Sirvi Autor "Bahram, Mohammad, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 6 6

Bacterial communities associated with fungal fruitbodies
(2020-11-11) Pent, Mari; Põldmaa, Kadri, juhendaja; Bahram, Mohammad, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Päristuumsed organismid on soodsaks elupaigaks erinevatele mikroobidele, kes aitavad tagada peremehe tervise, arengu ja kohasuse. Kuigi seened on liigirikas ja mitmekesine organismirühm, on nende viljakehadega seotud bakterikooslusi seni vähe uuritud. Täiendavad teadmised seente ja bakterite suhetest on aga olulised nii nende ökoloogilise rolli paremaks mõistmiseks kui ka seente edukaks kasvatamiseks. Doktoritöö eesmärgiks oli uurida bakterikoosluste struktuuri ja funktsioone kandseente viljakehades, kasutades selleks eelkõige järgmise põlvkonna sekveneerimismeetodeid. Lisaks analüüsiti peremehest ja keskkonnast tulenevaid tegureid, pöörates erilist tähelepanu, milline on mullakeskkonna mõju seent asustava mikroobikoosluse kujunemisel. Tulemused näitasid, et peremeesseen ise mõjutab viljakeha bakterikooslust rohkemal määral kui keskkonnategurid. Peremehe tunnustest osutus oluliseks sugulus teiste seentega ehk taksonoomiline kuuluvus, aga ka seene eluviisi mõju. Esmakordselt leidis tõendamist, et analoogselt teiste päristuumsetega, määrab ühe seeneliigi piires bakterikoosluse struktuuri ja funktsioonid suuresti peremeesseene genotüüp. Viljakeha keemilised omadused varieeruvad nii erinevate seenerühmade kui ka kõdulagundavate ning mükoriisaseente vahel ja mängivad tähtsat rolli viljakehade bakterikoosluste kujunemisel. Keskkonnateguritest mõjutasid seene viljakeha bakterikooslust mitmed mullaomadused, eelkõige happelisus. Lisaks leidis kinnitust, et enamik seentes elavatest bakteritest pärineb ümbritsevast mullast. Suurem osa seenebakterite funktsionaalsetest geenidest on süsinikühendite, aminohapete, valkude, kofaktorite ja vitamiinide ainevahetuse teenistuses. Seega võib baktereid koos tema peremeesseenega käsitleda kui tervikuna toimivat holobionti, kus kõik osapooled täidavad kindlaid ülesandeid. Seen-bakter suhete edasine uurimine on igal juhul oluline mõistmaks paremini nende rolli erinevates keskkondades.
Diversity, genomics, and potential functions of fungus-inhabiting bacteria
(2023-05-26) Gohar, Daniyal; Bahram, Mohammad, juhendaja; Põldmaa, Kadri, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Baktereid võib leida kõikvõimalikest keskkondadest nii vabalt elavate organismidena kui ka päristuumsete organismide sümbiontide ja haigustekitajatena. Vastastikku kasulike suhete korral saavad bakterid peremehelt süsinikuühendeid ja elupaika, pakkudes peremehele vastutasuks mitmesuguseid hüvesid. Taoliste sümbiontsete suhete uurimine on oluliselt panustanud inimese tervise parendamisse, aga aidanud ka soodustada kultuurtaimede kasvu, parandada nende stressitaluvust ja suurendada vastupanuvõimet haigustele. Taimede ja loomade kõrval moodustavad päristuumsete riigi ka seened, kuid teadmised nende mikrobioomide kohta on piiratud. Seened on looduses olulised nii orgaanilise aine lagundajatena kui ka erinevates sümbioosides. Inimese seisukohast on eelkõige tähtsad taimede ja loomade haiguste tekitajad, aga ka söögiks tarbitavad seente viljakehad. Hiljutised uuringud on näidanud, et seente viljakehad on elupaigaks mitmekesistele bakterikooslustele, mis võivad mõjutada oma peremehe kasvu, toota seenele vajalikke vitamiine ning soodustada eoste idanemist. Siiski on meie teadmised seente bakterikoosluste koosseisust ja funktsioonidest praegu veel küllaltki piiratud. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oli kirjeldada bakterikoosluste mitmekesisust ja nende varieeruvuse mustreid seente viljakehade eri arengustaadiumide, aga ka peremehe taksonite ja geograafiliste piirkondade lõikes. Lisaks analüüsiti bakterigenoomides kajastuvaid tunnuseid, mis võiksid olla määravad seente asustamiseks vajalike kohtastumiste kujunemisel. Saadud töö tulemused näitasid, et bakterid, kes võivad kasvu soodustada, on viljakehas arvukad kogu selle arengutsükli vältel, samas kui viljakeha vananedes kasvab seenele kahjulike ja surnud orgaanikast toituvate bakterite osakaal. Selgus, et bakterite mitmekesisus ja koosluste koosseis varieerub sõltuvalt peremeesseene evolutsioonilisest päritolust, samas kui kliima ja mulla omaduste osa selles ei ole oluline. Bakterite genoomide analüüs näitas, et neil on mitmesuguseid ensüüme, mis võimaldavad saada peremeesseene biomassist energiat, aidates samas peremehel oma keskkonnast toitaineid hankida. Seentes elavate bakterite funktsiooni ja koosluse struktuuri selgitamine aitab kaasa bakterite ja seente vaheliste keerukate suhete mõistmisele erinevates ökosüsteemides.
Investigation of diazotrophic bacteria association with plants
(2022-07-08) Rahimlouye Barabi, Saleh; Tedersoo, Leho, juhendaja; Bahram, Mohammad, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Lämmastik on hädavajalik enamiku orgaaniliste ühendite biosünteesiks. Kolm peamist bakterirühma – tsüanobakterid (Nostocaceae), mügarbakterid (Rhizobiaceae ja Burkholderiaceae sugukondade proteobakterid) ja Frankia „kiirikseened“ (Frankiaceae aktinobakterite sugukond) – seovad õhulämmastikku nii iseseisvalt kui ka taimejuurtega sümbioosis olles. Käesolevas doktoritöös tutvustan morfoloogilistel ja fülogeneetilistel tõenditel põhinevat lämmastikku siduvate taimede andmebaasi NodDB. Geenijärjestusi kasutades uurisin varem kirjeldatud juuremügaraid moodustavate proteobakterite perekondade nod-faktorit ja hindasin sümbioosi arengut fülogenoomika põhjal. Prognoosisin, et mügarbakterite süsinikku siduv sümbioos arenes Rhizobiaceae sugukonnas ligi 51 miljonit aastat tagasi ja kandus horisontaalselt edasi mitmele α- ja β-proteobakteri taksonile. Kogusin ebatüüpilisi juurenooduleid moodustavate liikide Tribulus terrestris (seiglehelised, Zygophyllaceae) juureproove Lähis-Idast ja Roystonea regia (palmilised, Arecaceae) juureproove Kariibi mere saartelt. Pindsteriliseeritud juurenoodulitest eraldati ja sekveneeriti viie bakteritüvi genoomid ning metagenoomi andmed loodi 14 liikide T. terrestris ja R. regia juurenooduli proovile. Fülogenoomiline analüüs näitab, et taimeliikide T. terrestris ja R. regia proovidest eraldatud peamised bakteritaksonid on vastavalt Klebsiella ja Kosakonia (γ-proteobakterid). Taimeliigi T. terrestris juurenoodulite proovidest leidsin amplifitseerimise ja sekveneerimise tulemusel Sinorhizobium meliloti struktuurseid nod/nif geene. Erinevalt varasematest töödest ma ei tuvastatud metagenoomi andmete analüüsi põhjal T. terrestris juurenoodulites tsüanobakteriaalset infektsiooni. Järeldan, et taimeliikidel T. terrestris ja R. regia arenes loomulike “tühjade noodulite” teke rakusisese mügarbakterite infektsioonita. Taimeliikidel T. terrestris ja R. regia esineva bioloogilise lämmastiku sidumist võib seostada vastavalt S. meliloti ja K. sacchari bakteritega, mis hõivavad noodulilaadseid struktuure epi- või endofüütidena – kasvades kudedes sees või kudede pinnal. Selle töö tulemused lükkavad ümber hüpoteesi, mille kohaselt nodulatsiooni teke või selle eelsoodumus arenes teadaolevate lämmastikku siduvate katteseemnetaimede klaadi ühisel esivanemal ainult ühel korral. Pigem tekkis juursümbiontide toel õhulämmastiku sidumine õistaimedel korduvalt.
