Tartu Ülikooli
digitaalarhiiv ADA

ADA, Tartu Ülikooli digitaalarhiivi sisuks on peamiselt Tartu Ülikooli monograafiad, doktoritööd, üliõpilastööd, lõputööd, magistritööd, õppematerjalid, Tartu Ülikooli raamatukogus digiteeritud materjalid ning Tartu Ülikooli teadlaste isikuarhiivid. Digitaalarhiivis olevaid materjale hoitakse turvaliselt ja varustatakse püsilingiga. Teenuse haldamise ja arendamisega tegeleb Tartu Ülikooli raamatukogu.

Valdkonnad ADAs

Valige valdkond, et selle kogusid sirvida.

Doktoritööd al. 2004. MSc, PhD (ETD)

E-õppe materjalid

Tartu Ülikooli raamatukogu

Tartu Ülikooli muuseum

Humanitaarteadused ja kunstid

Loodus- ja täppisteadused

Meditsiiniteadused

Sotsiaalteadused

Eesti Muusika- ja Teatriakadeemia

Eesti Teadusagentuur ja teised asutused

Haridus- ja Teadusministeerium

Tartu Ülikooli kirjastus

Hiljutised sisestused

Teadusrikas Eesti. Grandiprojektide tulemuste kogumik 2024
(Eesti Teadusagentuur, 2025)
Kogumikku on lisatud 106 postrit Eesti Teadusagentuuri toetatud projektidest, mis lõppesid 2024. aastal ja 2025. aasta esimesel poolel edukalt.
Deep neural networks for microscopy images
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2025-12-29) Majoral López, Daniel; Parts, Leopold, juhendaja; Vicente Zafra, Raul, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Edusammud tehisintellekti vallas on suurendanud arvutite võimalusi. Doktoritöös uuritakse, kuidas rakendada tehisintellekti mikroskoobi kaudu vaadeldud rakkude piltidele. Töö põhineb kolmel teadusartiklil. Esimeses artiklis käsitletakse, kuidas tuvastada rakke mikroskoopiapiltidel, mis on saadud valge valgusega valgustades. Sellist valgustust nimetatakse heledate väljadega mikroskoopiaks ning see on lihtne ja odav, kuid saadud piltidel on raske rakke näha. Autorid leidsid, kuidas kasutada tehisintellekti, et näha rakke nendel piltidel, ja annavad praktilisi nõuandeid, et ka teised inimesed saaksid seda teha. Teises artiklis arendatakse tehisintellekti meetodit spermaks muunduvate rakkude tuvastamiseks. Rakk on keerulises protsessis spermaks muutumisel läbib palju muutusi, tehisintellekt suudab öelda, millises seisus see protsess on. Viljatus mõjutab 10-15% paaridest ja loodetavasti aitab tehisintellekti piltide analüüs välja selgitada paari mõjutavat probleemi. Kolmandas artiklis kirjeldatakse uut algoritmi nimega Kaizen, mis kasutab tehisintellekti rakkude tuvastamiseks mitmekesistel mikroskoopiakujutistel. Rakkude tuvastamise asemel genereerib Kaizen mikroskoopiapildist üksikute rakkude pilte. Üksikute rakkude pildid liidetakse liitpildiks. Seda liitpilti võrreldakse seejärel mikroskoopiakujutisega, mis võimaldab tuvastada vigu ja mittesooritavaid objekte. Need kolm artiklit näitavad, kuidas tehisintellekt võib parandada mikroskoopiakujutiste analüüsi. Loodetavasti on tehisintellekt lähiaastatel esirinnas läbimurdeid rakustruktuuride ja haigusmehhanismide mõistmisel, et parandada inimeste olukorda.
Using programming-process data of introductory programming courses: finding solver types, giving feedback, and detecting plagiarism
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2025-12-29) Taveter, Heidi; Lepp, Marina, juhendaja; Tõnisson, Eno, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Aja jooksul on programmeerimisest kujunenud oluline oskus, mida õpivad erineva tausta ja eelneva programmeerimiskogemusega üliõpilased paljudelt erialadelt. Samas on jätkuvalt probleemiks suur väljalangevus. Seetõttu on oluline välja selgitada, kuidas üliõpilaste lähenemised erinevad programmeerimise õppimisel, ning leida tõhusaid viise nende toetamiseks, eriti kursuse alguses. Selle doktoritöö eesmärk oli