Sirvi Autor "Modhukur, Vijayachitra, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 1 1

Integrative omics approaches for analyzing endometrial pathologies and cancer classification
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2025-10-03) Lawarde, Ankita Sunil; Modhukur, Vijayachitra, juhendaja; Salumets, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
MikroRNA-d (miRNA-d) on väikesed mittekodeerivad RNA molekulid, mis reguleerivad geeniekspressiooni. miRNA-d on olulised vähibioloogias, sest nad mõjutavad rakkude paljunemist, programmeeritud rakusurma (apoptoosi) ja diferentseerumist. Günekoloogilistes vähkkasvajates, nagu munasarja-, emakakaela- ja endomeetriumivähk, toimivad miRNA-d nii onkogeensete kui ka kasvajat pärssivate molekulidena, avaldades mõju haiguse progresseerumisele ja ravi tulemuslikkusele. Tänu oma stabiilsusele kehavedelikes on miRNA-d potentsiaalsed mitteinvasiivsed vähi tuvastamise biomarkerid. Endometrioos on krooniline günekoloogiline haigus, mida iseloomustab emaka limaskesta sarnase koe kasv väljaspool emakat, milles on sarnaselt vähiga toimunud metaboolsed ja hormonaalsed muutused. Need protsessid põhjustavad valu, viljatust ja kõrgenenud vähiriski. Geeniekspressiooni regulatsiooni mõistmine nii vähi kui endometrioosi puhul aitab tuvastada uusi biomarkereid ja ravisihtmärke. Käesolevas uuringus kasutati integreeritud oomika lähenemisi, et uurida miRNA-de rolli vähi algkoe klassifitseerimises ja endometrioosis. Kasutades masinõppe mudeleid ja erinevaid suurandmestikke (vähigenoomi atlas - The Cancer Genome Atlas (TCGA) ja Gene Expression Omnibus (GEO)) , saavutati miRNA-de ekspressioonimustri alusel 14 erineva vähitüübi klassifitseerimisel ligi 99% täpsus. Tulemuste kättesaadavuse lihtsustamiseks töötati välja interaktiivne R Shiny rakendus ExplORRNet, mis võimaldab visualiseerida miRNA-mRNA-lncRNA võrgustikke, teostada staadiumispetsiifilisi analüüse ning uurida tsirkuleerivaid miRNA biomarkereid günekoloogiliste vähkide ja rinnavähi korral. Välja töötatud rakendus toetab ka elulemusanalüüsi ja signaaliradade funktsionaalseid uuringuid, aidates avastada uusi potentsiaalseid biomarkereid. Endometrioosikollete ja endomeetriumi koe üksikraku RNA sekveneerimine võimaldas määrata nende kudede rakulise koostise. Transkriptoomi analüüs tuvastas kollete strooma-, perivaskulaarsetes ja endoteelirakkudes vähirakkudele omase Warburgi efektile sarnase metaboolse ümberkorralduse . Endomeetriumi ja munasarja endometrioomi koe võrdluses ilmnes häiritud menstruaaltsükli sünkroonsus, mis kinnitab, et kolded on molekulaarsel tasemel endomeetriumist erinevad ja seda tuleb biomarkerite otsingutel arvesse võtta.. Kokkuvõttes rõhutab see uuring miRNA-de ekspressioonil põhineva vähi klassifitseerimise diagnostilist potentsiaali ja laiendab arusaama endometrioosi patogeneesist. Bioinformaatika vahendite arendamine edendab andmete tõhusamat analüüsi ning aitab kaasa täppismeditsiini arengule onkoloogias ja reproduktiivmeditsiinis.