Ökoloogilised võrgustikud mullaseente kooslustes
(Tartu Ülikool, 2015) Harend, Helery; Tedersoo, Leho, juhendaja; Bahram, Mohammad, juhendaja; Tartu Ülikool. Botaanika osakond; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond
Towards revealing the biogeography of belowground diversity
(2022-07-07) Aslani, Farzad; Bahram, Mohammad, juhendaja; Tedersoo, Leho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Mullamikroobide ja -loomade rühmad reguleerivad maapealset elurikkust ja ökosüsteemide toimimist. Ülevaatelisi ja vaatlustel põhinevaid uuringuid tehes tuvastasin, kuidas ruumi, keskkonna ja taimeliikide muutused mõjutavad mullaorganismide kooslusi ja elurikkust ning millised ökoloogilised protsessid on peamiste organismirühmade koosluse varieeruvuse aluseks. Võtsin kasutusele taimede mükoriisa niširuumi (PMNS – plant mycorrhizal niche space) mõiste, mis tähistab taimede võimet kasutada ja kujundada mükoriissete seente kogumit. Selle väärtus sõltub taime mükoriissetest seostest ja funktsionaalsetest tunnustest. Lõin mudeli, et jaotada taimeliike erinevatesse PMNS-idesse, mis võimaldab ennustada mullas leiduvate mükoriissete seente kooslust konkreetses elupaigas. Lisaks määrasin taimeperekonna lepp (Alnus) liikide ja nendega seotud mükoriissete seente, ruumiliste, edaafiliste ja klimaatiliste tegurite suhtelise panuse mükoriissete juurtega seotud bakterikoosluste struktuuri. Leidsin, et mõned arvukad bakterite taksonid on liigispetsiifilised teatud lepaliikidele. Valikuprotsesside olulisus oli suurem väikesemate ja laiema nišiulatusega organismide kooslustes. Globaalse mullauuringu põhjal tuvastasin, et mulla pH ja aasta keskmine sademete hulk olid vastavalt eukarüootsete mikroobide ja loomade koosluste struktuuri peamised määrajad. Eukarüootide rühmadel esinesid vastandlikud elurikkuse mustrid laiuskraadi gradiendil. Minu doktoritöö viitab taimede funktsionaalsete tunnuste suurele tähtsusele mulla mükoriissete seenekoosluste struktureerimisel. Seened vahendavad taimedevahelist konkurentsi nii, sarnase PMNS-iga taimedel on negatiivne seos. Doktoritöö rõhutab ka biootiliste muutujate olulisust juurtega seotud bakterikoosluste kujundamisel ja näitab, et globaalses mastaabis on juurtega seotud ja mullabakterite koosluste aluseks erinevad bioloogilised protsessid. Mulla eukarüootidel esineb positiivne seos keha (raku) suuruse ja niši laiuse vahel ning nende biogeograafilisi mustreid juhtivate ökoloogiliste protsesside ja keskkonnategurite suhtelise mõju vahel.
Ülevaade ökoloogiliste võrgustike analüüsist
(Tartu Ülikool, 2013) Harend, Helery; Tedersoo, Leho, juhendaja; Bahram, Mohammad, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Botaanika osakond