Sirvi Autor "Kurrikoff, Kaido, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 14 14

Design of peptide-based vector for nucleic acid delivery in vivo
(2018-08-13) Freimann, Krista; Langel, Ülo, juhendaja; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Nukleiinhappeid saab kasutada geeniteraapiaks, et reguleerida haigust esilekutsuvaid geene. Nõnda on võimalik parandada mitmesuguseid raskeid geneetilisi haigusi, nagu näiteks tsüstiline fibroosi, Duchenne'i lihasdüstroofiat ning pahaloomulisi kasvajaid. Kahjuks takistab nukleiinhapete sisenemist rakku, ning seega ka nende efektiivset kasutamist geeniteraapias, nukleiinhapete laeng ning suurus. Selleks, et suurendada nukleiinhapete terapeutilist efekti on vajalik kasutada nende transpordiks (transfektsiooniks) rakku tranfektsioonivektoreid. Üheks tranfektsioonivektoriks on rakku sisenevad peptiidid (RSP). RSP-d on tavaliselt kuni 30 aminohappe pikkused katioonsed ja/või amfipaatsed peptiidid, mis suudavad viia rakku mitmesuguseid biomolekule. Peamiseks probleemiks RSP kasutamisel on nende peptiidide vähene transfektsiooni efektiivsus in vivo. Lisaks on RSP tavaliselt vaja modifitseerida, et muuta neid selektiivseks konkreetse koe ja rakutüübi suhtes, et vähendada võimalike kõrvalmõjude teket. Samuti on oluline kontrollida moodustatud RSP-nukleiinhappe osakeste füsiko-keemilisi omadusi, sest ka sellest sõltub osakeste distributsioon organismis. Antud töö eesmärgiks oli tegeleda peamiste RSP kasutamist takistavate probleemidega. Käesolevas töös disainiti uus NF55 peptiid efektiivsemaks in vivo DNA transfekstiooniks. Seejärel kasutati uut formulatsiooni meetodi, et valmistada väiksema läbimõõdu ning kindla suurusjaotusega RSP-DNA osakesi selektiivsemaks ning efektiivsemaks in vivo manustamiseks. Viimaks lisati RSP-nukleiinhappe osakestele magnetilisi rauaoksiidi partikleid, et muuta RSP-nukleiinhapete osakeste bioloogilist aktiivsust veelgi selektiivsemaks. Kokkuvõttes arendati antud töös formulatsiooni meetod, millega on võimalik valmistada palju efektiivsemaid nanopartikleid spetsiifiliselt in vivo manustamiseks.
Development of cell-penetrating peptides for gene delivery: from transfection in cell cultures to induction of gene expression in vivo
(2016-05-13) Veiman, Kadi-Liis; Langel, Ülo, juhendaja; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Geeniteraapia on nukleiinhapetel põhinev ravistrateegia haiguste raviks, mis ilmnevad vigase geeniekspressiooni tõttu. Terapeutiline geen sisestatakse plasmiidsesse ekspressiooni vektorisse (pDNA), et saavutada rakku sisenema ning seetõttu on edukaks geeniteraapia rakendamiseks vajalik tema transport rakkudesse. Üheks selliseks transportvektorite klassiks on rakku sisenevad peptiidid (RSPd), mis on kuni 30 aminohapet pikad katioonsed ja/või amfipaatsed peptiidsed ühendid ning nad on võimelised rakkudesse viima väga erinevaid makromolekule, seal hulgas nukleiinhappeid. Selle väitekirja eesmärk on rakukultuuris efektiivse RSP arendamine nukleiinhappe transportimiseks loomsesse haigusmudelisse. Selleks on esmalt iseloomustatud RSP vahendatud geenitransporti rakukultuuris, näiteks, geeni transpordi efektiivsus, ohutus ning rakkudesse sisenemismehhanism. Seejärel me hindasime RSP potentsiaali transportida geeni erinevatesse kudedesse pärast süsteemset manustamist. Kuigi saavutasime kõrged geeniekspressiooni tasemed erinevates kudedes, ilmnes vajadus täienduste järgi, seal hulgas spetsiifiline transport kasvaja koesse. Selle