Sirvi Autor "Kristjuhan, Arnold, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 12 12

Exploring post-translational modifications of histones in RNA polymerase II-dependent transcription
(2022-10-28) Jürgens, Henel; Kristjuhan, Arnold, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Eukarüootsetes rakkudes on DNA pakitud koos histoonivalkudega struktuuri, mida nimetatakse kromatiiniks. DNA tihedalt kromatiini pakkimine tagab geneetilise materjali kompaktsuse, kui samas on see dünaamiline struktuur, mis võimaldab ligipääsu erinevatele DNA-l toimuvatele protsessidele, kaasa arvatud RNA polümeraas II-e poolt läbiviidavale geenide transkriptsioonile. Üheks peamiseks mehhanismiks kromatiini struktuuri muutmiseks rakus on histoonide modifitseerimine. Histoonide post-translatsioonilised modifikatsioonid (PTM-d) võivad muuta nii DNA ja histoonide vahelisi interaktsioone kui olla seondumiskohaks erinevatele efektorvalkudele, mis omakorda toovad transkriptsioonifaktorid ja regulatoorsed valgud teatud DNA piirkondadele. On leitud, et PTM-d on vajalikud kromatiini ja transkriptsiooni epigeneetilises reguleerimises, kuid milliste mehhanismide abil ja kuidas toimub modifikatsioonimustrite dünaamiline regulatsioon transkriptsioonis on veel selguseta. Käesolevas töös uuriti RNAPII transkriptsiooni mehhanisme ning histoonide PTM-ide ja nendele seonduvate faktorite rolli, kasutades mudelorganismina pagaripärmi Saccharomyces cerevisiae. Esmalt vaadeldi transkriptsiooni käigus moodustuva histoon H3 lüsiinijääk 36 metülatsioonimustri (H3K36) levikut ja eemaldamise dünaamikat. Leiti, et metüleerimine püsib rakkudes pärast transkriptsiooni toimumist võrdlemisi lühiajaliselt ning metülatsioonimärgise eemaldamiseks on vajalik nii demetülaaside ensümaatiline aktiivsus kui replikatsiooni käigus toimuv histoonide väljavahetamine. Järgnevalt uuriti histoonide modifikatsioonide mõju geeniekspressioonile olukorras, kus RNAPII kompleksist puudub üks subühik. Leiti, et sellistes stressitingimustes ei suuda rakud korrektselt reageerida tekkivatele DNA kahjustustele ning histoonide atsetüleerimine muutub rakkude elus püsimiseks hädavajalikuks. Antud töös uuriti ka atsüleerimist äratundva efektorvalgu Taf14 YEATS domeeni olulisust ja rolli transkriptsioonis. Täpsustati YEATS domeeni seondumissihtmärke ja leiti, et YEATS domeen osaleb transkriptsiooni pre-initsatsiooni kompleksi stabiliseerimises. Doktoritöö tulemused avardavad oluliselt teadmisi histoonide modifikatsioonide ja nendega seonduvate valkude olulisusest transkriptsiooni regulatsioonis.
Forkhead perekonna transkriptsioonifaktorite roll pagaripärmi (Saccharomyces cerevisiae) DNA replikatsiooni regulatsioonil
(Tartu Ülikool, 2013) Reinapae, Allan; Kristjuhan, Arnold, juhendaja; Lõoke, Marko, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnologiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Histooni H3 atsetüleerimise ja RNA polümeraas II subühiku Rpb9 koosmõju transkriptsioonile pagaripärmis
(Tartu Ülikool, 2015) Reinmets, Kristina; Kristjuhan, Arnold, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Histooni H4 N-terminaalsete mutatsioonide mõju transkriptsioonist sõltuvale nukleosoomide dünaamikale pagaripärmis Saccharomyces Cerevisiae
(2010-08-10) Anton, Maia-Liisa; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Rakubioloogia õppetool; Kristjuhan, Arnold, juhendaja
Histoonide H3 ja H4 mutatsioonide mõju RNA polümeraas II sõltuvale transkriptsioonile pagaripärmis
(Tartu Ülikool, 2014-06-13) Reinmets, Kristina; Kristjuhan, Arnold, juhendaja; Värv, Signe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Konserveerunud 5’ regulatoorse ala mõju AIRE geeni ekspressioonile
(Tartu Ülikool, 2013) Kõnd, Karin; Kristjuhan, Arnold, juhendaja; Saare, Mario, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond.; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
Metüültransferaas Set2 roll transkriptsiooni elongatsioonil pagaripärmis Saccharomyces cerevisiae
(Tartu Ülikool, 2014-06-13) Sõtšov, Roman; Kristjuhan, Arnold, juhendaja; Sein, Henel, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pagaripärmi DNA replikatsiooni alguspunktide järjestuselementide mõju Forkhead1 transkriptsioonifaktori seondumisele ja replikatsiooni alguspunktide ajastusele
(Tartu Ülikool, 2015) Jalakas, Kristiina; Kristjuhan, Arnold, juhendaja; Lõoke, Marko, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
RNA polymerase II-dependent transcription elongation in Saccharomyces cerevisiae
(2016-07-01) Peil, Kadri; Kristjuhan, Arnold, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Kõikides eukarüootsetes rakkudes viib valke kodeerivate geenide transkriptsiooni läbi RNA polümeraas II (RNAPII). Protsessi, mille käigus sünteesitakse mRNA, nimetatakse transkriptsioonitsükliks ning see tsükkel jaotatakse kolme etappi – transkriptsiooni initsiatsioon, elongatsioon ning terminatsioon. Käesolevas töös uurisin RNAPII elongatsiooni mehhanisme, kasutades mudelorganismina pagaripärmi Saccharomyces cerevisiae. Antud töö esmaseks eesmärgiks oli tekitada kõrgel tasemel transkribeeritava mudelgeeni sisse nn. vaigistavate valgukomplekside poolt heterokromatiinne ala ning uurida selle struktuuri mõju transkriptsiooni läbi viivale RNAPII kompleksile. Selgus, et elongatsiooni etapis olev RNAPII suudab transkribeerida läbi heterokromatiini ning see viib vaigistavate valgukomplekside eemaldamisele. Lisaks selgus, et heterokromatiini läbimiseks RNAPII poolt on vajalik histoon H3 56. positsioonis oleva lüsiinijäägi atsetüleerimine. Teiseks huvipakkuvaks küsimuseks oli, mis juhtub siis, kui kõrgel tasemel transkribeeritavasse mudelgeeni viia sisse replikatsiooni algusala (origin), millel moodustuvad pre-replikatiivsed kompleksid. Nägime, et elongatsiooni etapis olev RNAPII suudab eemaldada kodeerivas alas moodustunud pre-replikatiivsed kompleksid ilma, et selline kokkupuude häiriks toimuvat transkriptsiooniprotsessi. Lisaks taastatakse pärast transkriptsiooni lõppemist pre-replikatiivsed kompleksid inaktiveeritud replikatsiooni algusaladel ning sellised uuesti moodustunud kompleksid on järgnevas S-faasis funktsionaalsed. Lõpetuseks, eelnevates, terveid rakupopulatsioone hõlmavates katsetes oli näidatud, et RNAPII kompleksid jaotusid geenil ebaühtlaselt. Sellest tulenevalt oli käesoleva töö kolmandaks eesmärgiks uurida RNAPII komplekside jaotumist kõrgelt transkribeeritaval mudelgeenil ühe raku tasemel. Vastupidiselt eelnevatele tulemustele leidsime, et RNAPII kompleksid jaotusid ühtlaselt kogu geeni ulatuses.
SARS-CoV-2 suhtes resistentsete isikute immuunparameetrite uuring
(Tartu Ülikool, 2024) Rukis, Gerli; Kisand, Kai, juhendaja; Kristjuhan, Arnold, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
SARS-CoV-2 nakkuse kulg on väga varieeruv – haigus võib mööduda asümptomaatiliselt või lõppeda halvimal juhul nakatunu surmaga. On ka neid, kes ei haigestu üldse ning kellel arvatakse olevat COVID-19 viirusevastane resistentsus. Raskeid haigusjuhte ning nende põhjuseid on palju uuritud, kuid resistentsuse kohta on vähem teadmisi, mistõttu aitaks selle uurimine viiruse patogeneesi paremini mõista. Selleks mõõdeti selles bakalaureusetöös vabatahtlike mittenakatunute verest tsütokiine, mida sekreteeriti T-rakulise vastusena SARS CoV-2 antigeenidele, IFNα toodangut vastuseks TLR7/8 ja cGAS-STING raja ligandidele ning autoantikehade esinemist I ja III tüüpi IFN-de vastu. Tulemusena leiti mittenakatunute hulgas ristreageerivate T-rakkudega ja resistentsed inimesed ning viimaste puhul leiti osad kõrgete IFNα tasemetega inimesed, kelle puhul tuleks teostada edasine geeniuuring. Samuti ei leitud resistentsete isikute puhul I tüüpi IFN-de vastaseid autoantikehi.
Studies on aryl hydrocarbon receptor in murine granulosa cells and human embryonic stem cells
(2021-02-26) Matvere, Antti; Maimets, Toivo, juhendaja; Kristjuhan, Arnold, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Arüülsüsivesinike retseptor (AHR) on ligand-aktiveeritav transkriptsioonifaktor. AHR avastati esialgu kui erinevate mürgiste keskkonnakemikaalide toime vahendaja. Levinuimad viimaste seast on polütsüklilised halogeenitud arüülsüsivesinikud, kaasa arvatud AHR-ile kõige suuremat afiinsust omav TCDD. Uuemad teadmised on näidanud, et lisaks keskkonnas levinud mürgiste kemikaalide toime vahendamisele on AHR-il organismis täita hulgaliselt muid ülesandeid. Sellele on viidanud katsed Ahr nokaut loommudelitega, aga ka saadud teadmised AHR-i endogeensete ligandide kohta. AHR-i füsioloogilist tähtsust on näidatud mitmetes organites ja kudedes, kõige enam immuunsüsteemis, maksas, kopsus, rasvkoes, ajus ja vähkkoes. Ühtlasi on näidatud selle valgu tähtsust reproduktiivsüsteemis ning tüvirakkudes. Uuringud AHR-i ülesannete ning geeni avaldumise teemal on viitanud võimalusele kasutada AHR-i terapeutilise märklauana. Praegused uuringud keskenduvad paljuski sellele, kuidas kasutada AHR-i avaldumist indikaatorina mitmete haiguste tuvastamisel, aga ka ravi tõhususe tõstmisele läbi AHR-i aktiivsuse mõjutamise. Siiski, teadmised AHR-i avaldumise ja aktiivsuse kohta erinevates kudedes on puudulikud. Samuti on näidatud, et AHR-il on koe- ning rakuspetsiifilised ülesanded, mistõttu on vajalik uurida AHR-i bioloogilisi ülesandeid erinevates rakkudes. Käesolevas dissertatsioonis keskenduti AHR-i uurimisele hiire munasarja granuloosarakkudes ja inimese embrüonaalsetes tüvirakkudes. Täpsemalt keskenduti töö käigus AHR-i avaldumise kontrollmehhanismide selgitamisele. Lisaks avardati teadmisi AHR-i füsioloogilisest tähtsusest, tehes kindlaks, milliste geenide avaldumist uuritav transkriptsioonifaktor otseselt mõjutab.
Transkriptsioonifaktori Taf14 ja RNA polümeraas II subühiku Rpb9 roll TFIIF-i promootorile jõudmises
(Tartu Ülikool, 2018) Luige, Johanna; Kristjuhan, Arnold, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Transkriptsioon on geenide avaldumise esimene etapp. Valke kodeerivate geenide transkriptsiooni eest vastutab eukarüootides ensüüm RNA polümeraas II, mis vajab initsiatsiooniks interaktsioone mitmete põhiliste transkriptsioonifaktoritega. Pagaripärmis (Saccharomyces cerevisiae) esineb transkriptsioonifaktor Taf14, mis kuulub samaaegselt mitmete transkriptsioonifaktorite (TFIIF, TFIID) ja kromatiini-seoseliste komplekside (INO80, SWI/SNF, RSC, NuA3) koosseisu. Sellegipoolest ei ole Taf14 hädavajalik, kuid selle deletsioon toob kaasa kasvu häireid, tundlikkust stressile ning on surmav koos RNA polümeraas II subühiku Rpb9 deletsiooniga. Käesoleva uurimistöö käigus näidati, et Rpb9 on vajalik TFIIF-i ja polümeraasi interakteerumiseks in vivo, mis ei sõltu Taf14-st. Taf14 rakuliste funktsioonide täpsed mehhanismid vajavad edasist uurimist, kuid võib oletada Taf14 vajalikkust erinevate protsesside koordineerimises erinevate komplekside kaudu