Browsing by Author "Lokk, Kaie"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Item
    Comparative genome-wide DNA methylation studies of healthy human tissues and non-small cell lung cancer tissue
    (2016-12-16) Lokk, Kaie; Tõnisson, Neeme, juhendaja; Milani, Lili Azin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
    Metüleeritud tsütosiinil on suur roll imetajate organismi arengus. CpG dinukleotiidis asuvad tsütosiinid võivad olla kas metüleeritud või metüleerimata olekus. Kuna DNA metülatsioon on eluliselt vajalik organismi funktsioneerimiseks, tekitavad muutused epigenoomis erinevaid haiguslikke seisundeid, näiteks vähki. Ka põhjustab erinev metüleerimise tase inimestevahelist varieeruvust ravimite metaboliseerimises, mis võib kaasa tuua ebasoovitavaid ravimite kõrvaltoimeid. Töös kirjeldati ülegenoomseid DNA metülatsioonimustreid ning nende mõju geeniekspressioonile erinevates inimkudedes, nii tervetes kui ka tuumoris. Inimese tervete kudede uuringute põhjal järeldasime, et promootorpiirkonna metülatsiooni ning geeniekspressiooni vahel on negatiivne seos ja DNA metülatsiooni mustrid peegeldasid kudede funktsioone. Koe-spetsiifiliste erinevalt metüleeritud regioonide (tDMR) analüüs leidis suurel hulgal piirkondi, mis paiknesid geenisiseselt, kuid ei suudetud leida seoseid, kuidas need tDMR-d põhjustavad koe-spetsiifilist transkriptsiooni. Geenide, mis on seotud absorbtsiooni, jaotuse, metabolismi ning väljutusega (ADME) ekspressioonis on leitud suur indiviidide vaheline varieeruvus, mis omakorda mõjutab ravimvastust ja toksilisust. Uurides spetsiifiliselt maksakude, püüdsime määrata, kui suurel hulgal SNP-d ning DNA metülatsioon on võimelised üheskoos kirjeldama ADME geenide ekspressiooni varieeruvust maksas. Ootuspäraselt leidsime, et SNP genotüübi ning CpG metülatsioonitaseme kombineerimine võimaldab kirjeldada ekspressiooni variatsiooni paremini, kui kasutades ainult SNP-d või CpG metülatsiooni taset eraldiseisvalt. Töö viimane osa keskendus DNA metülatsiooni kirjeldamisele varajase staadiumi mitteväikerakulise kopsuvähi (NSCLC) patsientidel. Leidsime suurel hulgal erinevalt metüleeritud CpG saite. Mitmed neist on tuntud vähiseoselised biomarkerid, kuid enamik kirjeldatud geenidest on uued kopsuvähi markerid. Leitud geenide ontoloogiaanalüüs näitas, et nende geenide funktsioonid olid seotud vähi progresseerumisega. Elulemusanalüüsi tulemusel leidsime CpG saite, mille metülatsiooni tasemed erinesid erinevates elulemusgruppides. Mõned neist geenidest võivad olla head prognostiliste markerite kandidaadid.