jaoks kasutasime erinevaid strateegiaid, seal hulgas polüetüleenglükooli (PEG) molekuli või spetsiifiliste peptiidjärjestuste konjugeerimine RSPle. PEG molekuli lisamine võimaldas suurendada RSP/pDNA komplekside biosobivust in vivo ning maskeerida geeni transporti erinevatesse kudedesse ja rakkudesse. Selleks, et aktiveerida geenitransport ainult kasvaja koes, konjugeeriti PEG molekul peptiidile läbi spetsiifilise järjestuse, mida on võimelised lõikama kasvajas üle-ekspresseeritud ensüümid ning mille tulemusena PEG eemaldatakse ning RSP viib pDNA kasvajakoes olevatesse rakkudesse, kus see ekspresseeritakse. Lisaks optimiseerisime ka RSP/pDNA komplekside formulatsiooni, et parandada geeni transporti ilma PEG molekuli lisamiseta. Me iseloomustasime peptiidi katioonse laengu ning rasvhappejäägi pikkuse olulisust RSP-vahendatud geenitranspordil in vivo tingimustes. Kokkuvõtteks, välja töötatud RSPdel põhinev geeni transportsüsteemi omab potentsiaali geeniteraapia läbiviimiseks olulistes haigusmudelites.
Galaniini retseptor 2 (GALR2) spetsiifiliste agonistide testimine depressiooni loomkatsemudelitel
(Tartu Ülikool, 2013) Lahe, Jaanus; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Harro, Jaanus, juhendaja; Saar, Indrek, juhendaja; Tartu Ülikool. Sotsiaal- ja haridusteaduskond; Tartu Ülikool. Psühholoogia instituut
Modification of the cell-penetrating peptide PepFect14 for targeted tumor gene delivery and reduced toxicity
(2018-12-20) Künnapuu, Kadri; Langel, Ülo, juhendaja; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Viimastel aastakümnetel on geeniteraapia alal toimunud olulised edasiminekud, mis on teinud võimalikuks haiguste ravimise geenitasandil vigast geeni asendades või selle ekspressiooni maha surudes. Terapeutilistel eesmärkidel kasutatavad nukleiinhappe molekulid nagu DNA ja RNA peavad efekti saavutamiseks rakkude sisse pääsema, kuid ei suuda seda iseseisvalt oma suurte mõõtmete ja kõrge negatiivse laengu tõttu teha. Seetõttu on nukleiinhapete rakku transportimiseks vaja kasutada transportvektoreid. Üheks transportvektorite tüübiks on rakku sisenevad peptiidid (RSP), mis seonduvad nukleiinhapetega ning suudavad need läbi rakumembraani toimetada. Samas on RSPd sageli mittespetsiifilised ning võivad omada toksilisi efekte. Just neid probleeme on antud doktoritöös käsitletud. Esiteks modifitseeriti RSPe, et suurendada nende kasvajaspetsiifilisust ning vähendada mittespetsiifilist kogunemist kudedesse nagu kops ja maks. Selle saavutamiseks kinnitati RSP külge polüetüleenglükooli (PEG) molekul, mis vähendab mittespetsiifilisi interaktsioone RSP/nukleiinhappe osakeste ja rakkude vahel. PEG molekul lisati RSPle kasvajatundliku vahelüli kaudu, mis tähendab, et PEG eemaldatakse RSP küljest alles kasvaja ümbruses, mille toimel RSP aktiveerub ning toimetab endaga seotud nukleiinhappe ümbritsevatesse kasvajarakkudesse. Seda kasvajaspetsiifilist RSP rakendati ka terapeutilise nukleiinhappe transpordiks hiire kasvajamudelis, et hinnata, kas loodud RSP/nukleiinhappe süsteem suudab kasvaja kasvukiirust vähendada. Teiseks uuriti RSP/nukleiinhappe osakeste valmistamise strateegia ning laengutiheduse ja hüdrofoobsuse modifitseerimise mõju RSP toksilisusele. Kokkuvõtteks tehti selle doktoritöö käigus RSPdele spetsiiflisi modifikatsioone, millega on võimalik suurendada nende kasvajaspetsiifilisust ja vähendada toksilisust. Neid disainipõhimõtteid on võimalik edaspidi rakendada ka uute ja turvalisemate RSPde disainil.
