Browsing by Author "Kinkar, Liina"

Now showing 1 - 2 of 2

Global patterns of genetic diversity and phylogeography of Echinococcus granulosus sensu stricto – a tapeworm species of significant public health concern
(2018-06-29) Kinkar, Liina; Saarma, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Tsüstiline ehhinokokoos (CE) on haigus, mida põhjustavad Echinococcus granulosus sensu lato (s. l.) kompleksi kuuluvad paelussid. Sellesse kompleksi kuuluvate liikide hulgas on E. granulosus sensu stricto (s. s.) eriti oluline, olles ülemaailmselt kõige laialdasemalt levinud ning ka kõige sagedasem CE tekitaja inimesel. Kuigi liigi geneetilise struktuuri mõistmiseks oli läbi viidud mitmeid uurimustöid, esines olulisi lünki, kuna siiani oli kasutatud lühikesi mitokondriaalseid (mtDNA) järjestusi. Esiteks oli üheks kõige olulisemaks probleemiks E. granulosus s. s. mitokondriaalsete genotüüpide olemasolu ning eristamine. Teiseks, kuigi oli välja pakutud, et G1–G3 on mitogenoomi geneetilise sarnasuse alusel üks liik, ei olnud seda teaduslikult näidatud. Kolmandaks, senised geneetilise mitmekesisuse ning fülogeograafia analüüsid ei olnud võimaldanud mõista detailseid globaalseid mustreid vähese fülogeneetilise eristusvõime tõttu. Käesolevas doktoritöös analüüsiti ülemaailmselt kogutud parasiidiproove sekveneerides mitokondri genoomi pea täies pikkuses ning kaasates analüüsi ka mitmed tuumalookused. Esiteks tegime kindlaks, et E. granulosus s. s. koosneb kahest mitokondriaalsest genotüübist G1 ning G3 ja näitasime, et G2 ei ole eraldi genotüüp. Teiseks tegime kindlaks, et G1 ning G3 võib lugeda üheks liigiks. Kolmandaks näitasime, et genotüüpide G1 ja G3 geneetiline mitmekesisus on kõrge ning globaalsed alampopulatsioonid on geneetiliselt vähe diferentseerunud. Seda on suure tõenäosusega mõjutanud intensiivne ülemaailmne loomakaubandus ning -transport. Fülogeograafilise analüüsi tulemused näitasid, et E. granulosus s. s. üheks olulisemaks ekspansiooni keskpunktiks on olnud Lähis-Ida piirkond, mis on hästi tuntud lamba, veise ja kitse kodustamise piirkonnana – kõik need liigid on ka olulised E. granulosus s. s. vaheperemehed. Antud doktoritöö on aluseks tulevastele E. granulosus s. s. genotüüpide leviku, geneetilise mitmekesisuse ning fülogeograafia alastele analüüsidele.
Põistang-paelussi (Echinococcus granulosus) genotüüpide eristamine ja fülogeograafia Euroopas
(Tartu Ülikool, 2014) Kinkar, Liina; Saarma, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Zooloogia osakond