407 allüülderivaadi süntees ning selle sobivus elusmaterjali maatriksiks(Tartu Ülikool, 2024) Nagel, Lisette ; Priks, Hans; Tamm, Tarmo; Mäeorg, Uno; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutBakalaureusetöö raames uuriti võimalust luua varasematest UV-polümeriseeritavatest poloksameer 407 (edaspidi F127) põhinevatest derivaatidest keemiliselt stabiilsem F127 derivaat, mida saaks kasutada elusmaterjali maatriksina. Uurimiseks valiti F127 diallüül. Töö käigus leiti sobiv sünteesimeetod F127 diallüülderivaadi valmistamiseks ning lähteaine konversiooni määrati tuumamagnetresonantsspektroskoopia abil. Uuriti võimalusi F127 diallüülderivaadi fotopolümeriseerimiseks. Polümerisatsiooni jälgimiseks ning moodustunud võrgustiku tugevuse hindamiseks mõõdeti reomeetriga materjali salvestusmooduli muutust fotopolümerisatsiooni käigus. Pundumisteguri ning polümeeri fraktsiooni hindamiseks viidi läbi pundumiskatsed. Töö tulemusena selgus, et F127 diallüülderivaati on küll edukalt võimalik sünteesida, samuti leiti meetod selle fotopolümeriseerimiseks, kuid saadud hüdrogeel ei omanud elusmaterjali maatriksi jaoks piisavat ristseotuse määra ja tugevust.Kirje Poolpreparatiivse LC-MS metoodika arendamine fluoroühendite kvantitatiivseks 19F-NMR analüüsiks(Tartu Ülikool, 2024) Tõnso, Liina; Toom, Lauri; Herodes, Koit; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutKäesolevas töös arendati poolpreparatiivse LC-MS eraldamise ja kvantitatiivse 19F-NMR analüüsi metoodikat, mida saaks kasutada fluoroorgaaniliste ühendite, sealhulgas PFAS-de analüüsiks keskkonnaproovides. Metoodika arendamisel kasutati mudelsüsteemi, mis koosnes fluniksiinist ja ketoprofeenist, millest eraldada ja poolpreparatiivselt koguda fluniksiin. Saadud lahus kontsentreeriti ja viidi läbi qNMR analüüs.Kirje Hüdrolüüsi ligniini funktsionaliseerimine protoonsete ioonsete vedelike keskkonnas(Tartu Ülikool, 2024) Kurvits, Lauri; Vider, Henri; Salmar, Siim; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutFossiilsete energiaressursside ülekasutamine ja sellest tulenevad keskkonnaprobleemid on ajendanud taastuvate alternatiivsete lähteainete väljatöötamist. Üheks selliseks alternatiiviks on lignotselluloosne biomass, mida saab kasutada erinevate biomaterjalide ja kemikaalide tootmiseks. Lignotselluloosse biomassi fraktsioneerimise seisukohalt on ligniini väärindamine oluline. Käesoleva töö eesmärk on leida ligniinile väärindamise võimalusi, kasutades keskkonnasõbralikke ja taaskasutatavaid ioonseid vedelikke. Valitud ioonsete vedelike keskkonnas funktsionaliseeriti HL-i saamaks kõrgväärtuslike materjale.Kirje Isotoopmärgistatud derivatiseeriva reagendi dietüületoksümetüleenmalonaadi süntees ja rakendamine LC-MS analüüsis(Tartu Ülikool, 2024) Ojasoo, Kairi; Toom, Lauri; Herodes, Koit; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutTöös sünteesiti isotoopmärgistatud derivatiseerivat reagenti dietüületoksümetüleenmalonaati (13C3-DEEMM). Derivatiseeriv reagent leiab kasutust vedelikkromatograaf-massispektromeetriga (LC-MS) analüüsil aminoühendite kromatograafilise eraldamise parandamiseks. Isotoopmärgistatud reagendiga derivatiseerimine võimaldab analüütide tuvastamist ja kvantiseerimist veelgi parandada. Bakalaureusetöös optimeeriti olemasolevat reaktsiooni- ja saaduste puhastamise eeskirja väiksemate ainekoguste jaoks sobivaks. Optimeeritud sünteesieeskirja kasutades sünteesiti 92 mg 13C3-DEEMM-i (saagis ca 80%), millest piisab vähemalt 30-ks derivatiseerimiskorraks. Isotoopmärgistatud DEEMM-i kasutamine tõstis LC-MS analüüsimeetodi selektiivsust. 