välja selgitada, kuidas saab programmeerimisprotsessi andmeid kasutada üliõpilaste lahendajatüüpide leidmiseks, nende toetamiseks sissejuhatavatel programmeerimiskursustel ja plagiaadijuhtumite tuvastamiseks. Uurimistöö näitas, et üliõpilasi saab jaotada lahendajatüüpidesse programmeerimise käitumismustrite põhjal ning mustrid on sarnased nii algajate kui ka mittealgajate seas. Oluline tulemus on hilise programmi käivitamisega alustamise seos madalamate kontrolltöö tulemustega. Samas said mõned lahendajatüübid sarnaseid tulemusi hoolimata erinevatest käitumismustritest, mis viitab mitmekesisusele. Oluline on märkida, et erinevalt esimesest kontrolltööst ilmnesid gruppide vahel suuremad erinevused teise kontrolltöö tulemustes ning kuulumine lahendajatüüpidesse ei ole kursuse kestel püsiv. Lisaks selgus, et programmeerimisprotsessi logide põhjal antud tagasiside lühendas märgatavalt algajate ülesannete lahendamise aega ja parandas kontrolltöö testi tulemusi, mis kontrollib koodi lugemise oskust. Logide põhjal plagiaadi tuvastamiseks sobivad püsivuse tõttu üldised stiilitunnused. Programmeerimiskeele süntaksiga seotud valikud aga ei ole püsivad. Doktoritöö tulemuste põhjal on oluline soovitus kasutada õpetamisel lähenemist, mis julgustab üliõpilasi oma programme sageli käivitama, nii et see oleks loomulik osa koodi kirjutamise protsessist. Algajate koodi lugemise oskuste parandamiseks on tõhus kasutada logidel põhinevat tagasisidet. See on eriti oluline tehisintellekti ajastul, mil tugevate koodi lugemise oskuste arendamine on üha vajalikum.
Aligning training loss to evaluation metrics in deep learnin
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2025-12-29) Komisarenko, Viacheslav; Kull, Meelis, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Viimaste aastate edusammud masinõppes on kiirendanud masinõppesüsteemide kasutuselevõttu paljudes valdkondades ning tulemused ületavad sageli nii algoritmilisi baastasemeid kui ka mõnel juhul inimsooritust. Selle arengu on võimalikuks teinud mitmed vastastikmõjus olevad tegurid, sealhulgas suurte ja üha kvaliteetsemate andmestike kättesaadavus, rikkalikke kõrgemõõtmelisi esitusi võimaldavad tehisnärvivõrgude arhitektuurid ning optimeerimisprotseduurid, mis on praktikas piisavalt skaleeruvad. Optimeerimisvalikute hulgas on keskne roll kaofunktsioonil, mida võib vaadelda kui mõõdikut, mis määrab trahvi suuruse ennustava mudeli igale eksimusele. Kaofunktsioon defineerib optimeerimismaastiku ja selle abil määratakse, kuidas mudeli kaalusid treenimise käigus muudetakse. Klassifitseerimisel on kaofunktsiooni vaikevalikuna kasutatud näiteks ristentroopiat. Kui aga suuri mudeleid treenitakse ristentroopiaga, võib mudeli ennustustes ilmneda liigne enesekindlus, ning see halvendab mudeli usaldusväärsust nendele ennustustele tuginevates rakendustes. Kuna masinõppesüsteemid on üha enam põimitud otsustusprotsessidesse, on konkreetses rakendusvaldkonnas olulise hindamismõõdiku alusel sooritust parandava kaofunktsiooni valimine muutunud oluliseks praktiliseks väljakutseks. Lisaraskusi tekitab asjaolu, et sooritust hinnatakse lõpuks hindamismõõdikutega, mis võivad olla katkevuspunktidega, mitte-diferentseeruvad või väga ülesandespetsiifilised. Sellised mõõdikud ei ole sageli treenimiseks otseselt sobivad, mistõttu kasutatakse asenduskaofunktsioone, nagu näiteks ristentroopia. See võib aga tekitada ebakõla treeningul optimeeritava eesmärgi ja lõpprakenduses olulise eesmärgi vahel. Klassikalistest mõõdikutest, nagu täpsus, paljudes kaasaegsetes rakendustes ei piisa, mistõttu toetuvad praktikud üha enam hinnatundlikele mõõdikutele, mis kaaluvad vigu vastavalt nende tähtsusele, ja