Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil

Simple item page
dc.contributor.authorVaher, Mihkel
dc.contributor.otherTartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskondet
dc.contributor.otherTartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutet
dc.date.accessioned2016-06-29T10:53:16Z
dc.date.available2016-06-29T10:53:16Z
dc.date.issued2016
dc.description.abstractTeise põlvkonna sekveneerimine võimaldab anda hulgaliselt infot proovide liigilise koosluse kohta, olgu selleks näiteks inimese mikrobioomi- või keskkonnaproov. Uuemad bakterite tuvastamise programmid kasutavad määramiseks lühikesi kindla pikkusega oligomeere, olles seeläbi kiired, kuid ka mitmete puudustega. Antud töö käigus loodi tarkvara StrainSeeker, mis tuvastab sekveneerimise toorandmetest bakterid tüve tasemeni. StrainSeeker analüüsib kõigi lugemite koondinfot, mitte üksikuid lugemeid eraldi. Lisaks suudab StrainSeeker tuvastada ka andmebaasist puuduvaid organisme ning kiirus ja paindlikkus teevad selle võrreldavaks parimate avaldatud bakterite tuvastamise programmidega.en
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10062/52139
dc.language.isoeten
dc.publisherTartu Ülikoolen
dc.subjectbakteriden
dc.subjectidentifitseerimineen
dc.subjectlugemiden
dc.subjectassambleerimataen
dc.subjectk-meeren
dc.subject.othermagistritöödet
dc.titleBakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abilen
dc.typeThesisen

Files

Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Thumbnail Image
Name:
Mihkel_Vaher.pdf
Size:
1.12 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Download
License bundle
Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
1.71 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description:
Download

Collections

MRI magistritööd – Master's theses