Nahka sisenevad peptiidid 2D ja 3D rakukultuuris
(Tartu Ülikool, 2018) Puskar, Anett; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Nahka sisenevate peptiidide puhul on tegemist rakku sisenevate peptiidide alamklassiga, mis on võimelised suurendama erinevate lastmolekulide transporti nahka. Antud bakalaureusetöö eesmärgiks oli kasutades tahke faasi peptiidisünteesi strateegiat sünteesida kaks nahka sisenevat peptiidi, SPACE (skin penetrating and cell entering, nahka läbiv ja rakku sisenev) ja SPEH (skin penetration enhancer heptapeptide, naha läbitavust suurendav heptapeptiid) ning hinnata nende ja R8 (kaheksast arginiinist koosnev peptiid) sisenemist nii 2D kui ka 3D rakukultuuris. Antud peptiidide hindamiseks 3D rakukultuuris alustati rekonstrueeritud epidermise mudeli protokolli väljatöötamisega. Olulisematest tulemustest leidsime, et kõik peptiidid olid võimelised rakku sisenema 2D inimese primaarsete keratinotsüütide rakukultuuris ja ei omanud olulist toksilist efekti rakkude metabolismile. 3D rakukultuuris peptiidi sisenemist ei olnud võimalik hinnata ja töös esitatud protokoll vajab veel optimeerimist.
pCMV - Luc705 reportersüsteemi disain ja valideerimine
(Tartu Ülikool, 2013) Rammul, Evelin; Pärn, Kalle, juhendaja; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus. ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
PepFect14 in vivo transfektsiooniefektiivsuse hindamine hiire kopsus ja maksas laserkonfokaalmikrsoskoobiga
(Tartu Ülikool, 2015) Vellama, Hans; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
PepFect14 vahendatud nukleiinhapete transport maksa rakkudesse geeni vaigistamiseks
(Tartu Ülikool, 2015) Peets, Elin Madli; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Veiman, Kadi-Liis, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
PepFect6 poolt vahendatud RNA interferents in vitro ja in vivo mudelites
(Tartu Ülikool, 2014-06-17) Kiisholts, Kristina; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Peptide-based drug carriers and preclinical nanomedicine applications for endometriosis treatment
(2023-04-13) Kiisholts, Kristina; Langel, Ülo, juhendaja; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Salumets, Andres, juhendaja; Teesalu, Tambet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Endometrioos on sage günekoloogiline haigus, mis esineb kuni 10% viljakas eas naistest. Haigust iseloomustavad väljaspool emakat kasvavad endomeetriumi ehk emaka sisemise limaskesta kolded, mis tekitavad patsientidel kroonilist kõhuvalu ja sageli ka viljatust. Kasutusel olevad endometrioosi ravi- ja diagnostikavõimalused on piiratud. Tihti ei oma farmakoloogiline ravi pikaajalist efekti ning süsteemse manustamise tõttu põhjustab see kõrvaltoimeid. Seetõttu on vajalik uute endometrioosi ravistrateegiate väljatöötamine. Paljud potentsiaalsed ravi-sihtmärgid asuvad aga tegelikkuses haiguskoldes rakkude sees. Seetõttu on mitmete haiguste puhul suurimaks väljakutseks see, et ravimid peavad kohale jõudma oma rakusiseste sihtmärk-molekulideni. Sellest tulenevalt oli antud töö eesmärgiks välja töötada või uuskasutada peptiididel põhinevaid ravimkandjaid nanomeditsiini rakenduste jaoks, keskendudes põhiliselt endometrioosile. Alustuseks kasutati geeniekspressiooni reguleerivate lühikeste