13C3-DEEMM-i rakendati neutraali kao skanneeringul, kus selle kasutamine hõlbustas märkimisväärselt aminoühendite detekteerimist.Kirje Sulfoksimiinide ja mõnede muude nõrkade aluste aluselisus atsetonitriilis(Tartu Ülikool, 2024) Soosaar, Jan Erik ; Lõkov, Märt; Leito, Ivo; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutKäesolevas töös täiendati varasemalt avaldatud aluste pKaH-skaalat atsetonitriilis. Kokku lisati skaalasse 16 uut alust: kaheksa sulfoksimiini, viis aromaatset amiini, kaks sulfoonamiidi ja üks sulfoksiid. Täiendati skaala nõrkade aluste piirkonda ning pikendati seda. Leiti seoseid aluste struktuuri ning pKaH väärtuste vahel. Leiti, et induktsiooni- ja konjugatsiooniefektid, mis stabiliseerivad aluse neutraalset vormi alandavad aluse aluselisust. Avastati veel, et kõige nõrgematel alustel, mida mõõdeti, on praeguse skaala kontekstis negatiivsed pKaH väärtused, mis viitab, et skaala nõrkade aluste piirkond on tegelike väärtustega võrreldes nihkes.Kirje Fluorestsentsligandi CELT-419 seondumise iseloomustamine dopamiin D3 retseptorile(Tartu Ülikool, 2024) Meriste, Elo; Laasfeld, Tõnis; Tahk, Maris-Johanna; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutBakalaureusetöö raames uuriti dopaminergilise fluorestsentsligandi CELT-419 seondumist dopamiin D3 retseptorile kasutades fluorestsentsanisotroopia ja epifluorestsentsmikroskoopia meetodeid. Retseptori allikana kasutati nii D3 retseptoriga pungunud bakuloviirusi kui ka inimese embrüonaalseid neerurakke, milles D3 retseptor on üleekspresseeritud. Teostati küllastussidumise ja kineetika katsed.Kirje Proteiinkinaasi PKN3 bisubstraatsete inhibiitorite arendamine(Tartu Ülikool, 2024) Petrov, Denis ; Viht. Kaido; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutProteiinkinaasid on ensüümid, mis vastutavad normaalse rakutalitluse eest. Nende liigaktiivsust on seostatud erinevate haigustega nagu diabeet ning erinevad vähkkasvajad. See on põhjustanud suure osa ravimiarenduse keskendumist proteiinkinaaside inhibiitorite arendamisele. Antud töös arendati välja kolm uut bisubstraatset inhibiitorit proteiinkinaas N3-le, mida on loetud perspektiivseks ravimi sihtmärgiks selle suurenenud sisalduse tõttu vähirakkudes. Uurimistöös õnnestus suurendada nii bisubstraatsete inhibiitorite seondumisvõimet kui ka seondumiseelistust proteiinkinaasile N3.Kirje Asa-valiini sisaldavate asa-peptiidide süntees(Tartu Ülikool, 2024) Noormets, Cynthia; Ploom, Anu; Troska-Palla, Alla; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutPeptidomimeetikud on modifitseeritud peptiidid, mille üheks näiteks on asa-peptiidid. Peptiidide struktuurimuutuste eesmärgiks on parandada nende omadusi, et neid saaks kasutada näiteks paremate ravimikanditaatidena. Asa-peptiidide uurimist takistab nende sünteesimeetodite piiratus, kuna traditsioonilises tahkefaasi peptiidisünteesi (SPPS) meetodid alati ei toimi. Asa-peptiidsideme moodustamise efektiivsust mõjutab suuresti asa-aminohappe külgrühma steeriline takistus ning parimate saagiste saamiseks tuleb leida sobivad aktivaatorid ja nende kasutamise metoodika. Käesoleva töö eesmärgiks oli uurida aminohappe aktivaatorite TCFH ja Ghosez reagendi efektiivsust asa-peptiidsideme moodustamisel steeriliselt mahukaima asa-aminohappega, asa-valiiniga (asaVal). Aktivaatoreid testiti esmalt mudelpeptiidides H-Ala-asaVal-Phe-NH2 ja H-Ser-asaVal-Phe-NH2. Seejärel sünteesiti PKA miinimumsubstraadi RRASVA asa-analoog RRASasaVA. Selgus, et Ghosez reagent on seni testitud aminohappe aktivaatoritest tõhusaim asaVal-i N-terminaalile järgmise aminohappe lisamiseks.Kirje Kombineeritud ATR-FT-IR, py-GC-MS ja SEM-EDS metoodika väljatöötamine orgaaniliste pigmentide analüüsiks(Tartu Ülikool, 2024) Polis, Anu; Vahur, Signe; Teearu-Ojakäär, Anu; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutKäesolevas bakalaureusetöös töötati välja kombineeritud metoodika ATR-FT-IR-i, py-GC-MS-i ja SEM-EDS-i orgaaniliste pigmentide uurimiseks. Töös analüüsiti kümmet erinevat pigmenti erinevatest värvigruppidest (sinine, roheline, kollane, punane) ja esindatud olid nii naturaalsed kui ka sünteetilised pigmendid. Väljatöötatud metoodikaid kastetati kolmelt maalilt võetud proovidele ja ühele referentsproovile.Kirje