Homoloogsete jadade sõltuvusmõõdud

dc.contributor.advisorLember, Jüri, juhendaja
dc.contributor.authorSova, Joonas
dc.contributor.otherTartu Ülikool. Matemaatika-informaatikateaduskondet
dc.contributor.otherTartu Ülikool. Matemaatilise statistika instituutet
dc.date.accessioned2015-07-08T11:54:11Z
dc.date.available2015-07-08T11:54:11Z
dc.date.issued2015
dc.description.abstractKäesolevas töös uuritakse erinevaid meetodeid juhuslike jadade sõltuvuse mõõtmiseks. Kahe jada sõltuvus võib tähendada väga erinevaid asju. Antud töös uuritakse homoloogseid jadasid – see tähendab, et jadad on tekkinud mingist ühisest eellasjadast. Töö alguses defineerime formaalselt meie sõltuvate jadade mudeli. Selle mudeli kohaselt tekivad kaks üldjuhul sõltuvat jada ühisest eellasjadast, elementide muutmise ja eemaldamise teel. Me tutvustame kolme tüüpi jadade sõltuvusmõõte: sagedustabelipõhised statistikud, pikima ühisjada pikkus (LLCS) ning ekstremaalsete joonduste vaheline Hausdorffi kaugus (HD). Me genereerime erinevatest sõltuvusklassidest sõltuvate jadade paare ning võrdleme karpdiagrammide abil ülalmainitud sõltuvusmõõte. Lisaks uurime simulatsioonide abil ka LLCS-i piirjaotust. Tuletame McDiarmidi ja Efron-Stein’i võrratuste abil ülemise tõkke sõltuvate jadade LLCS-i dispersioonile. Nagu sõltumatute jadade korralgi, on see tõke lineaarset järku. Leiame ülemise tõkke ka teistele LLCS-i tsentreeritud absoluutsetele momentidele. Momendile järguga k saame ülemise tõkke järguga k/2 (k > 0). Uurime ka HD tsentreerimata momente. Varasemast artiklist teadaolevat tulemust kasutades näitame, et teatud tingimustel on HD k-ndat järku momendil EH_m ülemine tõke järguga [ln(m)]^k (k > 0). Siin m on eellasjada pikkus. Seega (teatud tingimustel) on HD keskväärtusel ja standardhälbel logaritmilist järku ülemine tõke. Uurime HD keskväärtuse ja standardhälbe kasvu ka simulatsioonide abil.et
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10062/47571
dc.language.isoetet
dc.publisherTartu Ülikoolet
dc.subjectpikima ühisjada pikkuset
dc.subjecthomoloogsed jadadet
dc.subjectoptimaalsed joondusedet
dc.subjectekstremaalsed joondusedet
dc.subjectjadade joonduset
dc.subject.othermagistritöödet
dc.subject.otherlongest common subsequenceen
dc.subject.othersequence alignmentsen
dc.subject.otherextremal alignmentsen
dc.subject.otheroptimal alignmentsen
dc.subject.otherhomologous sequencesen
dc.titleHomoloogsete jadade sõltuvusmõõdudet
dc.typeThesiset

Files

Original bundle

Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
sova_joonas_msc_2015.pdf
Size:
1 MB
Format:
Adobe Portable Document Format

License bundle

Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
1.71 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description: