Browsing by Author "Metsalu, Tauno"
Now showing 1 - 2 of 2
Results Per Page
Sort Options
Item Geograafilise päritolu ennustamine geeniekspressiooni ja geneetilise varieeruvuse abil(2015) Kaasik, Madis; Metsalu, Tauno; Tatjana IljašenkoKäesoleva bakalaureusetöö eesmärk on uurida, kui palju erineva päritoluga inimesed erinevad üksteisest geeniekspressiooni või geneetilise varieeruvuse mõttes. Selleks kasutatakse avalikke andmeid, kus geeniekspressiooni ja geneetilist varieeruvust on mõõdetud erineva päritoluga ameeriklastel. Andmete analüüsimiseks kasutatakse statistikapakett R’i. Töö käigus tutvutakse erinevate andmeformaatide ja analüüsivõtetega. Lisaks antakse ülevaade erinevatest statistilistest meetoditest, masinõppe algoritmidest ning rakendatakse neid eelpool mainitud andmetel. Lõppeesmärgiks on leida, kui täpselt on võimalik ennustada päritolu geeniekspressiooni abil, geneetilise varieeruvuse abil ja kasutades mõlemat korraga ning leida, milline klassifitseerimismeetod sobib kõige paremini päritolu määramiseks.Item Statistical analysis of multivariate data in bioinformatics(2016-01-29) Metsalu, Tauno; Vilo, Jaak, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond.Valgud on organismide ühed tähtsaimad ehituskivid. Nende kogust ja omavahelisi seoseid uurides on võimalik saada infot organismi seisundi kohta. Tänapäevased seadmed võimaldavad koguda lühikese ajaga palju valkudega seotud andmeid. Nende analüüs on aga suhteliselt keerukas ja on loonud uue teadusharu nimega bioinformaatika. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks on kirjeldada mitmemõõtmeliste andmete statistilise analüüsiga seotud probleeme ja nende lahendusi. Näidatakse, kuidas sellised andmed saab esitada maatriksi kujul. Antakse ülevaade andmeallikatest ja analüüsimeetoditest ning näidatakse, kuidas neid saab praktikas kasutada. Kirjeldatakse üleeuroopalist vähiuuringute projekti PREDECT, kus paljud organisatsioonid osalevad vähimudelite täiustamises. Antakse ülevaade metaandmete kogumisest paljudelt partneritelt, samuti veebitööriistadest, mis loodi esmaseks andmeanalüüsiks. Kirjeldatakse uudse rinnavähi mudeliga seotud analüüsi ja koelõikude võrdlust erinevates laboritingimustes. Tutvustatakse vabalt kasutatavat veebitööriista, millega saab teha kirjeldavat andmeanalüüsi. Järgmistes peatükkides kirjeldatakse andmeanalüüsi erinevates uuringutes. Inimese platsentas leiti mitmeid uusi alleelispetsiifilise ekspressiooniga geene. Uuriti atoopilise dermatiidi molekulaarseid mehhanisme, täpsemalt valgu gamma-interferoon mõju sellele haigusele. Leiti mikroRNAsid, mida saab kasutada endometrioosi markeritena, ja loodi klassifitseerija endometrioosihaigete eristamiseks tervetest.