kalibreerituse mõõdikutele, mis mõõdavad tõenäosuslike ennustuste kvaliteeti. Need mõõdikud kajastavad usaldusväärsuse aspekte, mida täpsus üksi väljendada ei suuda, ning on seetõttu muutunud olulisteks tööriistadeks soorituse hindamisel praktilistes rakendustes. Käesolev väitekiri koosneb kolmest omavahel seotud uurimusest, mille eesmärk on parandada treenimisel kasutatavate kaofunktsioonide ja praktikas oluliste hindamismõõdikute vahelist joondatust. Esimene uurimus käsitleb kaofunktsiooni valikut hinnatundlikus klassifitseerimises, kus hindamismõõdik kaalub iga veatüüpi klassispetsiifiliste kuludega, mis on tavaliselt saadud valdkonna ekspertidelt. Praktikas on need kulud harva täpselt teada; selle asemel esinevad need ebakindlate hinnangutena, mis võivad aja jooksul ja kasutustingimuste muutudes teiseneda. Selle ebakindluse modelleerimiseks käsitleme klassispetsiifilisi kulusid etteantud jaotusega juhuslike suurustena ja tuletame kaofunktsioonide perekonnad, mis on matemaatiliselt samaväärsed vale klassifitseerimise eeldatava kuluga antud määramatuse korral. Tuvastame praktikas mugavad jaotuste perekonnad, näiteks beeta-jaotused kuluproportsioonide ja gamma-jaotused toorkulude jaoks, ning näitame, kuidas nende parameetrid määravad keskmist kulu, asümmeetriat ja ebakindlust. Katsed mitmete andmestike ja kulustsenaariumidega näitavad, et mõned tuletatud kaofunktsioonid saavutavad vastavatel hinnatundlikel mõõdikutel järjepidevalt tugeva soorituse, pakkudes põhimõttekindlat alternatiivi \emph{ad-hoc} kaalumisskeemidele. Teine uurimus uurib mudeli kalibreeritust, mis iseloomustab seda, kui hästi vastavad ennustatud tõenäosused tegelikele tinglikele klassitõenäosustele. Mudeli kalibreeritus on hädavajalik mudeli praktilisel rakendamisel, kus ennustatud tõenäosuste põhjal tehakse praktilisi otsuseid. Eriti tähtis on kalibreeritus ohutuse või kulude seisukohalt kriitilistes olukordades. Kuigi ristentroopia on rangelt korralik kaofunktsioon ja teoreetiliselt soodustab kalibreeritud tõenäosusi, on sellega treenitud sügavad tehisnärvivõrgud sageli valesti kalibreeritud. Seevastu fokaalse kaofunktsiooni puhul on korduvalt täheldatud, et see annab paremini kalibreeritud mudeleid isegi ilma hilisema \emph{post-hoc} kohandamiseta. Doktoritöös on seda nähtust uuritud ja näidatud, et fokaalset kaofunktsiooni saab väljendada kahe komponendi kompositsioonina: korralik kaofunktsioon, mida minimeerivad tegelikud klassitõenäosused, ja fikseeritud kalibreerimisfunktsioon, mis sarnaneb temperatuuri skaleerimisega. See dekompositsioon selgitab, miks fokaalne kaofunktsioon on praktikas sageli hästi kalibreeritud, kuna see seob korraliku kaofunktsiooni treenimise ajal rakendatava sisseehitatud kalibreerimisteisendusega. Seda dekompositsiooni on laiendatud laiale lahutuvusomadusega kaofunktsioonide klassile ning on tuletatud valemid nendega seotud korralike komponentide ja kalibreerimisfunktsioonide jaoks. Need tulemused võimaldavad disainida uusi kaofunktsioone, millel on soovitud kalibreerimis- ja eristusomadused. Mitmed töös tuletatud uued kaofunktsioonid koos nende juurde kuuluvate kalibreerimisfunktsioonidega saavutavad täpsuse ja kalibreerituse osas tulemusi, mis on konkurentsivõimelised või paremad kui standardsed baastasemed. Kolmas uurimus käsitleb lõhet treenimisel kasutatavate hindamismõõdikute ja rakendusepõhiste kasufunktsioonide vahel, kus kasufunktsioonid kvantifitseerivad mudeli ennustustel põhinevate otsuste domeenispetsiifilist väärtust. Rakendusepõhised kasufunktsioonid võivad sõltuda kontekstist tulenevatest teguritest, mis pole treenimise ajal kättesaadavad, ning nende hindamine võib olla kulukas, nõudes