interfereeruvate RNAde (siRNA) transpordiks rakku sisenevaid peptiide ehk süstikpeptiide. Esmalt disainiti seeria uusi peptiide, mis reageerivad keskkonna füüsilistele parameetritele ja suudavad efektiivselt siRNAd rakkudesse sisse viia nii in vitro kui ka in vivo tingimustes. Teiseks testiti süstikpeptiid/siRNA nanopartiklite ravimpotentsiaali vähi ja endometrioosi eelkliinilistes rakukultuuri mudelites. Olenemata süstikpeptiidide kõrgest rakku sisenemise efektiivsusest ei oma nad koespetsiifilisust ja see võib süsteemse in vivo manustamise korral viia ravimite ebaspetsiifilise tervetesse kudedesse akumuleerumiseni. Seega uuriti viimase töö sammuna sihtmärk-kude spetsiifiliselt äratundvate peptiidide ehk kullerpeptiidide kasutusvõimalusi. Kõige edukamaks peptiidiks endometrioosi puhul osutus PL1 kullerpeptiid, millega kaetud hõbe-nanopartiklid näitasid spetsiifilist kuhjumist 2D ja 3D rakukultuurides ja seondumist kliinilistele endometrioosi koeproovidele. Kokkuvõtvalt näitasid antud doktoritöö tulemused süstikpeptiid/siRNA nanopartiklite abil kahe haiguskudede kasvu ja progresseerumist mõjutava geeni mahasurumise sobivust endometrioosi raviks. Kombineerides nanopartikleid hormonaalse ravimiga, suurenes raviefekt veelgi. Lisaks eelnevale näitasid PL1-kaetud nanopartiklid suurt potentsiaali endometrioosi koespetsiifiliste ravimite ja diagnostikameetodite väljatöötamiseks. Kõike arvesse võttes pakuvad käesoleva doktoritöö tulemused välja mitu siirdemeditsiinilise väärtusega peptiididel põhinevat nanomeditsiini rakendust endometrioosi raviks.
Peptiidi vahendusel laetud ekstratsellulaarsed vesiikulid omavad transfektsioonivõimet in vitro ja in vivo
(Tartu Ülikool, 2020) Puskar, Anett; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Ekstratsellulaarsete vesiikulite (extracellular vesicles, EV) puhul on tegemist väikeste, nanosuuruses osakestega. Antud membraanseid vesiikuleid toodavad valdavalt kõik rakutüübid ja need sisaldavad erinevaid lipiide, suhkruid ning nukleiinhappeid. EV-de rolliks on rakkudevahelise kommunikatsiooni vahendamine ja seetõttu on need kergesti omastavad teiste rakkude poolt, tehes EV-dest võimaliku ravimi transpordivektori. Antud töö eesmärgiks oli näidata, et EV-de laadimiseks nukleiinhappega on võimalik kasutada keemilist transfektsiooni rakku siseneva peptiidi PF14 vahendusel. Selliselt laetud EV-sid oli võimalik kasutada transfektsiooniks nii imetaja rakukultuuris, kui ka imetaja organismis, kusjuures EV-de füüsikalised omadused erinesid transfektsiooniks kasutatud kompleksi omadustest
Reportergeeni koespetsiifilise ekspressiooniga plasmiidi kondtrueerimine
(Tartu Ülikool, 2015) Tamme, Mirjam; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Andresen, Liis, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Reporterrakuliini loomine RSP in vivo uuringuteks
(Tartu Ülikool, 2015) Kivihall, Anet; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Pärn, Kalle, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Tuumori sfääride dissotseerimise protokolli optimeerimine läbivoolutsütomeetria jaoks ning transfektsiooni edukuse hindamine 3D mudelis nii kvalitatiivselt kui ka kvantitatiivselt
(Tartu Ülikool, 2015) Subi, Riin; Kiisholts, Kristina, juhendaja; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut