Sirvi Autor "Ilves, Heili, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 6 6

Finding novel factors affecting the mutation frequency: a case study of tRNA modification enzymes TruA and RluA
(2022-11-02) Tagel, Mari; Kivisaar, Maia, juhendaja; Ilves, Heili, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bakterid suudavad elada kõikjal, kuid karmide ja muutlike keskkonnatingimustega kohanemiseks on aga vaja geneetilist varieeruvust. Bakterites on selle põhiliseks allikaks mutatsioonid. Evolutsiooni mõistmiseks on vaja selgitada molekulaarseid mehhanisme, mis mõjutavad mutatsioonide tekkesagedust. Käesolevas töös kirjeldasin ja analüüsisin uut testsüsteemi, mis võimaldab tuvastada mutatsioonisagedust mõjutavaid faktoreid bakteriperekonnas Pseudomonas. Kirjeldatud testsüsteemi abil õnnestus mullabakteris Pseudomonas putida tuvastada nii varem kirjeldatud kui ka uusi mutatsioonisagedust mõjutavaid geene. Üllatavaim leid oli tRNA modifikatsiooniensüümide TruA ja RluA mõju mutatsioonisagedusele. tRNAd on väikesed molekulid, mis valgusünteesil kannavad valkude ehituskive ribosoomi. Selleks, et paremini oma funktsiooni täita, on paljud nukleotiidid tRNAdes modifitseeritud. Modifikatsioonidel võib olla palju ülesandeid, näiteks aitavad modifikatsioonid tRNAdel saavutada õiget struktuuri või suurendavad translatsiooni täpsust. TruA ja RluA modifitseerivad U nukleotiidi pseudouridiiniks, tehes seda erineval poolel tRNA antikoodonist. Näitasime, et TruA ja RluA tehtud modifikatsioonide puudumisel suureneb P. putidas mutatsioonisagedus. Mõistmaks paremini nende ensüümide olulisust, analüüsisime translatsiooni täpsust, stressi taluvust, proteoomi ja üldist elulemust P. putida TruA ja RluA defektsetes tüvedes. Lisaks sellele selgitasime võrdlevalt TruA ja RluA rolle ka Pseudomonas aeruginosa ja Escherichia coli rakkudes. Saadud tulemustest on näha, kuidas konserveerunud funktsiooniga valgud võivad põhjustada erinevates bakterites erinevaid fenotüüpe. Samuti ilmestab käesolev töö, kuivõrd mitmekesised ja ootamatud tegurid võivad mõjutada DNAs mutatsioonide teket.
Kahekomponentse signaalsüsteemi GacS-GacA mõju mullabakter Pseudomonas putida mutatsioonisagedusele
(Tartu Ülikool, 2022) Uusaar, Triin; Ilves, Heili, juhendaja; Jürgenstein, Karl, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Bakterite elukeskkond on kiirelt muutuv. Keskkonnatingimuste tunnetamiseks on bakterites signaalsüsteemid, mis vastavalt keskkonnas toimunud muutustele muudavad bakteriraku füsioloogiat. Gram-negatiivsete bakterite seas on konserveerunud GacS-GacA kahekomponentne signaalsüsteem. Pseudomonaadides reguleerib GacS-GacA signaalsüsteem vastusena keskkonnastiimulitele nii sekundaarsete metaboliitide sünteesi, virulentsust kui biofilmi moodustumist. Lisaks on leitud, et Pseudomonas putida rakkudes põhjustab gacS-i defektsus mutatsioonisageduse tõusu. Käesoleva töö eesmärk oli leida, kas sensorvalgu GacS-i efekt mutatsioonisagedusele toimib läbi regulaatorvalgu GacA. Leiti, et P. putida PaW85 gacS- ning gacA-defektse tüve puhul on suurenenud mutatsioonisagedus nälgivates rakkudes ning lisaks uuriti mutatsioonisageduse tõusu põhjuseid.
Mullabakter Pseudomonas putida fluoriiditolerantsuses osalevate geenide PP_3125 ja PP_2037 transkriptsiooni regulatsioon
(Tartu Ülikool, 2024) Juhe, Lisette; Ets, Lea, juhendaja; Ilves, Heili, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Fluoriid on mineraal, mida leidub looduslikult erinevates keskkondades – nii vees, mullas kui ka taimedes. Oma antimikroobse toimega mõjub see bakteritele toksiliselt. Siiski suudavad mitmed bakterid ellu jääda ka kõrge fluoriidi kontsentratsiooniga keskkonnas. Leitud on erinevaid mehhanisme, kuidas bakterid fluoriidi toksilisusega toime tulevad. Mullabakter Pseudomonas putida-s on selleks fluoriidioonide eksportvalk CrcB. Meie uurimisgrupi varasemate katsete põhjal on alust arvata, et P. putida-s on lisaks CrcB transporterile veel fluoriiditolerantsusega seotud valke. Käesolevas töös uuriti P. putida kahe geeni: transkriptsiooniregulaator PP_3125 ja aldolaasi PP_2037 transkriptsiooni regulatsiooni, selgitamaks välja, kas ka nende kodeeritud valgud on seotud fluoriiditolerantsusega.
Mullabakter Pseudomonas putida katalaas KatA defektse tüve konstrueerimine ja iseloomustamine
(Tartu Ülikool, 2020) Uussaar, Triin; Ilves, Heili, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oksüdatiivne stress tekib aeroobsetes organismides juhul kui hingamisahelas kõrvalproduktidena tekkivate reaktiivsete hapnikuühendite (ROS) tase on kõrgem kui elusraku võime neid kahjutuks muuta. ROS-id nagu superoksiidi anioon (O2-), vesinikperoksiid (H2O2) ja hüdroksüülradikaal (•OH) mõjutavad valkude struktuuri ja aktiivsust. ROS-id stimuleerivad rakkudes signaalradasid ja aktiveerivad ensümaatilised kaitsesüsteemid. Superoksiidi aniooni eemaldavad superoksiidi dismutaasid (SOD), vesinikperoksiidi eemaldavad katalaasid ning nende ekspressiooni kontrollivad regulaatorid HexR, FinR ja OxyR. Bakteris Pseudomonas putida reguleerib OxyR kahe peamise katalaasi KatA ja KatB ekspressiooni, kuid katA geen on enim indutseeritud oksüdatiivse stressi korral. Käesolevas töös uurisin, millist mõju avaldab katA puudumine P. putida rakkude kasvule oksüdatiivse stressi tingimustes ja mõõtsin rakusiseste ROS-ide taset uudse metoodikaga
Pseudomonas putida mutatsiooniprotsesside sõltuvus kromosomaalsest lokalisatsioonist ja rakkudevahelisest kommunikatsioonist
(Tartu Ülikool, 2013) Ilmjärv, Tanel; Ilves, Heili, juhendaja; Kivisaar, Maia, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pseudomonas putida pseudouridiini süntaas RluA
(Tartu Ülikool, 2017) Lvovs, Aneth; Tagel, Mari, juhendaja; Ilves, Heili, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
RNA modifitseerimine on universaalne ja konserveerunud protsess. Erinevad modifikatsioonid stabiliseerivad RNA struktuuri, suurendavad translatsiooni efektiivsust ja täpsust ning võimaldavad isegi alternatiivset koodonkasutust. Kõige sagedasem RNA modifikatsioon on pseudouridiin. Meie laboris on varasemalt leitud seos tRNA antikoodoni läheduses paiknevate pseudouridiinide ja mutatsioonisageduse vahel bakteris Pseudomonas putida. RluA on pseudouridiini süntaas, mis sünteesib pseudouridiine rRNA-sse ning tRNA antikoodoni lähedusse. Käesolevas töös uurisime RluA sünteesitavate pseudouridiinide seost mutatsioonisagedusega Pseudomonas putidas.