mõnikord simulatsiooni või füüsilisi eksperimente. Kui rakendusepõhist kasu ei saa suures mahus arvutada, muutub mudelite valimine keeruliseks. Selle probleemi leevendamiseks on töös välja pakutud meetod, milles valideerimisandmetel treenitud väike närvivõrk aitab treenimisel kasutatavat hindamismõõdikut paremini joondada rakendusepõhise kasufunktsiooniga. Töös on analüüsitud tingimusi, mille korral sellised teisendused säilitavad korralikkuse, ja demonstreeritud meetodi rakenduvust mitmes ülesandes, sealhulgas laoseisu optimeerimise probleemi korral. Selle meetodiga saab rakenduse jaoks hästi sobiva mudeli valida ka olukorras, kus rakendusepõhise kasufunktsiooni otsene hindamine on ebapraktiline. Kokkuvõttes näitavad selle väitekirja tulemused treenimisel kasutatava kaofunktsiooni ja hindamismõõdiku joondamise olulisust. Töös on uuritud, kuidas erinevad kaofunktsiooni valikud kujundavad treenitava mudeli ennustuslikku käitumist, ning loodud meetodeid mudelite soorituse parandamiseks rakendusvaldkonnas olulistel mõõdikutel.
Proceedings of the 2nd Huminfra Conference. HiC 2025
(Tartu University Library, 2025) Nermo, Magnus; Papadopoulou Skarp, Frantzeska; Tienken, Susanne; Widholm, Andreas; Blåder, Anna
DigiCURE: Building a Digital Humanities Infrastructure for Preserving and Studying At-risk Cultural Heritage
(Tartu University Library, 2025) Westin, Jonathan; Lindhé, Cecilia; Brodén, Daniel; Tomasini, Matteo; Almevik,Gunnar; Nermo, Magnus; Papadopoulou Skarp, Frantzeska; Tienken, Susanne; Widholm, Andreas; Blåder, Anna
The preservation of cultural heritage has become a societal, policy, and scientific priority in the context of climate change, armed conflicts, and rapid urbanization. Monuments, archaeological sites, and fragile materials are increasingly at risk of loss or irreversible damage. In response, DigiCURE (Digital Cultural Resilience and Protection) establishes a technologically advanced and institutionally anchored research infrastructure dedicated to the digitization, preservation, and analysis of endangered heritage. The aim of this paper is to present the DigiCURE research infrastructure, providing high-quality tools, expertise, and training to support sustainable digital preservation through multimodal documentation, spatial visualization, and data modeling. Its online platform enables researchers, heritage professionals, and the public to explore, analyze, and annotate complex multimodal datasets with AI-assisted methods, even in cases where physical access is no longer possible. DigiCURE functions as both a national and international hub for innovative research, ensuring the long-term accessibility and resilience of vulnerable cultural heritage.
Towards Shared Standards for Pseudonymization of Research Data
(Tartu University Library, 2025) Volodina, Elena; Dobnik, Simon; Lindström Tiedemann, Therese; Muñoz Sánchez, Ricardo; Szawerna, Maria Irena; Södergård, Lisa; Nermo, Magnus; Papadopoulou Skarp, Frantzeska; Tienken, Susanne; Widholm, Andreas; Blåder, Anna
The article introduces the key concepts in pseudonymization, summarizes the half-way findings in the project Mormor Karl, and proposes several ways to unify and standardize the field of pseudonymization.
Exploring Patient Organization Periodicals with the Topic Timelines Text Visualization Method
(Tartu University Library, 2025) Skeppstedt, Maria; Maen, Adam; Danilova, Vera; Aangenendt, Gijs; Burchell, Andrew; Söderfeldt, Ylva; Nermo, Magnus; Papadopoulou Skarp, Frantzeska; Tienken, Susanne; Widholm, Andreas; Blåder, Anna