Rasklahustuvate raviainete oktanool-vesi jaotusteguri eksperimentaalne määramine ja võrdlus ennustatud väärtustega(Tartu Ülikool, 2024) Altnurme, Adelle; Maran, Uko; Oja, Mare; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutOktanool-vesi jaotustegur (logD) kirjeldab dissotsieeruva keemilise ühendi hüdrofoobsust, mistõttu kasutatakse seda omadust laialdaselt ravimiarenduse algetappides. Kuigi jaotustegurit saab katseliselt mõõta, on ravimiarenduses kasutusel ennustusmeetodid, mis võimaldavad jaotusteguri väärtusi ennustada nii uutele kui ka sünteesimata ühenditele. Töös uuriti, kui hästi suudavad ennustusmeetodid ennustada vees rasklahustuvate raviainete jaotusteguri väärtusi. Selleks määrati 35 rasklahustuva raviaine jaotusteguri väärtused loksutusmeetodiga pH väärtustel 3, 5, 7,4 ja 9, koostati pH-logD profiilid ning arvutati välja profiilidele iseloomulikud parameetrid. Tarkvarade ADMET Predictor, MarvinSketch, Pallas ja Percepta ennustatud väärtusi võrreldi katseliste väärtustega. Katseliste ja ennustatud väärtuste võrdlusel selgus, et parim ennustusvõime on ADMET Predictori s+logD meetodil.Kirje Elulevuse profiili mõõtmine resasuriini meetodil glioblastoomi rakuliinis U87-MG hüpoksilistes ja normoksilistes tingimustes(Tartu Ülikool, 2023) Krõlov, Mattias Kaspar; Lavõgina, Darja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutBakalaureusetöö raames koostati glioblastoomi rakuliini U87-MG elulevuse profiil hüpoksilistes ja normoksilistes tingimustes pärast rakkude 48 h töötlust kindla ensüümiklassi inhibiitoriga. Resasuriini meetodil mõõdeti kokku 11 inhibiitorit ja üks kontrollühend (lomustiin). Inhibiitorite sihtmärkideks olid epigeneetiliste modifikatsioonidega või rakutsükliga seotud ensüümid. Inhibiitorite omavaheliseks võrdlemiseks leiti iga ühendi jaoks kontsentratsioon, mille puhul elulevus langes 50% võrra. Töö tulemusena selgus rakutsükliga seotud ensüümide inhibiitorite kõrgem efektiivsus.Kirje LC-MS analüüsimetoodika arendamine ja valideerimine ravimijääkide määramiseks linnumaksast(Tartu Ülikool, 2023) Põdersalu, Maris; Herodes, Koit; Leivits, Madis; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutTöö käigus arendati QuEChERS-i multimeetodil põhinev LC-MS metoodika kuue mittesteroidse põletikuvastase ravimi, nimelt ibuprofeeni, ketoprofeeni, fluniksiini, firokoksiibi, meloksikaami, karprofeeni, ning atsetaminofeeni määramiseks linnumaksast. Lõppeesmärgiks oli analüüsida neid aineid röövlindude maksadest ning hinnata, kas arendatud metoodikaga oleks võimalik uurida ravimireostuse ulatust. Valideerimine viidi läbi vastavalt Euroopa Ravimiameti valideerimisjuhendile, kasutades ValChrom-i tarkvara, millega hinnati metoodika määramispiire, selektiivsust, lineaarsust, korduvust, laborisisest korratavust ja tõesust. Analüüsiti kümne kanakulli maksasid, kusjuures kolme linnu proovist tuvastati meloksikaami (kontsentratsioonid 2,1 ng/g, 0,49 μg/g ja alla määramispiiri), mida oli Eesti Maaülikoolis kasutatud lindude ravimiseks.Kirje Erinevate indooli derivaatide happelisuse määramine atsetonitriilis(Tartu Ülikool, 2023) Kõster, Kristjan; Leito, Ivo; Saame, Jaan; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituutSuurus pKa on keemias kasutusel kirjeldamaks ainete happelisi ja aluselisi omadusi. Konkreetsel happel või alusel on see väärtus aga igas lahustis erinev. Üheks väga sobivaks lahustiks happe-aluse uuringute jaoks on atsetonitriil, kus on välja töötatud spektrofotomeetriline tiitrimismeetod pKa väärtuste määramiseks. Kasutades seda meetodit leiti 9 erineva indooli derivaadi pKa väärtused atsetonitriilis. Need jäid vahemikku 22,12 – 29,91. Mõõdetud ainetest nõrgim hape on 7-nitroindool ja tugevaim on 5-nitroisatiin. Töö aitas täiendada hapete pKa skaalat atsetonitriili keskkonnas, eeskätt just nõrgemate hapete osas, kus seni oli happeid pigem vähe, ja aitas kaasa Dmitri Trubitsõni doktoritöö valmimisele.