Sirvi Autor "Laht, Silja" järgi

Tulemuste filtreerimiseks trükkige paar esimest tähte
Nüüd näidatakse 1 - 1 1
  • Pisipilt
    Kirje
    Classification and identification of conopeptides using profile hidden Markov models and position-specific scoring matrices
    (2015-07-06) Laht, Silja
    Konopeptiidid on soojades meredes elavate koonustigude (Conus sp.) mürgis leiduvad lühikesed valgud. Koonusteod on kiskjad ja toituvad ussikestest, teistest molluskitest või kaladest. Nad tulistavad saaki mürgiga täidetud harpuuniga, mürk muudab saaklooma liikumatuks ja tigu saab ta rahulikult tervelt alla neelata. Mürgi kiirelt uimastav ja halvav toime tuleb paljude erinevate konopeptiidide segust. Konopeptiidid sünteesitakse eellasvalkudena, millel on signaaljärjestus mürgitorusse transportimiseks ja propeptiid, mis aitab mürgipeptiidi õigesti pakkida ja mürgipeptiid. Konopeptiidid jagatakse sarnaste signaaljärjestuste alusel perekondadesse. Teadlased uurivad konopeptiide lootusega leida nende hulgast uusi ravimikandidaate. Konopeptiidid on väga spetsiifilised närvirakkudes leiduvate ioonkanalite modulaatorid ja omavad suurt potentsiaali valuvaigistite või lihastelõdvestajatena. Antud uurimistöö esimeseks eesmärgiks oli välja töötada meetod, mille abil saaks suurtest järjestuste hulkadest välja otsida ja klassifitseerida konopeptiidid. Klassifitseerimine on oluline, sest uuele valgule sarnaste valkude teadasaamine annab palju informatsiooni tema omaduste kohta. Meie valisime sarnasuse võrdlemiseks kahte tüüpi mudelid - profiil-HMM’id ja PSSM’id. Kuna signaalpeptiidid on ühe perekonna piires väga konserveerunud, siis on nende olemasolul järjestuste klassifitseerimine meie mudelitega 100% tundlik ja ka 100% spetsiifiline. pHMM’ide ja PSSM’ide kombineerimisega saavutasime 91% tundlikkuse ka mürgipeptiidide klassifitseerimisel. Töö teiseks eesmärgiks oli otsida konopeptiide koonusteo Conus consors’i genoomist ja mürgitoru transkriptoomist. Konopeptiidide otsimiseks järjestatud transkriptoomist ja genoomist kasutasime teiste meetodite hulgas ka pHMM’e. Me leidsime C. consors’i genoomist 214 konopeptiidi, millest 187 olid uued järjestused. Meil õnnestus teada saada 13-sse erinevasse perekonda kuuluva 15 konopeptiidi geenide ekson-intron struktuur. See on oluline, sest geenistruktuur võib mõjutada konopeptiidide mitmekesisuse teket.