The text visualization technique Topic Timelines offers a compact visualization to represent the evolution and clustering of topics over time, while also providing direct access to the texts in which these topics appear. In this paper, we describe how Topic Timelines was further developed within the ActDisease project, by adding functionality for generating timelines using different types of topic extraction techniques and connecting the visualization to existing interfaces for the close reading of texts. Additionally, we evaluate how the updated temporal topic overview can support corpus exploration. The experiments were conducted on a digitalized corpus from the ActDisease project, consisting of patient organization periodicals from the Swedish Diabetes Association, published between 1949 and 1990. Timelines were generated based on topics extracted using sentence transformers clustering and integrated with the ActDisease text database interface - a user interface developed for exploring and reading texts digitalized within the project.
Shared Engagement in Digital Environments with Extended Reality and Tangible Interaction
(Tartu University Library, 2025) Quintero, Luis; Solsona, Jordi; Pinheiro Braga, António; Björn, Michael; Fors, Uno; Verhagen, Harko; Nermo, Magnus; Papadopoulou Skarp, Frantzeska; Tienken, Susanne; Widholm, Andreas; Blåder, Anna
Emergent interactive technologies -- such as extended reality (XR) and its related subcategories augmented, virtual and mixed reality-- are increasingly used in interdisciplinary research endeavors. These technologies aim to explore how smart glasses and headsets that overlay digital objects may support the design of collaborative experiences that enhance human interactions in the physical world. In this short paper, we briefly outline the possibilities of immersive technologies for research and how the Extrality Lab at Stockholm University serves as an infrastructure to prototype state-of-the-art solutions that merge physical tangible interaction and virtual environments in novel applications. We also describe how 3D digital tools may be used for research purposes, taking as an example the project SECE, which aims to study novel interactions, technology-supported artistic expressions, and the future of mobile computing in a cross-disciplinary team in Stockholm. More details about the Extrality Lab at https://extralitylab.dsv.su.se/.
NER som ett källidentifieringsverktyg. Erfarenheter av svenska BERT för digital historia 1.25
(Tartu University Library, 2025) Norrby, Jens; Nermo, Magnus; Papadopoulou Skarp, Frantzeska; Tienken, Susanne; Widholm, Andreas; Blåder, Anna
The paper explores my experiences of working with Named Entity Recognition (NER) in Swedish parliamentary records. As such, it provides a practical account of my methodology in employing the Swedish BERT and its NER functionality in a historical dataset. It also reflects on the relevance of this case to the broader relationship between digital and traditional intellectual history. The study described used NER to identify the geographical areas and placenames within Swedish parliamentary discourse from 1887 to 1914. Taken together, this list of locations could be used to determine the aggregate frequencies of geographical groupings, in this case predominantly nations. The quantitative findings were subsequently used to navigate the data set and identify the most relevant texts for qualitative, contextual close readings. This paper argues that there are strengths in employing digital tools but maintaining the framework of traditional intellectual history in accordance with ‘digital history 1.25’

Tartu Ülikoolidigitaalarhiiv ADA

Valdkonnad ADAs

Hiljutised sisestused

Tartu Ülikooli
digitaalarhiiv ADA