Statistiline test k-meeride abil DNA tandemkorduse koopiaarvu määramiseks

Simple item page
dc.contributor.advisorMöls, Märt, juhendaja
dc.contributor.authorMei, Kea
dc.contributor.otherTartu Ülikool. Matemaatika-informaatikateaduskondet
dc.contributor.otherTartu Ülikool. Matemaatilise statistika instituutet
dc.date.accessioned2015-12-14T14:46:07Z
dc.date.available2015-12-14T14:46:07Z
dc.date.issued2015
dc.description.abstractKäesoleva töö eesmärgiks on välja töötada statistiline test, mille abil on võimalik kindlaks määrata, kas indiviidi DNA tandemkorduse koopiaarv ehk DNA ahelas järjestikku korduva osa korduste arv vastab referentsgenoomis kirjapandud korduste arvule. Kui tandemkorduse koopiaarv varieerub indiviiditi, siis on tegemist varieeruva arvuga tandemkordusega ehk VNTR-iga. Varieeruva arvuga tandemkorduste ülesleidmine võimaldab paremini kirjeldada indiviididevahelisi geneetilisi erinevusi. Samuti kasutatakse neid kriminalistikas kurjategija tuvastamiseks kuriteopaigalt leitud DNA põhjal. Geeniandmed on tavaliselt väga suured ja mahukad, mistõttu nende töötlemine on aeglane ja kulukas. Käesolevas töös väljatöötatud testis vaadeldakse tandemkorduse korduvat osa kui k-meeri (DNA sekveneeritud jupilt moodustatud väiksemat k nukleotiidi pikkust osa) ning teststatistiku leidmiseks loetakse kokku, mitu korda antud k-meeri sekveneerimisandmetes esines. Kuna k-meeride arvu lugemiseks on olemas kiired algoritmid, siis on ka sellisel meetodil testimiseks kuluv aeg väiksem. Töös arvutatakse teststatistiku jaotus nullhüpoteesi kehtides ning selle põhjal koostatakse statistiline test ning leitakse ka testi võimsus tuvastada tõenäoliseimaid koopiaarvu muutuseid.et
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10062/49804
dc.language.isoeten
dc.publisherTartu Ülikoolen
dc.subjectandmeanalüüset
dc.subjectDNA genoomet
dc.subjectDNA koopiaarvu variatsioonidet
dc.subjectDNA kordusjärjestuset
dc.subjectgenoomikaet
dc.subjectk-meeret
dc.subjectlugemet
dc.subjectstatistilised meetodidet
dc.subjecttestimineet
dc.subject.otherbakalaureusetöödet
dc.subject.otherdata analysisen
dc.subject.otherDNA copy number variaitionsen
dc.subject.otherDNA genomeen
dc.subject.otherDNA tandem repeatsen
dc.subject.othergenomicsen
dc.subject.otherk-meren
dc.subject.otherreaden
dc.subject.otherstatistical methodsen
dc.subject.othertestingen
dc.titleStatistiline test k-meeride abil DNA tandemkorduse koopiaarvu määramisekset
dc.typeThesisen

Files

Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Thumbnail Image
Name:
mei_kea_bsc_2015.pdf
Size:
1.15 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Download
License bundle
Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
1.71 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description:
Download

Collections

MSI bakalaureusetööd – Bachelor's theses. Kuni 2015