Browsing by Author "Kurvits, Lille"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 2 of 2
  • Thumbnail Image
    Item
    Analysis of repetitive element expression in the blood and skin of patients with Parkinson’s disease identifies differential expression of satellite elements
    (Nature, 2019-03-13) Billingsley, Kimberley J.; Lättekivi, Freddy; Planken, Anu; Reimann, Ene; Kurvits, Lille; Kadastik-Eerme, Liis; Kasterpalu, Kristjan M.; Bubb, Vivien J.; Quinn, John P.; Kõks, Sulev; Taba, Pille
    Repetitive elements (RE) constitute the majority of the human genome and have a range of functions both structural and regulatory on genomic function and gene expression. RE overexpression has been observed in several neurodegenerative diseases, consistent with the observation of aberrant expression of RE posing a mutagenic threat. Despite reports that associate RE expression with PD no study has comprehensively analyzed the role of these elements in the disease. This study presents the frst genome-wide analysis of RE expression in PD to date. Analysis of RNA-sequencing data of 12 PD patients and 12 healthy controls identified tissue-specific expression differences and more significantly, differential expression of four satellite elements; two simple satellite III (repName=CATTC_n and _GAATG_n) a high-copy satellite II (HSATII) and a centromeric satellite (ALR_Alpha) in the blood of PD patients. In support of the growing body of recent evidence associating REs with neurodegenerative disease, this study highlights the potential importance of characterization of RE expression in such diseases
  • Thumbnail Image
    Item
    Parkinson’s disease as a multisystem disorder: whole transcriptome study in Parkinson’s disease patients’ skin and blood
    (2021-05-07) Kurvits, Lille; Taba, Pille, juhendaja; Kõks, Sulev, juhendaja; Planken, Anu, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
    Alzheimeri tõve järel on Parkinsoni tõbi (PT) teine kõige levinum neurodegeneratiivne haigus, mille puhul esineb arvestatavalt palju kliinilist valediagnoosi. PT on liigutushäire, millele on iseloomulik tahtlike liigutuste aeglus (mida tuntakse bradükineesiana), rigiidsus ja rahutreemor, mida kokku nimetatakse parkinsoni triaadiks. PT patofüsioloogiale on iseloomulik dopaminergiliste närvirakkude hävimine kesknärvisüsteemi mustaines ja närvirakkudes patoloogilise valgu α-sünukleiini kuhjumine Lewy kehakesteks. Kindla diagnoosi saab anda alles peale surma, sest hetkel pole PT jaoks olemas usaldusväärseid biomarkereid. Enamik PT juhtumitest on sporaadilised ja suured genoomiülesed uuringud näitavad, et ainuüksi geenide varieeruvus ei ole PT peamine esinemise põhjus. Seetõttu uurib käesolev teadustöö PT geeniekspressiooni (transkriptoomikat), et leida kasutavaid diagnostilisi ja prognostilisi biomarkerid. Geeniekspressiooni koespetsiifilisuse tõttu on transkriptoomika puhul oluline, millisest koest proov võtta. PT on kanooniliselt keskaju dopaminergiliste närvirakkude haigus, kuid sellest koest ei saa eluspuhuselt proovi võtta. Arvestades, et transkriptoomikat saab keskajust teha ainult peale surma, on teiste ligipääsetavate kudede leidmine eluspuhuseks diagnostikaks oluline. Potentsiaalsete huvipakkuvate kudede alla võib lugeda naha, sest PT patsientidel esineb üldpopulatsioonist rohkem melanoomi ning teisi spetsiifilisi nahaprobleeme. Naha kõrval on teine huvipakkuv kude veri, sest see on kõige lihtsamini kogutav kude ja ringeldes kogu organismis, sisaldab ta endas palju süsteemset informatsiooni. Selgitamaks, kas PT on multisüsteemne haigus, kus on haigusspetsiifiliselt muutunud ka mitteneuronaalsed perifeersed koed, on käesoleva töö eesmärgiks kaardistada PT geeniekspressiooni RNA sekveneerimise abil nahas ja veres. PT naha tulemused näitavad, et valdava osa geenide ekspressioon on alla reguleeritud ja leitud muutused peegeldavad PT ajukoes leitud mustrit. Samuti selgitavad need muutused naha kõrgemat haavatavust mutageensete ohtude suhtes, mis võib põhjendada kõrgenenud melanoomi esinemist PT põdevate inimeste nahas. Teadustöö viitab sellele, et PT võib muuta naha kui perifeerse koe geeniekspressiooni haigusspetsiifiliselt. Tulemused PT põdevate inimeste vereproovidest näitavad oluliselt vähem muutusi, mida samas on varasemate PT uuringutes juba kirjeldatud. Muutuste vähesuse tõttu on verd raske kasutada biomarkerite avastamiseks, sest tegemist on heterogeense koega ja tulemused ei pruugi seega olla reprodutseeritavad. Kahe koe võrdluses ei leitud kattuvaid oluliselt muutunud geeniekspressioone. See asjaolu rõhutab koespetsiifiliste erinevuste tähtsust geeniekspressiooni uuringutes. Käesolev uuring toob välja geeniekspressioonid, mis näitasid kõige reprodutseeritavamaid muutusi ja vajavad täiendavaid funktsionaalseid uuringuid nende biomarkeripotentsiaali hindamiseks.