Sirvi Autor "Jutkina, Jekaterina" järgi

Tulemuste filtreerimiseks trükkige paar esimest tähte
Nüüd näidatakse 1 - 1 1
  • Pisipilt
    Kirje
    The horizontal gene pool for aromatics degradation: bacterial catabolic plasmids of the Baltic Sea aquatic system
    (2013-12-16) Jutkina, Jekaterina
    Läänemerd peetakse üheks kõige saastatumaks veekoguks maailmas. See on tiheda laevaliikluse ning mere valgalas toimuva intensiivse inimtegevuse tagajärg. Läänemere ökosüsteemi peamiseks ohuks (eutrofeerumise kõrval) on õli ja toornafta aktiivne transportimine ja hoiustamine ning kasutamine antud regioonis. Reostuse korral veekeskkonda sattuvad aromaatsed ühendid (benseen, naftaleen, tolueen jne) on Läänemere tundlikku ökosüsteemi ohustavad toksilised saasteained. Bioremediatsiooni ehk reoainete kõrvaldamist mikroobide abil peetakse efektiivseks ja paljulubavaks tehnoloogiaks reostusega võitlemisel, sest bakterid on kohastunud aromaatsete ühendite lagundamiseks ning nad omavad selleks erinevaid katabolismiradu. Nende katabolismiradade ensüüme kodeerivad geenid võivad paikneda nii kromosoomis kui ka väljaspool kromosoomi, DNA molekulides, mida nimetatakse plasmiidideks. Plasmiidid soodustavad kataboolsete geenide horisontaalset ülekannet ühest bakterirakust teise (rakkudevahelise kontakti moodustamisel) ning sellega kaasnevat biodegradatiivsete omaduste levimist bakterikoosluses. Vaatamata sellele, et kataboolsete plasmiidide oluline roll bioremediatsioonil on kinnitust leidnud ning Läänemere mikroobide liigiline koosseis on juba aastaid olnud teadlastele meelepärane uurimisteema, on Läänemere plasmiidne kooslus praktiliselt tundmatu ning jäänud uurijate tähelepanuta. Antud töö keskendub Läänemerest isoleeritud bakteritüvede kataboolsetele plasmiididele, täpsemalt nende plasmiidide tuvastamisele, taksonoomiale ning geneetilise struktuuri ja koostise määramisele. Uurimistöö tulemusena leiti, et plasmiide sisaldavatel bakteritel on suur osakaal Läänemere kultiveeritavate mikroobide seas, kuna ligi kolmandik isoleeritud bakteritüvedest sisaldas ühte või mitut plasmiidi. Samuti leiti, et nendele plasmiididele on omane ainulaadne geenide kogum. Kuuekümne ühest (61) plasmiide kandvast Läänemere isolaadist kümnel (10) detekteeriti plasmiid, mis kuulub tuntud kataboolsete plasmiidide perekonda IncP-9. Antud plasmiidide rühma esindajaid leiti ka kõikidest Läänemere veeproovidest kultiveerimisest sõltumatu metoodika abil, mis põhineb eraldatud mikroobikoosluse DNA analüüsil. IncP-9 plasmiidid tuvastati ka Läänemere valgalas, põlevkivi kaevandamise ja põlevkivil baseeruva tööstusepoolt saastatud jõe ja mulla proovidest. Nii laborikatsetes kui ka otse looduskeskkonnas detekteeriti nende plasmiidide horisontaalne ülekanne bakterite vahel, mille tagajärjel omandasid mikroobid võime ladundada aromaatseid saasteühendeid ning läbi selle kohastuda ning jääda ellu toksilises keskkonnas. Antud uurimistöös näidati, et IncP-9 plasmiidide rühma võib käsitleda kui kataboolsete geenide kandjaid ja levitajaid looduses ning kaasata neid eduka bioremediatsiooni tehnoloogia arendamisel. Peale IncP-9 plasmiidide rühma keskenduti senitundmatut tüüpi kataboolsete geenide kandjate iseloomustamisele, kuna enamus Läänemerest isoleeritud bakterite plasmiididest ei kuulunud tuntud plasmiidide rühmadesse, mida tavaliselt seostatakse aromaatsete ühendite lagundamisega, näidates Läänemere plasmiidide ainulaadset kooslust. Bakteritüvest Pseudomonas migulae D2RT isoleeritud tolueeni lagundamiseks vajalikke geene kandva plasmiidi pD2RT põhjalik analüüs osutas selle plasmiidi lähedasele sugulusele taimepatogeenides esinevate virulentsuse eest vastutavate plasmiididega, mis võimaldab iseloomustada plasmiide kui universaalseid, erinevaid funktsioone kodeerivate geenide kandjaid ja levitajaid looduses. Käesolev uurimistöö annab väärtuslikku informatsiooni kataboolsete omadustega bakteritüvedest, kes isoleeriti eesmärgiga kasutada neid efektiivse bioremediatsiooni tehnoloogia arendamisel.