Browsing by Author "Enkvist, Erki, juhendaja"
Now showing 1 - 7 of 7
Results Per Page
Sort Options
Item Application of Responsive Photoluminescent Probes for Analysis of Dissociation Kinetics of Protein Kinase/Inhibitor Complexes(Tartu Ülikool, 2013) Ivan, Taavi; Uri, Asko, juhendaja; Vaasa, Angela, juhendaja; Enkvist, Erki, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Keemia instituutItem Characterization and Application of Protein Kinase-Responsive Organic Probes with Triplet-Singlet Energy Transfer(2016-07-07) Ligi, Kadri; Uri, Asko, juhendaja; Enkvist, Erki, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.Ensüümid on valgud, mis katalüüsivad biokeemilisi reaktsioone. Ensüümid osalevad signaaliülekande- ja ainevahetusradades, mõjutades seeläbi rakkude arengut ja kasvu ning rakkude reaktsioone keskkonnatingimustele. Ensüümide tavapärasest erinev kolmedimensionaalne struktuur, ensüümi lokalisatsioon ja ensüümi aktiivsus rakkudes võib põhjustada organismi haiguslikke seisundeid. Selleks, et muutusi ensüümide struktuuris, paiknemises ja ensüümide aktiivsuses rakkudes saaks detekteerida juba muutuste varajases arengujärgus, on vaja arendada tundlikke mõõtmismeetodeid. Käesolevas töös uuriti süvitsi ühte võimalikku lähenemist ensüümi-tundlike sondide arendamisele. Uurimistöös kasutati Tartu Ülikooli keemia instituudis välja arendatud fotoluminestsentssonde [ARC-Lum(Fluo) sonde], mille luminestsentsomadused muutuvad oluliselt seondumisel proteiinkinaasidele. Kui proteiinkinaasidele seondunud ARC-Lum(Fluo) sonde ergastada ultravioletse kiirgusega, siis emiteerivad need pikaealist fotoluminestsentskiirgust, mille eluiga jääb mikrosekundilisse suurusjärku. ARC-Lum(Fluo) sondide pikk luminestsentsi eluiga kompleksis proteiinkinaasiga võimaldab kasutada kompleksi detekteerimiseks aegviivitusega mõõtmistehnikaid, mis tagavad pikaealise luminestsentsi selge eristamise bioloogiliste proovide autofluorestsentsist, mille eluiga jääb tavapäraselt nanosekundilisse suurusjärku. Ühtlasi on tagatud mõõtmismeetodi hea signaal-müra suhe ning võimaldatud proteiinkinaaside detektsioon väga väikeses kontsentratsioonis. Käesolevas töös uuriti ARC-Lum(Fluo) sondide fotoluminestsentsi omadusi. Lisaks rakendati ARC-Lum(Fluo) sonde proteiinkinaaside seireks elusates rakkudes aegviivitusega luminestsentsmikroskoopia abil. Uurimistöö tulemusi saab kasutada sarnasel põhimõttel disainitud sondide arendamiseks teistele ensüümidele.Item Development of bisubstrate inhibitors for protein kinase CK2(2019-02-13) Vahter, Jürgen; Enkvist, Erki, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkondProteiinkinaasid (PK) on ensüümide perekond, millesse kuulub üle 530 erineva kinaasi. Nende ensüümide ülesandeks on katalüüsida reaktsiooni, kus ATP-lt kantakse fosforüülrühm üle sihtvalgule, mille tõttu antud valgu aktiivsus muutub. Üheks PK-de perekonna liikmeks on CK2, mis on rakus olulise tähtsusega PK kuna vastutab hinnanguliselt vähemalt 10% kõigis rakus toimuvate fosforüleerimiste eest. CK2 kõrgenenud aktiivust seostatakse mitmete haigustega, sealhulgas erinevat tüüpi vähktõbedega. Aastate jooksul on CK2-le arendatud mitmeid ATP-konkurentseid inhibiitoreid, mis seonduvad ATP sidumistaskuga ning pärsivad ensüümi tavapärast tööd. Kuna suurem osa kinaase kasutavad fosforüülrühma allikana ATP pole seda tüüpi inhibiitorid tihti väga selektiivset ühe kinaasi suhtes. Uurimustöö käigus arendati välja bisubstraatseid inhibiitorid CK2-le, mis seostuvad korraga nii ATP sidumistaskuga kui ka valksubstraadi sidumistaskuga. Sellist tüüpi inhibiitorid koosnevad ATP-konkurentsest ja valksubstraati mimikeerivast fragmendist ning neid osi ühendavast linkerist. Inhibiitorite arendusel kasutati nelja erinevat ATP-konkurentset osa: varasemalt kirjeldatud CK2 inhibiitoreid TBBi ja CX-4945 ning pika luminestsents elueaga 4-(2-amino-1,3-tiasool-5-üül)bensoe hapet (ATB) ning tema seleeni sisaldavat analoogi. Lisaks neile variatsioonidele optimeeriti inhibiitorite arenduse käigus ka valksubstraadi mimeetiku pikkust ning neid kaht osa ühendava linkeri koostist ja pikkust. Osasid inhibiitoreid konjugeeriti fluorestsents värvidega. Uurimustöö tulemusena sünteesiti uudseid CK2 inhibiitoreid, mis omasid kõrget afiinsust ja head selektiivsust. Nende inhibiitoritega on võimalik määrata CK2 aktiivsust ning karakteriseerida uusi potentsiaalseid CK2 inhibiitoreid. Pika elueaga fotoluminestsentsiga ühendite rakendamine bioloogilistes süsteemides võimaldab kasutada aegviivitusega mõõtmisemeetodeid, mis parandab signaal-müra suhet ning tagab parema mõõtmismeetodite tundlikkuse.Item Hüdrofoobse ahelaga peptiidkonjugaatide süntees(Tartu Ülikool, 2013) Nisuma, Kersti; Enkvist, Erki, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Keemia instituutItem Inhibitors and photoluminescent probes for in vitro studies on protein kinases PKA and PIM(2021-11-03) Nonga, Olivier Etebe; Uri, Asko, juhendaja; Enkvist, Erki, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkondProteiinkinaasid (PK-d) katalüüsivad valkude fosforüülimist. PK-de ebanormaalne aktiivsus rakkudes on korrelatsioonis keeruliste haigustega. Seetõttu teeb farmaatsiatööstus märkimisväärseid jõupingutusi, et reguleerida PK-de aktiivsust inhibiitoritega ja jälgida nende aktiivsust luminestsents-sondidega. Käesolevas töös kasutatud ARC-inhibiitorid on keemiliselt struktuurilt adenosiini matkivate heteroaromaatsete fragmentide ja peptiidide analoogide konjugaadid, neid ühendeid on pikemalt uuritud Tartu Ülikooli keemia instituudis. Käesolevas uuringus näidati, et PK PKA katalüütilise alaühiku α-isovormi (PKAcα) monoklonaalse antikeha (kloon D38C6) seondumine sihtvalguga on konkurentne ARC-Lum(Fluo) sondiga ja see antikeha inhibeerib substraadi fosforüülimist. Proovi järjestikust töötlemist nende konkureerivate PKAcα ligandidega kasutati tundliku AbARC immuunanalüüsi-meetodi väljatöötamiseks, mis võimaldas määrata väikseid koguseid (alates 93 pg) PKAcα rakulüsaatides. Hiljuti avastati Cushingi sündroomiga patsiendil S54L mutatsiooniga PRKACB geen. See mutatsioon viib PK glütsiinirikka aasa struktuuri muutumiseni. Käesolevas uuringus konstrueeriti muteerunud PK suhtes kuuekordse selektiivsusega inhibiitor. Lisaks töötati välja luminestsents-meetod PKAcβ-valgu kaubanduslike ja väljatöötatud inhibiitorite afiinsuse määramiseks. Koostöös Oxfordi ülikooliga viidi läbi ARC-inhibiitorite ja proteiinkinaasi PIM-1 komplekside röntgenstruktuuranalüüs. Saadud struktuurimudelitest lähtuvalt konstrueeriti lihtsustatud keemilise ehitusega ained. Uued inhibiitorid derivatiseeriti biotiiniga või fluorestsentsvärviga Cy5 ja neid aineid kasutati PIM-kinaasidetuvastamiseks biokeemilistes lahustes ja bioloogilistes proovides. Analüüsimeetod, milles kasutati ARC-sonde koos PIM-2-selektiivse antikehaga , võimaldas määrata sihtvalgu väikseid koguseid (alates 44 pg PIM-2). Konfokaalmikroskoopia abil tuvastati, et uued fluorestsents-sondid tungivad kiiresti U2OS-rakkudesse, kus nende paiknemine kattub PIM-1 ja fluorestsentsvalgu konjugaadi paiknemisega.Item Orgaaniliste kolmetsükliliste bensotienopürimidiini tüüpi ühendite kõrgtemperatuursete fosforestsents-omaduste kirjeldamine(Tartu Ülikool, 2019) Sepman, Helen; Enkvist, Erki, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Füüsika instituutItem Vabasukeldumine kui spordiala(Tartu Ülikool, 2013) Kukk, Ats; Enkvist, Erki, juhendaja; Medijainen, Luule, juhendaja; Tartu Ülikool. Kehakultuuriteaduskond; Tartu Ülikool. Spordipedagoogika ja treeninguõpetuse instituut